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基于microRNA-mRNA联合分析对内蒙古绒山羊绒毛生长周期及启动调控的研究

摘要第2-4页
abstract第4-6页
1 引言第14-47页
    1.1 转录组研究技术概述第14-21页
        1.1.1 第二代测序技术概述第15-17页
        1.1.2 转录组测序技术优势第17页
        1.1.3 转录组测序技术的应用第17-19页
        1.1.4 转录组测序技术在microRNA研究中的应用第19页
        1.1.5 转录组测序技术面临的挑战及机遇第19-21页
    1.2 差异表达基因筛选第21-29页
        1.2.1 基因的表达—转录过程概述第21-24页
        1.2.2 差异基因筛选方法研究进展第24-29页
    1.3 microRNA与mRNA转录组联合分析第29-40页
        1.3.1 microRNA简介第30-31页
        1.3.2 miRNA的转录后调控机制第31-35页
        1.3.3 基因网络概述第35-36页
        1.3.4 基因调控网络及中心法则第36-38页
        1.3.5 microRNA与基因调控网络第38-40页
    1.4 绒山羊概况第40-47页
        1.4.1 世界及我国绒山羊业概述第40页
        1.4.2 内蒙古阿尔巴斯型绒山羊简介第40-41页
        1.4.3 绒山羊毛被特点第41页
        1.4.4 绒山羊毛被生长的季节性周期变化第41-42页
        1.4.5 影响绒毛周期性生长的相关信号通路第42页
        1.4.6 Wnt信号通路与毛囊性状第42-46页
        1.4.7 角蛋白关联蛋白基因家族与绒毛周期及绒品质的相关性第46-47页
2 试验一 内蒙古绒山羊绒毛生长周期皮肤转录组研究第47-77页
    2.1 试验材料第48-50页
        2.1.1 试验样品第48页
        2.1.2 主要试剂仪器及软件第48-50页
    2.2 试验方法第50-55页
        2.2.1 皮肤RNA提取第50-51页
        2.2.2 RNA质量检测第51页
        2.2.3 cDNA文库制备第51页
        2.2.4 转录组测序及数据分析流程第51-52页
        2.2.5 测序原始数据质控及除杂第52页
        2.2.6 测序序列拼接和拼接结果注释第52-53页
        2.2.7 转录本GO分类第53页
        2.2.8 转录本COG分类第53页
        2.2.9 转录本KEGG通路分析第53-54页
        2.2.10 转录本差异表达分析第54-55页
    2.3 试验结果与分析第55-74页
        2.3.1 总RNA质量检测第55-57页
        2.3.2 原始数据及高质量数据统计第57-59页
        2.3.3 原始数据质量控制第59-60页
        2.3.4 测序数据拼接以及拼接结果统计第60-62页
        2.3.5 转录本GO功能分类分析第62-65页
        2.3.6 转录本COG功能分类分析第65-68页
        2.3.7 转录本KEGG通路分析第68-70页
        2.3.8 皮肤基因表达差异分析第70-73页
        2.3.9 皮肤角蛋白关联蛋白基因全年表达量变化趋势第73-74页
    2.4 讨论第74-77页
3 试验二 基于microRNA-mRNA联合分析对绒毛生长周期启动相关基因的筛选第77-96页
    3.1 试验材料第77-78页
        3.1.1 联合分析基础数据第77页
        3.1.2 主要数据库及分析软件第77-78页
    3.2 试验方法第78-80页
        3.2.1 microRNA靶基因预测第78页
        3.2.2 关联分析流程第78-79页
        3.2.3 整合microRNA与mRNA表达谱数据第79页
        3.2.4 差异表达microRNA靶基因功能富集分析第79-80页
        3.2.5 差异microRNA及其靶基因功能网络构建第80页
    3.3 试验结果与分析第80-95页
        3.3.1 差异microRNA及其靶基因关联数据统计第80-81页
        3.3.2 差异microRNA关联mRNA表达正负相关分析第81-82页
        3.3.3 负调控microRNA与其靶基因注释数据分析第82-83页
        3.3.4 差异表达microRNA靶基因GO功能富集分析第83-86页
        3.3.5 差异表达microRNA靶基因的KEGG通路富集分析第86-88页
        3.3.6 差异表达microRNA靶基因功能富集分析结果第88页
        3.3.7 差异表达microRNA负控靶基因GO功能分类分析第88-89页
        3.3.8 差异表达microRNA负控靶基因GO功能网络分析第89-91页
        3.3.9 差异表达microRNA负控靶基因KEGG通路网络分析第91-92页
        3.3.10 皮肤Wnt信号通路调控网络构建第92-94页
        3.3.11 Wnt信号通路调控网络中相关基因转录组数据第94-95页
    3.4 讨论第95-96页
4 试验三 绒毛生长周期启动相关基因的验证第96-118页
    4.1 miR-195表达量验证第97-101页
        4.1.1 试验材料第97页
        4.1.2 miR-195荧光定量试验步骤第97-100页
        4.1.3 miR-195荧光定量PCR结果第100-101页
        4.1.4 讨论第101页
    4.2 绒毛生长周期启动相关基因表达量验证第101-118页
        4.2.1 试验材料第101-102页
        4.2.2 试验方法第102-106页
        4.2.3 试验结果与分析第106-116页
        4.2.4 讨论第116-118页
5 全文总体结论和创新点以及进一步研究的问题第118-122页
    5.1 全文结论第118-120页
    5.2 创新点第120页
    5.3 进一步研究的问题第120-122页
致谢第122-124页
参考文献第124-147页
作者简介第147页

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