| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 第一章 绪论 | 第15-36页 |
| 1.1 木质素的结构和性质 | 第15-20页 |
| 1.1.1 元素组成 | 第16-17页 |
| 1.1.2 官能团 | 第17页 |
| 1.1.3 结构组成及连接方式 | 第17页 |
| 1.1.4 木质素的性质 | 第17-20页 |
| 1.2 木质素模型苯化合物的特征 | 第20-22页 |
| 1.2.1 木质素模型苯化合物的种类 | 第20页 |
| 1.2.2 木质素模型苯化合物的分布 | 第20-21页 |
| 1.2.3 木质素模型苯化合物的连接方式 | 第21-22页 |
| 1.3 木质素及其模型苯化合物的微生物降解 | 第22-27页 |
| 1.3.1 白腐真菌和褐腐真菌的木质素降解 | 第23页 |
| 1.3.2 真菌的木质素过氧化物酶和锰过氧化物酶 | 第23-25页 |
| 1.3.3 木质素及其模型苯化合物降解相关的胞外漆酶 | 第25-26页 |
| 1.3.4 木质素及其模型苯化合物降解细菌及其相关酶类 | 第26-27页 |
| 1.3.5 木质素降解的小分子产物 | 第27页 |
| 1.4 木质素及其模型苯化合物的降解机制 | 第27-33页 |
| 1.4.1 β-芳基乙醚降解途径 | 第28-29页 |
| 1.4.2 联苯降解途径 | 第29-30页 |
| 1.4.3 二芳基丙烷降解途径 | 第30页 |
| 1.4.4 木质素组分苯基香豆满和松脂醇降解途径 | 第30-31页 |
| 1.4.5 木质素组分苯基香豆满和松脂醇降解途径 | 第31页 |
| 1.4.6 原儿茶酸氧化裂解 | 第31-32页 |
| 1.4.7 革兰氏阴性和革兰氏阳性细菌中存在的木质素及模型苯化合物降解机制 | 第32-33页 |
| 1.5 研究目的与思路 | 第33-36页 |
| 1.5.1 研究目的 | 第33-34页 |
| 1.5.2 研究思路 | 第34页 |
| 1.5.3 论文创新点 | 第34-36页 |
| 第二章 碱木质素微生物降解的特性 | 第36-57页 |
| 2.1 实验材料与方法 | 第36-39页 |
| 2.1.1 实验菌株及相关培养基 | 第36-37页 |
| 2.1.2 实验主要试剂及仪器 | 第37页 |
| 2.1.3 细菌培养条件 | 第37页 |
| 2.1.4 细菌的生长和木质素降解试验方法 | 第37页 |
| 2.1.5 培养基的色度脱除实验 | 第37-38页 |
| 2.1.6 木质素降解酶的酶活测定 | 第38-39页 |
| 2.1.7 GC-MS分析 | 第39页 |
| 2.1.8 扫描电镜分析 | 第39页 |
| 2.2 结果与讨论 | 第39-55页 |
| 2.2.1 温度对细菌降解木质素的影响 | 第39-40页 |
| 2.2.2 pH对细菌降解木质素的影响 | 第40-41页 |
| 2.2.3 细菌的生长和碱木质素的降解 | 第41-44页 |
| 2.2.4 碱木质素无机盐培养基中的色度脱除 | 第44-46页 |
| 2.2.5 碱木质素降解相关的胞外酶 | 第46-49页 |
| 2.2.6 碱木质素代谢产物的GC-MS分析 | 第49-54页 |
| 2.2.7 细菌降解碱木质素的微观过程 | 第54-55页 |
| 2.3 小结 | 第55-57页 |
| 第三章 木质素模型化合物的微生物降解 | 第57-70页 |
| 3.1 实验材料与方法 | 第57-60页 |
| 3.1.1 实验菌株及相关培养基 | 第57-58页 |
| 3.1.2 实验主要试剂及仪器 | 第58页 |
| 3.1.3 降解菌株的培养 | 第58页 |
| 3.1.4 细菌的生长和苯化合物的降解 | 第58页 |
| 3.1.5 液相分析 | 第58-59页 |
| 3.1.6 紫外分析 | 第59页 |
| 3.1.7 反向PCR(RT-PCR)分析 | 第59-60页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第60-68页 |
| 3.2.1 温度对细菌降解苯化合物的影响 | 第60-61页 |
| 3.2.2 pH对细菌降解苯化合物的影响 | 第61-62页 |
| 3.2.3 不同初始浓度对细菌生长及降解苯化合物的影响 | 第62-64页 |
