| 摘要 | 第2-4页 |
| abstract | 第4-6页 |
| 1 引言 | 第14-47页 |
| 1.1 转录组研究技术概述 | 第14-21页 |
| 1.1.1 第二代测序技术概述 | 第15-17页 |
| 1.1.2 转录组测序技术优势 | 第17页 |
| 1.1.3 转录组测序技术的应用 | 第17-19页 |
| 1.1.4 转录组测序技术在microRNA研究中的应用 | 第19页 |
| 1.1.5 转录组测序技术面临的挑战及机遇 | 第19-21页 |
| 1.2 差异表达基因筛选 | 第21-29页 |
| 1.2.1 基因的表达—转录过程概述 | 第21-24页 |
| 1.2.2 差异基因筛选方法研究进展 | 第24-29页 |
| 1.3 microRNA与mRNA转录组联合分析 | 第29-40页 |
| 1.3.1 microRNA简介 | 第30-31页 |
| 1.3.2 miRNA的转录后调控机制 | 第31-35页 |
| 1.3.3 基因网络概述 | 第35-36页 |
| 1.3.4 基因调控网络及中心法则 | 第36-38页 |
| 1.3.5 microRNA与基因调控网络 | 第38-40页 |
| 1.4 绒山羊概况 | 第40-47页 |
| 1.4.1 世界及我国绒山羊业概述 | 第40页 |
| 1.4.2 内蒙古阿尔巴斯型绒山羊简介 | 第40-41页 |
| 1.4.3 绒山羊毛被特点 | 第41页 |
| 1.4.4 绒山羊毛被生长的季节性周期变化 | 第41-42页 |
| 1.4.5 影响绒毛周期性生长的相关信号通路 | 第42页 |
| 1.4.6 Wnt信号通路与毛囊性状 | 第42-46页 |
| 1.4.7 角蛋白关联蛋白基因家族与绒毛周期及绒品质的相关性 | 第46-47页 |
| 2 试验一 内蒙古绒山羊绒毛生长周期皮肤转录组研究 | 第47-77页 |
| 2.1 试验材料 | 第48-50页 |
| 2.1.1 试验样品 | 第48页 |
| 2.1.2 主要试剂仪器及软件 | 第48-50页 |
| 2.2 试验方法 | 第50-55页 |
| 2.2.1 皮肤RNA提取 | 第50-51页 |
| 2.2.2 RNA质量检测 | 第51页 |
| 2.2.3 cDNA文库制备 | 第51页 |
| 2.2.4 转录组测序及数据分析流程 | 第51-52页 |
| 2.2.5 测序原始数据质控及除杂 | 第52页 |
| 2.2.6 测序序列拼接和拼接结果注释 | 第52-53页 |
| 2.2.7 转录本GO分类 | 第53页 |
| 2.2.8 转录本COG分类 | 第53页 |
| 2.2.9 转录本KEGG通路分析 | 第53-54页 |
| 2.2.10 转录本差异表达分析 | 第54-55页 |
| 2.3 试验结果与分析 | 第55-74页 |
| 2.3.1 总RNA质量检测 | 第55-57页 |
| 2.3.2 原始数据及高质量数据统计 | 第57-59页 |
| 2.3.3 原始数据质量控制 | 第59-60页 |
| 2.3.4 测序数据拼接以及拼接结果统计 | 第60-62页 |
| 2.3.5 转录本GO功能分类分析 | 第62-65页 |
| 2.3.6 转录本COG功能分类分析 | 第65-68页 |
| 2.3.7 转录本KEGG通路分析 | 第68-70页 |
| 2.3.8 皮肤基因表达差异分析 | 第70-73页 |
| 2.3.9 皮肤角蛋白关联蛋白基因全年表达量变化趋势 | 第73-74页 |
| 2.4 讨论 | 第74-77页 |
| 3 试验二 基于microRNA-mRNA联合分析对绒毛生长周期启动相关基因的筛选 | 第77-96页 |
| 3.1 试验材料 | 第77-78页 |
| 3.1.1 联合分析基础数据 | 第77页 |
| 3.1.2 主要数据库及分析软件 | 第77-78页 |
| 3.2 试验方法 | 第78-80页 |
| 3.2.1 microRNA靶基因预测 | 第78页 |
| 3.2.2 关联分析流程 | 第78-79页 |
| 3.2.3 整合microRNA与mRNA表达谱数据 | 第79页 |
| 3.2.4 差异表达microRNA靶基因功能富集分析 | 第79-80页 |
| 3.2.5 差异microRNA及其靶基因功能网络构建 | 第80页 |
| 3.3 试验结果与分析 | 第80-95页 |
| 3.3.1 差异microRNA及其靶基因关联数据统计 | 第80-81页 |
| 3.3.2 差异microRNA关联mRNA表达正负相关分析 | 第81-82页 |
| 3.3.3 负调控microRNA与其靶基因注释数据分析 | 第82-83页 |
| 3.3.4 差异表达microRNA靶基因GO功能富集分析 | 第83-86页 |
| 3.3.5 差异表达microRNA靶基因的KEGG通路富集分析 | 第86-88页 |
| 3.3.6 差异表达microRNA靶基因功能富集分析结果 | 第88页 |
| 3.3.7 差异表达microRNA负控靶基因GO功能分类分析 | 第88-89页 |
| 3.3.8 差异表达microRNA负控靶基因GO功能网络分析 | 第89-91页 |
| 3.3.9 差异表达microRNA负控靶基因KEGG通路网络分析 | 第91-92页 |
| 3.3.10 皮肤Wnt信号通路调控网络构建 | 第92-94页 |
| 3.3.11 Wnt信号通路调控网络中相关基因转录组数据 | 第94-95页 |
| 3.4 讨论 | 第95-96页 |
| 4 试验三 绒毛生长周期启动相关基因的验证 | 第96-118页 |
| 4.1 miR-195表达量验证 | 第97-101页 |
| 4.1.1 试验材料 | 第97页 |
| 4.1.2 miR-195荧光定量试验步骤 | 第97-100页 |
| 4.1.3 miR-195荧光定量PCR结果 | 第100-101页 |
| 4.1.4 讨论 | 第101页 |
| 4.2 绒毛生长周期启动相关基因表达量验证 | 第101-118页 |
| 4.2.1 试验材料 | 第101-102页 |
| 4.2.2 试验方法 | 第102-106页 |
| 4.2.3 试验结果与分析 | 第106-116页 |
| 4.2.4 讨论 | 第116-118页 |
| 5 全文总体结论和创新点以及进一步研究的问题 | 第118-122页 |
| 5.1 全文结论 | 第118-120页 |
| 5.2 创新点 | 第120页 |
| 5.3 进一步研究的问题 | 第120-122页 |
| 致谢 | 第122-124页 |
| 参考文献 | 第124-147页 |
| 作者简介 | 第147页 |
