| 摘要 | 第5-7页 |
| abstract | 第7-9页 |
| 1 绪论 | 第12-27页 |
| 1.1 简化基因组技术概述 | 第12-17页 |
| 1.1.1 简化基因组技术的原理 | 第12-14页 |
| 1.1.2 RAD-seq与2b-RAD技术的比较 | 第14-16页 |
| 1.1.3 简化基因组技术的应用 | 第16-17页 |
| 1.2 基因组组组装技术概述 | 第17-21页 |
| 1.2.1 基因组装发展历程 | 第17-19页 |
| 1.2.2 辅助基因组组装技术概述 | 第19-21页 |
| 1.3 全基因组选择育种理论 | 第21-24页 |
| 1.3.1 全基因组选择的概念 | 第21-22页 |
| 1.3.2 全基因组选择对育种项目的影响 | 第22页 |
| 1.3.3 全基因组选择的应用 | 第22-24页 |
| 1.4 本研究中用到的数学基本理论 | 第24-27页 |
| 1.4.1 常用概率分布类型 | 第24-26页 |
| 1.4.2 贝叶斯理论 | 第26-27页 |
| 2 “桥接法”辅助基因组组装方案理论分析 | 第27-40页 |
| 2.1 引言 | 第27-28页 |
| 2.2 “桥接法”基因组组装策略基础 | 第28-33页 |
| 2.2.1 “桥接法”基因组组装整体策略 | 第28-30页 |
| 2.2.2 “桥接法”基因组组装实验基础：Happy实验 | 第30-31页 |
| 2.2.3 噪音处理 | 第31-33页 |
| 2.3 “桥接法”基因组组装软件Scallop | 第33-39页 |
| 2.3.1 高密度标记层次组算法 | 第33-37页 |
| 2.3.2 利用2b-RAD标签信息对Contig进行连接 | 第37页 |
| 2.3.3 利用2b-RAD图谱对已有的组装版本进一步升级 | 第37-39页 |
| 2.4 总结 | 第39-40页 |
| 3 “桥接法”基因组组装的应用：拟南芥为例 | 第40-58页 |
| 3.1 引言 | 第40页 |
| 3.2 拟南芥全基因组和人类1号染色体模拟 | 第40-47页 |
| 3.2.1 4种Happy文库的模拟 | 第40-41页 |
| 3.2.2 动态迭代组装算法评价 | 第41-45页 |
| 3.2.3 讨论 | 第45-47页 |
| 3.3 基于2b-RAD图谱的拟南芥基因组组装 | 第47-58页 |
| 3.3.1 拟南芥Happy实验材料 | 第47-48页 |
| 3.3.2 数据分析方法 | 第48-49页 |
| 3.3.3 迭代组装拟南芥基因组 | 第49-56页 |
| 3.3.4 讨论 | 第56-58页 |
| 4 2b-RAD无参照基因组分型算法研究 | 第58-71页 |
| 4.1 引言 | 第58-59页 |
| 4.2 高质量参照基因组的构建 | 第59-64页 |
| 4.2.1 混合泊松分布模型基础 | 第59-61页 |
| 4.2.2 结果和讨论 | 第61-64页 |
| 4.2.3 小结 | 第64页 |
| 4.3 RADtyping：用于基于作图家系的2b-RAD标记分型软件包 | 第64-71页 |
| 4.3.1 RADtyping基本原理 | 第65-67页 |
| 4.3.2 RADtyping软件评价 | 第67-71页 |
| 5 2b-RAD在全基因组选择中的应用：虾夷扇贝为例 | 第71-89页 |
| 5.1 引言 | 第71-72页 |
| 5.2 模拟分析 | 第72-78页 |
| 5.2.1 模拟育种群体构建 | 第72-75页 |
| 5.2.2 模拟育种群体育种值估计 | 第75-78页 |
| 5.3 实际数据分析 | 第78-89页 |
| 5.3.1 实际育种群体构建 | 第78-80页 |
| 5.3.2 实际育种群体育种值估计 | 第80-87页 |
| 5.3.3 讨论 | 第87-89页 |
| 6 结语 | 第89-90页 |
| 7 参考文献 | 第90-99页 |
| 8 附录 | 第99-109页 |
| 个人简历 | 第109-110页 |
| 9 学术成果 | 第110-111页 |
| 10 致谢 | 第111-112页 |
