| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 目录 | 第6-10页 |
| 主要符号对照表 | 第10-11页 |
| 第1章 前言 | 第11-37页 |
| 1.1 原核核糖体的结构与功能研究进展 | 第11-18页 |
| 1.1.1 原核核糖体概述 | 第11-13页 |
| 1.1.2 原核核糖体高分辨结构的发展过程 | 第13-14页 |
| 1.1.3 原核核糖体的结构 | 第14-18页 |
| 1.2 原核核糖体的成熟过程进展 | 第18-26页 |
| 1.2.1 原核核糖体成熟过程概述 | 第18-19页 |
| 1.2.2 原核核糖体体外组装过程 | 第19-21页 |
| 1.2.3 原核核糖体内组装过程 | 第21-23页 |
| 1.2.4 原核核糖体成熟相关的因子 | 第23-26页 |
| 1.3 原核核糖体成熟因子 YIHA 的研究进展 | 第26-28页 |
| 1.3.1 YihA 的基因的分布 | 第26页 |
| 1.3.2 YihA 的蛋白结构 | 第26-27页 |
| 1.3.3 YihA 对生长速率和细胞周期调控 | 第27-28页 |
| 1.3.4 YihA 在核糖体装配中的作用 | 第28页 |
| 1.3.5 YihA 的真核同源蛋白 | 第28页 |
| 1.4 生物电子显微镜三维重构学的进展 | 第28-32页 |
| 1.4.1 生物电子显微三维重构学的原理 | 第29-31页 |
| 1.4.2 生物电子显微镜样品制备技术进展 | 第31-32页 |
| 1.5 新一代 CMOS 电镜成像记录系统进展 | 第32-34页 |
| 1.6 本课题研究的主要内容和研究意义 | 第34-37页 |
| 1.6.1 本课题研究的主要内容 | 第34-35页 |
| 1.6.2 本课题研究的意义 | 第35-37页 |
| 第2章 YihA 与大肠杆菌核糖体的相互作用 | 第37-52页 |
| 2.1 本章引论 | 第37页 |
| 2.2 YIHA 蛋白的构建及表达纯化 | 第37-39页 |
| 2.2.1 YihA 重组质粒的构建 | 第37页 |
| 2.2.2 YihA 蛋白的表达纯化 | 第37-39页 |
| 2.3 大肠杆菌核糖体及其亚基的的纯化 | 第39-41页 |
| 2.3.1 相关试剂 | 第39页 |
| 2.3.2 实验步骤 | 第39-41页 |
| 2.4 YIHA 与大肠杆菌核糖体的相互作用 | 第41-44页 |
| 2.4.1 YihA 与核糖体 50S 亚基的相互作用 | 第41-42页 |
| 2.4.2 YihA 与核糖体 70S 的相互作用 | 第42-44页 |
| 2.5 实验结果 | 第44-50页 |
| 2.5.1 YihA 蛋白纯化结果 | 第44-45页 |
| 2.5.2 核糖体亚基的分离纯化结果 | 第45-47页 |
| 2.5.3 YihA 与核糖体相互作用实验结果 | 第47-50页 |
| 2.6 本章小结 | 第50-52页 |
| 第3章 YihA 与 50S 复合体的冷冻电子显微镜三维结构 | 第52-88页 |
| 3.1 本章引论 | 第52页 |
| 3.2 YIHA 与 50S 复合体的冷冻样品制备 | 第52-58页 |
| 3.2.1 铜网的预处理 | 第52-55页 |
| 3.2.2 冷冻样品的制备 | 第55-58页 |
| 3.3 冷冻电镜样品的数据收集 | 第58-62页 |
| 3.3.1 电镜的校调 | 第58-60页 |
| 3.3.2 如何判断冷冻电镜数据的好坏 | 第60-61页 |
| 3.3.3 电镜数据的收集 | 第61-62页 |
| 3.4 SPIDER 软件处理单颗粒三维重构的流程和技术要点 | 第62-68页 |
| 3.4.1 建立新任务 | 第62-63页 |
| 3.4.2 图片的预处理 | 第63-64页 |
| 3.4.3 CTF 校正 | 第64-66页 |
| 3.4.4 单颗粒挑选 | 第66-67页 |
| 3.4.5 颗粒的对齐 | 第67页 |
| 3.4.6 三维重构及优化 | 第67-68页 |
| 3.5 RELION 软件分类处理不均一样品的流程和技术要点 | 第68-72页 |