| 3.2.4 细菌降解苯化合物的产物分析 | 第64-66页 |
| 3.2.5 降解苯化合物相关基因的RT-PCR分析 | 第66-68页 |
| 3.3 小结 | 第68-70页 |
| 第四章 Pandoraea sp.B-6和Cupriavidus basilensis B-8基因组测序 | 第70-90页 |
| 4.1 实验材料与方法 | 第71-75页 |
| 4.1.1 微生物基因组提取 | 第71-72页 |
| 4.1.2 测序策略 | 第72页 |
| 4.1.3 原始数据的处理 | 第72-73页 |
| 4.1.4 数据组装分析 | 第73页 |
| 4.1.5 基因组装结果评价 | 第73-74页 |
| 4.1.6 基因预测 | 第74页 |
| 4.1.7 重组序列分析 | 第74页 |
| 4.1.8 ncRNA预测 | 第74页 |
| 4.1.9 基因功能注释 | 第74-75页 |
| 4.1.10 基因组全部信息作图 | 第75页 |
| 4.1.11 共线性分析 | 第75页 |
| 4.2 基因组测序及分析 | 第75-88页 |
| 4.2.1 基因组序列原始数据的处理 | 第75-76页 |
| 4.2.2 基因组数据组装及组装结果分析 | 第76-80页 |
| 4.2.3 基因预测 | 第80-82页 |
| 4.2.4 重复序列分析 | 第82-83页 |
| 4.2.5 ncRNA预测 | 第83-84页 |
| 4.2.6 基因功能预测 | 第84-87页 |
| 4.2.7 基因组全部信息作图(环形图) | 第87-88页 |
| 4.2.8 共线性分析 | 第88页 |
| 4.3 小结 | 第88-90页 |
| 第五章 Pandoraea sp.B-6木质素及其模型苯化合物的降解机制 | 第90-121页 |
| 5.1 实验材料与方法 | 第91-94页 |
| 5.1.1 苯化合物为唯一碳源培养Pandoraea sp.B-6 | 第91页 |
| 5.1.2 Pandoraea sp.B-6基因组序列的比较分析 | 第91-92页 |
| 5.1.3 RT-PCR分析 | 第92-94页 |
| 5.2 木质素降解的分子生物学机制 | 第94-109页 |
| 5.2.1 木质素降解初级阶段胞外酶分析 | 第94-95页 |
| 5.2.2 构成木质素的苯化合物的完全降解途径 | 第95-109页 |
| 5.3 其他苯化合物降解的分子生物学机制 | 第109-120页 |
| 5.3.1 3,4-二羟基苯乙酸甲酯间位裂解途径 | 第109-112页 |
| 5.3.2 C6-C2和C6-C3化合物的降解 | 第112-117页 |
| 5.3.3 氨基化合物的降解途径 | 第117-120页 |
| 5.4 小结 | 第120-121页 |
| 第六章 Cupriavidus basilensis B-8木质素及其模型苯化合物降解机制 | 第121-151页 |
| 6.1 实验材料与方法 | 第121-123页 |
| 6.1.1 苯化合物做为唯一碳源培养Cupriavidus basilensis B-8 | 第121-122页 |
| 6.1.2 Cupriavidus basilensis B-8基因组序列的比较分析 | 第122页 |
| 6.1.3 RT-PCR分析 | 第122-123页 |
| 6.2 木质素降解的分子生物学机制 | 第123-141页 |
| 6.2.1 木质素降解初级阶段胞外酶分析 | 第123-125页 |
| 6.2.2 构成木质素的苯化合物的完全降解途径 | 第125-141页 |
| 6.3 其他苯化合物降解的分子生物学机制 | 第141-150页 |
| 6.3.1 3,4-二羟基苯乙酸甲酯间位裂解途径 | 第141-143页 |
| 6.3.2 C6-C2和C6-C3化合物的降解 | 第143-148页 |
| 6.3.3 氨基化合物的降解途径 | 第148-150页 |
| 6.4 小结 | 第150-151页 |
| 第七章 结论与展望 | 第151-155页 |
| 7.1 结论 | 第151-152页 |
| 7.2 建议 | 第152-155页 |
| 参考文献 | 第155-175页 |
| 攻读博士学位期间的学术成果 | 第175-177页 |
| 致谢 | 第177页 |
