| 内容摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第1章 绪论 | 第11-20页 |
| 1.1 肠道微生物与宿主健康 | 第11-12页 |
| 1.2 高通量测序与肠道微生物宏基因组 | 第12-15页 |
| 1.2.1 高通量测序与微生物宏基因组 | 第12页 |
| 1.2.2 人肠道微生物宏基因集 | 第12-14页 |
| 1.2.3 猪肠道微生物宏基因集 | 第14-15页 |
| 1.3 鸡肠道微生物的研究 | 第15-16页 |
| 1.4 促生长剂与鸡的生长性能 | 第16-20页 |
| 1.4.1 抗生素类促生长剂(AGP) | 第17-18页 |
| 1.4.2 天然促生长剂(NGP) | 第18-20页 |
| 第2章 肠道微生物宏基因组DNA提取和高通量测序 | 第20-27页 |
| 2.1 引言 | 第20-21页 |
| 2.2 材料与方法 | 第21-24页 |
| 2.2.1 肠道内容物样品的采集 | 第21页 |
| 2.2.2 肠道微生物的富集 | 第21页 |
| 2.2.3 肠道微生物宏基因组DNA的提取 | 第21-24页 |
| 2.2.4 测序文库的构建与高通量测序 | 第24页 |
| 2.3 肠道微生物宏基因组DNA的实验处理流程和结果 | 第24-26页 |
| 2.4 本章小结 | 第26-27页 |
| 第3章 鸡肠道微生物宏基因集 | 第27-36页 |
| 3.1 引言 | 第27-28页 |
| 3.2 材料与方法 | 第28-30页 |
| 3.2.1 样品采集和高通量测序 | 第28页 |
| 3.2.2 原始数据过滤、宏基因组组装与基因预测 | 第28-29页 |
| 3.2.3 构建非冗余宏基因集 | 第29页 |
| 3.2.4 基因的物种分类注释和功能注释 | 第29-30页 |
| 3.2.5 计算相对丰度 | 第30页 |
| 3.3 鸡肠道微生物宏基因集的基本特点 | 第30-34页 |
| 3.3.1 基因数量与饱和曲线分析 | 第30-31页 |
| 3.3.2 基因的物种分类分析 | 第31-32页 |
| 3.3.3 基于KEGG与eggNOG数据库的基因功能分析 | 第32-34页 |
| 3.4 本章小结 | 第34-36页 |
| 第4章 鸡肠道微生物群落结构与功能特点 | 第36-46页 |
| 4.1 引言 | 第36页 |
| 4.2 材料与方法 | 第36-37页 |
| 4.2.1 微生物和功能基因的相对丰度计算 | 第36-37页 |
| 4.2.2 多样性分析和NMDS排序分析 | 第37页 |
| 4.2.3 微生物共生网络分析 | 第37页 |
| 4.2.4 统计方法 | 第37页 |
| 4.3 鸡肠道不同肠段的微生物特点 | 第37-41页 |
| 4.3.1 十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结直肠的微生物特点 | 第37-38页 |
| 4.3.2 前肠与后肠主要微生物的差异 | 第38-40页 |
| 4.3.3 前肠与后肠微生物功能的差异 | 第40-41页 |
| 4.4 鸡肠道微生物随日龄的变化 | 第41-45页 |
| 4.4.1 微生物群落随日龄的总体变化特点 | 第41-42页 |
| 4.4.2 主要微生物随日龄的变化特点 | 第42-44页 |
| 4.4.3 微生物代谢通路随日龄的变化特点 | 第44-45页 |
| 4.5 本章小结 | 第45-46页 |
| 第5章 饲料添加剂调节肠道微生物的促生长机制 | 第46-55页 |
| 5.1 引言 | 第46页 |
| 5.2 材料与方法 | 第46-48页 |
| 5.2.1 鸡的饲养条件与生长性能测试 | 第46-47页 |
| 5.2.2 鸡肠道微生物和功能基因分析 | 第47页 |
| 5.2.3 统计方法 | 第47-48页 |
| 5.3 博落回提取物(MCE)与金霉素(CTC)对鸡的生长性能的影响 | 第48-49页 |
| 5.4 博落回提取物(MCE)与金霉素(CTC)对鸡肠道微生物的影响 | 第49-54页 |
| 5.4.1 前肠主要微生物的变化 | 第49-51页 |
| 5.4.2 前肠微生物抗生素合成通路和抗性基因的变化 | 第51-52页 |
| 5.4.3 前肠微生物营养物质代谢合成通路的变化 | 第52-54页 |
| 5.5 本章小结 | 第54-55页 |
| 第6章 结论与展望 | 第55-57页 |
| 参考文献 | 第57-61页 |
| 致谢 | 第61-62页 |
| 附录 | 第62-67页 |
| 个人简历 | 第67页 |
| 博士生期间发表的学术论文与研宄成果 | 第67页 |
| 博士后期间发表的学术论文与研究成果 | 第67-68页 |
| 通信地址 | 第68页 |
