利用BS-seq和RNA-seq技术研究肉鸡胸肌、腿肌组织的甲基化模式及转录组差异
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 高频词汇对照表 | 第10-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-39页 |
| 前言 | 第14页 |
| 1 肉鸡的生物学特性 | 第14-15页 |
| 2 骨骼肌分化的生物学特性 | 第15-19页 |
| 2.1 肌纤维的组成 | 第16页 |
| 2.2 肌纤维的类型 | 第16-18页 |
| 2.3 骨骼肌类型与肉质的关系 | 第18页 |
| 2.4 骨骼肌类型与肌肉生长的关系 | 第18-19页 |
| 3 全基因组学在家鸡上的应用 | 第19-21页 |
| 4 表观遗传-DNA甲基化研究进展 | 第21-31页 |
| 4.1 表观遗传学介绍 | 第21-22页 |
| 4.2 DNA甲基化简介 | 第22-24页 |
| 4.3 DNA甲基化与疾病 | 第24页 |
| 4.4 DNA甲基化对基因表达的作用 | 第24-25页 |
| 4.5 DNA甲基化在生物体中的作用 | 第25-26页 |
| 4.6 DNA甲基化研究方法 | 第26-29页 |
| 4.7 DNA甲基化模式在畜禽上的研究现状 | 第29-31页 |
| 5 转录组测序研究进展 | 第31-36页 |
| 5.1 转录组测序简介 | 第31页 |
| 5.2 RNA-seq测序技术原理 | 第31-32页 |
| 5.3 RNA-seq技术优势 | 第32-33页 |
| 5.4 RNA-seq的应用 | 第33-36页 |
| 5.4.1 RNA-seq测序深度研究 | 第33-34页 |
| 5.4.2 组织间基因表达水平研究 | 第34-35页 |
| 5.4.3. 新转录本的发现 | 第35页 |
| 5.4.4 转录本结构研究 | 第35页 |
| 5.4.5 可变剪切分析 | 第35-36页 |
| 5.5 RNA-seq技术在农业生产动物上的应用 | 第36页 |
| 6 甲基化与转录组联合研究现状 | 第36-37页 |
| 7 本研究的选题背景 | 第37-38页 |
| 8 本研究的目的和意义 | 第38-39页 |
| 第二章 肉鸡胸肌腿肌的转录组研究 | 第39-59页 |
| 1 引言 | 第39页 |
| 2 试验动物 | 第39页 |
| 3 试验方法 | 第39页 |
| 4 试验步骤 | 第39-42页 |
| 4.1 全基因组RNA的提取 | 第39-40页 |
| 4.2 核酸质检 | 第40-41页 |
| 4.3 转录组测序文库构建 | 第41-42页 |
| 5 数据分析 | 第42-45页 |
| 5.1 测序与原始数据的质量控制 | 第42-43页 |
| 5.2 测序结果与参考基因组比对 | 第43页 |
| 5.3 新转录本预测及可变剪切分析 | 第43页 |
| 5.4 基因表达水平定量分析 | 第43-44页 |
| 5.5 相关性分析 | 第44页 |
| 5.6 差异基因的筛选 | 第44页 |
| 5.7 差异基因功能富集 | 第44-45页 |
| 6 结果分析 | 第45-55页 |
| 6.1 RNA提取质量检测 | 第45-46页 |
| 6.2 转录组测序文库构建 | 第46-47页 |
| 6.3 测序数据概况 | 第47-49页 |
| 6.4 胸肌腿肌组织可变剪切形式分析 | 第49-50页 |
| 6.5 转录本定量及标准化处理结果 | 第50-51页 |
| 6.6 胸肌腿肌组织样品相关性分析 | 第51-52页 |
| 6.7 胸肌腿肌组织基因表达量差异分析 | 第52-53页 |
| 6.8 胸肌腿肌差异表达聚类分析 | 第53页 |
| 6.9 差异表达基因的功能富集 | 第53-55页 |
| 7 讨论 | 第55-58页 |
| 7.1 转录组测序方法的选择 | 第55-57页 |