| 3.5.1 三维结构分类（3D classification） | 第68-71页 |
| 3.5.2 三维结构优化（3D Auto-refine） | 第71-72页 |
| 3.6 复合体结构的拟合分析 | 第72页 |
| 3.6.1 复合体核糖体部分基于分子动力学的拟合（MDFF） | 第72页 |
| 3.6.2 复合体 YihA 蛋白部分的手动拟合 | 第72页 |
| 3.7 实验结果 | 第72-87页 |
| 3.7.1 冷冻电镜的数据 | 第72-75页 |
| 3.7.2 YihA 与 50S 复合体在 GMPPNP 状态下的结构 | 第75-82页 |
| 3.7.3 YihA 与 50S 复合体在 GDP 状态下的结构 | 第82-84页 |
| 3.7.4 YihA 在 50S 成熟过程中的作用机理分析 | 第84-87页 |
| 3.8 本章小结 | 第87-88页 |
| 第4章 YihA 与 rRNA 的相互作用和不成熟 50S 前体初步分析 | 第88-96页 |
| 4.1 本章引论 | 第88页 |
| 4.2 核糖体 16SRRNA 和 23SRRNA 的纯化 | 第88页 |
| 4.3 核糖体 RRNA1829-1976 体外转录 | 第88-90页 |
| 4.3.1 DNA 模板构建 | 第88-89页 |
| 4.3.2 核糖体 rRNA1829-1976 体外转录 | 第89-90页 |
| 4.4 YIHA 与核糖体 RRNA 的体外结合 | 第90-91页 |
| 4.4.1 不同浓度的 YihA 与 rRNA1829-1976 的结合体系 | 第90页 |
| 4.4.2 YihA 与 rRNA1829-1976 在不同核苷酸状态下的结合体系 | 第90页 |
| 4.4.3 YihA 与 16S rRNA、23S rRNA 的结合体系 | 第90-91页 |
| 4.5 不成熟核糖体前体的提取纯化 | 第91页 |
| 4.5.1 YihA 转座子插入突变菌株 | 第91页 |
| 4.5.2 不成熟 50S 的提取纯化 | 第91页 |
| 4.6 实验结果 | 第91-95页 |
| 4.6.1 YihA 与核糖体 rRNA 的相互作用 | 第91-93页 |
| 4.6.2 不成熟 50S 核糖体的初步分析 | 第93-95页 |
| 4.7 本章小结 | 第95-96页 |
| 第5章 突变的 YihA 蛋白与核糖体 50S 大亚基的相互作用 | 第96-103页 |
| 5.1 突变 YIHA 的构建及表达纯化 | 第96-97页 |
| 5.1.1 突变 YihA 重组质粒的构建 | 第96-97页 |
| 5.1.2 突变 YihA 蛋白的表达纯化 | 第97页 |
| 5.2 突变的 YIHA 蛋白与核糖体 50S 大亚基体外结合实验及结果分析 | 第97-98页 |
| 5.2.1 体外结合实验的方法和步骤 | 第97页 |
| 5.2.2 体外结合实验结果分析 | 第97-98页 |
| 5.3 突变的 YIHA 蛋白与核糖体 50S 大亚基复合体结构的研究 | 第98-102页 |
| 5.3.1 突变 YihA 与 50S 复合体冷冻电镜数据 | 第98-99页 |
| 5.3.2 YihAΔC 与 50S 复合体的冷冻电镜三维结构 | 第99-100页 |
| 5.3.3 YihAΔN 与 50S 复合体的冷冻电镜三维结构 | 第100-102页 |
| 5.4 本章小结 | 第102-103页 |
| 第6章 讨论与展望 | 第103-113页 |
| 6.1 讨论 | 第103-109页 |
| 6.1.1 原核核糖体 50S 成熟晚期过程中 GTP 酶作用的时间顺序 | 第103-107页 |
| 6.1.2 原核核糖体 50S 分步成熟过程 | 第107-108页 |
| 6.1.3 进一步的研究方向 | 第108-109页 |
| 6.2 其它研究工作 | 第109-113页 |
| 6.2.1 核糖体成熟因子 RsgA 促进 30S 成熟的分子机制研究 | 第109-113页 |
| 参考文献 | 第113-123页 |
| 致谢 | 第123-125页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第125页 |
