| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 注释表 | 第13-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-19页 |
| 1.1 研究目的与意义 | 第14-15页 |
| 1.2 论文研究的关键问题 | 第15-16页 |
| 1.3 研究方案与创新性 | 第16-17页 |
| 1.4 论文的研究内容 | 第17-18页 |
| 1.5 本章小结 | 第18-19页 |
| 第二章 神经发育与可变剪接的研究现状和联系 | 第19-27页 |
| 2.1 引言 | 第19页 |
| 2.2 神经发育的过程 | 第19-20页 |
| 2.3 可变剪接的概述 | 第20-23页 |
| 2.3.1 可变剪接的机制 | 第20-21页 |
| 2.3.2 可变剪接的数据库 | 第21-23页 |
| 2.4 可变剪接的发生与神经发育的联系 | 第23-25页 |
| 2.5 异常的可变剪接与相关神经疾病的关联 | 第25页 |
| 2.6 本章小结 | 第25-27页 |
| 第三章 RNA-Seq测序与实验数据的简介 | 第27-33页 |
| 3.1 引言 | 第27页 |
| 3.2 RNA-Seq测序技术的简介 | 第27-30页 |
| 3.2.1 RNA-Seq测序技术的流程 | 第27-29页 |
| 3.2.2 RNA-Seq测序技术的特点 | 第29页 |
| 3.2.3 RNA-Seq测序技术的应用 | 第29-30页 |
| 3.3 实验数据的简介 | 第30-31页 |
| 3.3.1 Smek基因的概述 | 第30页 |
| 3.3.2 实验数据的来源和获取流程 | 第30-31页 |
| 3.4 本章小结 | 第31-33页 |
| 第四章 基于Smek基因的差异表达分析 | 第33-71页 |
| 4.1 引言 | 第33页 |
| 4.2 基于基因差异表达分析的测序数据预处理 | 第33-54页 |
| 4.2.1 FastQC检测原始读段的质量 | 第33-42页 |
| 4.2.2 Top Hat比对原始读段 | 第42-44页 |
| 4.2.3 HTSeq获得匹配的序列数量 | 第44-46页 |
| 4.2.4 Cufflinks和Cuffmerge装配转录组 | 第46-47页 |
| 4.2.5 Cuffdiff显著性差异表达分析 | 第47-54页 |
| 4.3 基于Smek基因的差异表达分析 | 第54-69页 |
| 4.3.1 基因差异表达分析的方法 | 第54-56页 |
| 4.3.2 相同时间点敲除与野生型的差异表达分析 | 第56-62页 |
| 4.3.3 不同时间点野生型的差异表达分析 | 第62-66页 |
| 4.3.4 不同时间点敲除Smek基因的差异表达分析 | 第66-69页 |
| 4.4 差异表达的基因使用GO和DAVID富集分析的区别 | 第69-70页 |
| 4.5 本章小结 | 第70-71页 |
| 第五章 基于Smek基因的可变剪接与神经发育的联系 | 第71-87页 |
| 5.1 引言 | 第71页 |
| 5.2 基于Jensen-Shannon差异的可变剪接分析方法 | 第71-72页 |
| 5.3 基于Smek基因的可变剪接分析 | 第72-86页 |
| 5.3.1 相同时间点敲除与野生型的可变剪接分析 | 第72-76页 |
| 5.3.2 不同时间点野生型的可变剪接分析 | 第76-82页 |
| 5.3.3 不同时间点敲除Smek基因的可变剪接分析 | 第82-86页 |
| 5.4 基于Smek基因的可变剪接与神经发育的联系 | 第86页 |
| 5.5 本章小结 | 第86-87页 |
| 第六章 总结与展望 | 第87-90页 |
| 6.1 总结 | 第87-88页 |
| 6.2 展望 | 第88-90页 |
| 参考文献 | 第90-97页 |
| 致谢 | 第97-98页 |
| 在学期间的研究成果及学术论文情况 | 第98页 |