| 7.2 测序深度对基因检出率的影响 | 第57页 |
| 7.3 肉鸡胸肌腿肌组织间可变剪切形式 | 第57-58页 |
| 7.4 肉鸡胸肌腿肌组织间差异表达基因 | 第58页 |
| 8 小结 | 第58-59页 |
| 第三章 肉鸡胸肌腿肌的全基因组甲基化研究 | 第59-83页 |
| 1 引言 | 第59页 |
| 2 试验动物 | 第59页 |
| 3 试验方法 | 第59页 |
| 4 试验步骤 | 第59-62页 |
| 4.1 全基因组DNA的提取 | 第59-61页 |
| 4.2 全基因组DNA质检 | 第61页 |
| 4.3 全基因组甲基化测序文库构建 | 第61-62页 |
| 5 数据分析 | 第62-65页 |
| 5.1 测序结果原始数据质量控制 | 第62页 |
| 5.2 测序结果与参考基因组的比对分析 | 第62-63页 |
| 5.3 重亚硫酸盐处理DNA转化效率的评估 | 第63-64页 |
| 5.4 甲基化位点分析及甲基化水平分析 | 第64页 |
| 5.5 肉鸡胸肌腿肌差异甲基化分析 | 第64页 |
| 5.6 肉鸡胸肌腿肌差异甲基化基因聚类分析 | 第64-65页 |
| 6 结果与分析 | 第65-79页 |
| 6.1 胸肌腿肌DNA样品制备及检测结果 | 第65-67页 |
| 6.2 文库测序错误率统计 | 第67-69页 |
| 6.3 原始数据的质量控制 | 第69页 |
| 6.4 胸肌腿肌组织测序深度及覆盖率统计 | 第69-70页 |
| 6.5 甲基化C位点的鉴定及分布特征 | 第70-72页 |
| 6.6 肉鸡胸肌腿肌甲基化水平分析 | 第72-73页 |
| 6.7 胸肌腿肌CG甲基化水平PCA主成分分析 | 第73-74页 |
| 6.8 肉鸡胸肌腿肌全基因组甲基化分布规律 | 第74-76页 |
| 6.9 胸肌腿肌甲基化差异分析 | 第76-78页 |
| 6.10 差异甲基化聚类分析 | 第78-79页 |
| 7 讨论 | 第79-81页 |
| 7.1 全基因组甲基化检测方法的选择 | 第79页 |
| 7.2 肉鸡胸肌腿肌的甲基化C位点分布 | 第79-80页 |
| 7.3 肉鸡胸肌腿肌的全基因组甲基化分布 | 第80-81页 |
| 7.4 胸肌腿肌的差异甲基化分布 | 第81页 |
| 8 小结 | 第81-83页 |
| 第四章 全基因组甲基化与转录组的比较分析及验证 | 第83-101页 |
| 1 引言 | 第83页 |
| 2 试验动物 | 第83页 |
| 3 试验方法 | 第83页 |
| 4 试验步骤 | 第83-87页 |
| 4.1 ATP染色组织切片制作 | 第83-84页 |
| 4.2 目的基因验证步骤 | 第84-87页 |
| 5 数据分析 | 第87页 |
| 6 结果分析 | 第87-96页 |
| 6.1 胸腿肌CG甲基化水平与基因表达分析 | 第87-88页 |
| 6.2 DMR与基因表达量的分析 | 第88-89页 |
| 6.3 DMR所在基因区域与差异基因表达的关系 | 第89-90页 |
| 6.4 目的基因的验证结果 | 第90-96页 |
| 6.5 胸肌腿肌组织表型差异研究结果 | 第96页 |
| 7 讨论 | 第96-99页 |
| 7.1 胸肌腿肌甲基化与转录组的关联分析 | 第96-97页 |
| 7.2 胸肌腿肌组织差异目的基因的选择 | 第97-98页 |
| 7.3 目的基因的验证 | 第98-99页 |
| 7.4 肉鸡胸肌腿肌组织表型差异 | 第99页 |
| 8 小结 | 第99-101页 |
| 第五章 结论 | 第101-103页 |
| 1 主要结论 | 第101页 |
| 2 创新点 | 第101-102页 |
| 3 不足之处及下一步工作建议 | 第102-103页 |
| 参考文献 | 第103-118页 |
| 致谢 | 第118-119页 |
| 附录 | 第119-143页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第143页 |
