| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第1章 绪论:天然无序蛋白质及其研究方法 | 第11-37页 |
| 1.1 引言 | 第11-12页 |
| 1.2 折叠蛋白质和天然无序蛋白质 | 第12-15页 |
| 1.3 天然无序蛋白质的实验研究方法 | 第15-24页 |
| 1.3.1 核磁共振波谱学 | 第15-22页 |
| 1.3.2 小角度X-射线散射 | 第22-24页 |
| 1.4 天然无序蛋白质结构系综的计算 | 第24-30页 |
| 1.4.1 约束分子动力学模拟 | 第25-27页 |
| 1.4.2 构象产生和系综筛选的方法 | 第27-29页 |
| 1.4.3 结构系综的简并性 | 第29-30页 |
| 参考文献 | 第30-37页 |
| 第2章 大肠杆菌RNA分子伴侣Hfq的C末端的结构与动力学的研究 | 第37-71页 |
| 2.1 研究背景介绍 | 第37-41页 |
| 2.1.1 非编码sRNA的转录后调控 | 第37-38页 |
| 2.1.2 大肠杆菌RNA分子伴侣蛋白Hfq | 第38-40页 |
| 2.1.3 Hfq蛋白C末端的背景介绍 | 第40-41页 |
| 2.2 实验材料与方法 | 第41-51页 |
| 2.2.1 Hfq蛋白的表达与纯化 | 第41-43页 |
| 2.2.2 突变体的构建 | 第43页 |
| 2.2.3 稳定同位素标记 | 第43-44页 |
| 2.2.4 主链化学位移认证 | 第44-45页 |
| 2.2.5 主链弛豫实验 | 第45-46页 |
| 2.2.6 CPMG实验 | 第46页 |
| 2.2.7 顺磁弛豫增强实验 | 第46-49页 |
| 2.2.8 小角度X-射线散射实验 | 第49页 |
| 2.2.9 分子动力学模拟 | 第49-50页 |
| 2.2.10 结构系综筛选 | 第50-51页 |
| 2.3 实验结果与讨论 | 第51-65页 |
| 2.3.1 Hfq蛋白的C末端可以防止Hfq-RNA复合物发生聚集 | 第51-52页 |
| 2.3.2 Hfq的C末端是高度柔性的 | 第52-54页 |
| 2.3.3 柔性的C末端与核心区域存在瞬态相互作用 | 第54-56页 |
| 2.3.4 无序的C末端存在瞬态的二级结构 | 第56-57页 |
| 2.3.5 Hfq蛋白C末端的主链动力学特征 | 第57-60页 |
| 2.3.6 基于PRE数据的结构系综 | 第60-65页 |
| 2.4 总结 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-71页 |
| 第3章 利用小角度X-射线散射和放大集合运动模拟来描述蛋白质柔性 | 第71-95页 |
| 3.1 研究背景 | 第71-72页 |
| 3.2 利用计算机模拟进行构象采集 | 第72-75页 |
| 3.2.1 T4L的构象采集 | 第72-74页 |
| 3.2.2 FBP21-WWs的构象采集 | 第74-75页 |
| 3.3 SAXS数据及其拟合方法 | 第75-77页 |
| 3.3.1 T4L的模拟SAXS数据 | 第75-76页 |
| 3.3.2 FBP21-WWs的实验SAXS数据 | 第76页 |
| 3.3.3 SAXS数据的拟合方法 | 第76-77页 |
| 3.4 实验结果与讨论 | 第77-89页 |
| 3.4.1 T4L的模拟及其SAXS数据的拟合 | 第77-81页 |
| 3.4.2 FBP21-WWs模拟轨迹的SAXS拟合 | 第81-83页 |
| 3.4.3 ACM模拟轨迹拟合SAXS数据的收敛性 | 第83-87页 |
| 3.4.4 与其它构象采样结合SAXS的方法的比较 | 第87-89页 |
| 3.5 总结 | 第89-90页 |
| 参考文献 | 第90-95页 |
| 致谢 | 第95-97页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第97页 |
