| 摘要 | 第8-9页 |
| Abstract | 第9页 |
| 1 引言 | 第10-22页 |
| 1.1 新一代高通量测序技术 | 第10-11页 |
| 1.2 新一代测序平台及其特点 | 第11-15页 |
| 1.2.1 边合成边测序 | 第11-12页 |
| 1.2.2 边连接边测序技术 | 第12页 |
| 1.2.3 单模块测序技术 | 第12-15页 |
| 1.3 新一代测序技术在稻瘟病菌功能基因组学研究中的应用 | 第15-17页 |
| 1.3.1 目前已经完成的稻瘟病菌及其近缘种的基因组测序 | 第15-16页 |
| 1.3.2 新一代测序技术在稻瘟病菌转录组学中的研究 | 第16-17页 |
| 1.3.2.1 稻瘟病菌基因表达谱的研究 | 第16页 |
| 1.3.2.2 稻瘟病菌的sRNA的研究 | 第16页 |
| 1.3.2.3 稻瘟病菌转录因子调控网络的研究 | 第16-17页 |
| 1.4 新一代测序技术在稻瘟病菌基因组学研究中的应用 | 第17-21页 |
| 1.4.1 稻瘟菌小染色体功能的研究 | 第17-18页 |
| 1.4.2 稻瘟病菌效应子与水稻效应子受体共进化群体基因组学研究 | 第18-19页 |
| 1.4.3 稻瘟病菌与水稻共进化的理论模型 | 第19-20页 |
| 1.4.4 新一代测序在群体中全基因组检测选择信号的研究 | 第20-21页 |
| 1.4.4.1 TajimaD检验 | 第20页 |
| 1.4.4.2 连锁不平衡 | 第20页 |
| 1.4.4.3 稻瘟病菌群体内选择信号的检测研究 | 第20-21页 |
| 1.5 本课题的研究目标 | 第21-22页 |
| 2 实验材料与方法 | 第22-28页 |
| 2.1 测序的稻瘟病菌菌株 | 第22页 |
| 2.2 实验数据 | 第22页 |
| 2.2.1 稻瘟病菌参考基因组 | 第22页 |
| 2.2.2 FJ81278特异基因注释的转录本 | 第22页 |
| 2.3 实验方法 | 第22-27页 |
| 2.3.1 污染序列的处理和测序质量评估 | 第22页 |
| 2.3.2 测序短读序列和参考基因组匹配分析 | 第22-23页 |
| 2.3.2.1 基于无空位的比对方法 | 第22-23页 |
| 2.3.2.2 基于空位的比对方法 | 第23页 |
| 2.3.3 稻瘟病菌基因组的组装 | 第23-24页 |
| 2.3.4 全基因组单核苷酸多态性及插入缺失突变位点 | 第24-25页 |
| 2.3.4.1 全基因组范围内单核苷酸多态性的检测 | 第24页 |
| 2.3.4.2 插入缺失位点的检测 | 第24-25页 |
| 2.3.5 稻瘟病菌菌株之间的直系同源基因的正向选择位点的检测 | 第25页 |
| 2.3.6 稻瘟病菌重测序基因组的注释 | 第25页 |
| 2.3.7 稻瘟病菌基因组结构变异的检测 | 第25-26页 |
| 2.3.8 全基因组转座元件的插入位点的检测 | 第26-27页 |
| 2.4 技术路线 | 第27-28页 |
| 3 实验结果 | 第28-48页 |
| 3.1 重测序双末端短读序列和参考基因组的比对分析 | 第28-29页 |
| 3.2. 稻瘟病菌两个菌株基因组的从头组装及注释 | 第29页 |
| 3.3 稻瘟病菌菌株FJ81278中特异序列编码的基因的注释 | 第29-32页 |
| 3.4 稻瘟病菌两个菌株的SNP/INDEL的多态性 | 第32-36页 |
| 3.4.1 稻瘟病菌两个菌株的单核苷酸多态性 | 第32-34页 |
| 3.4.2 稻瘟病菌菌株间的插入或缺失多态性分布 | 第34页 |
| 3.4.3 稻瘟菌菌株SNP/INDEL突变对编码区剪切位点的影响 | 第34-36页 |
| 3.5 不同菌株间的分泌蛋白的多态性 | 第36-42页 |
| 3.5.1 分泌蛋白编码区全长的存在和缺失 | 第36-39页 |
| 3.5.2 不同菌株间编码区有单核苷酸多态性和单个碱基插入缺失的分泌蛋白 | 第39-40页 |
| 3.5.3 稻瘟病菌小种间分泌蛋白启动子区域转座元件的多态性 | 第40-42页 |
| 3.6 稻瘟病菌基因组不同菌株的结构变异 | 第42-45页 |
| 3.6.1 稻瘟病菌基因组范围内拷贝数的变异 | 第42-44页 |
| 3.6.2 稻瘟病菌FJ81278染色体间的不同染色体间的片段 | 第44-45页 |
| 3.7 稻瘟菌不同菌株之间全基因组中正向选择位点 | 第45-47页 |
| 3.8 稻瘟病菌宿主专化时受正向选择的位点 | 第47-48页 |
| 4 小结与讨论 | 第48-52页 |
| 4.1 稻瘟菌基因重测序项目的最佳测序深度探讨 | 第48页 |
| 4.2 稻瘟病菌菌株间的遗传多态性 | 第48页 |
| 4.3 稻瘟病菌的FJ81278特异序列的可能来源探讨 | 第48-49页 |
| 4.4 稻瘟病病的正向选择选择位点及在宿主专化时受正向选择的位点 | 第49-51页 |
| 4.5 后续研究及展望 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-56页 |
| 致谢 | 第56-57页 |
| 附录 | 第57-63页 |
