| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 缩略词表 | 第8-11页 |
| 前言 | 第11-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-28页 |
| 1 猪的基因组及转录组简介 | 第12-16页 |
| 1.1 猪的基因组组装及注释 | 第12-13页 |
| 1.2 猪的转录组测序 | 第13-14页 |
| 1.3 猪的基因组进化 | 第14页 |
| 1.4 猪基因组的重复元件 | 第14-15页 |
| 1.5 猪作为一种生物医学模型的相关研究简介 | 第15-16页 |
| 2 基因表达的组织特异性 | 第16-19页 |
| 2.1 基因的分类 | 第16-19页 |
| 2.2 启动子及模体的调控模式 | 第19页 |
| 3 序列模体的研究现状 | 第19-25页 |
| 3.1 序列模体 | 第19-20页 |
| 3.2 模体分析的方法和技术 | 第20-24页 |
| 3.3 启动子上的模体分布情况 | 第24-25页 |
| 4 基因共表达网络 | 第25-28页 |
| 4.1 网络构建数据来源 | 第25页 |
| 4.2 基因表达相似性评估方法 | 第25页 |
| 4.3 网络构建阈值选取方法 | 第25-26页 |
| 4.4 基因共表达网络的拓扑分析方法 | 第26页 |
| 4.5 基因共表达网络的模块构建及分析 | 第26-28页 |
| 第二章 猪的基因结构、进化和启动子分析 | 第28-44页 |
| 1 材料与方法 | 第28-30页 |
| 1.1 数据来源 | 第28页 |
| 1.2 方法 | 第28-30页 |
| 2 结果与分析 | 第30-41页 |
| 2.1 猪的基因表达谱 | 第30-31页 |
| 2.2 猪持家基因的定义 | 第31页 |
| 2.3 持家基因与组织特异性基因的表达水平 | 第31页 |
| 2.4 持家基因与组织特异性基因结构比较 | 第31-32页 |
| 2.5 持家基因与组织特异性基因功能分析 | 第32-34页 |
| 2.6 持家基因与组织特异性基因进化动力学分析 | 第34-36页 |
| 2.7 持家基因与组织特异性基因启动子区域保守性分析 | 第36-40页 |
| 2.8 持家基因与组织特异性基因启动子区域调控模体的检测 | 第40-41页 |
| 3 讨论 | 第41-44页 |
| 第三章 猪与人持家基因结构、功能的比较及进化分析 | 第44-55页 |
| 1 材料与方法 | 第44-45页 |
| 1.1 试验材料 | 第44页 |
| 1.2 方法 | 第44-45页 |
| 2 结果与分析 | 第45-53页 |
| 2.1 猪与人持家基因重叠性分析 | 第45页 |
| 2.2 猪与人持家基因的结构比较 | 第45-46页 |
| 2.3 猪与人持家基因的进化动力学 | 第46-48页 |
| 2.4 猪与人持家基因功能分析 | 第48-50页 |
| 2.5 物种间持家基因功能的协同性 | 第50-51页 |
| 2.6 活性中心的趋同性 | 第51-52页 |
| 2.7 锌指结构的趋同性 | 第52-53页 |
| 3 讨论 | 第53-55页 |
| 第四章 猪的泛组织基因共表达网络构建与特征分析 | 第55-72页 |
| 1 材料和方法 | 第55-56页 |
| 1.1 试验材料 | 第55页 |
| 1.2 方法 | 第55-56页 |
| 2 结果与分析 | 第56-70页 |
| 2.1 猪的基因表达变异度分析 | 第56页 |
| 2.2 样本和基因筛选 | 第56-57页 |
| 2.3 模块构建 | 第57-60页 |
| 2.4 模块功能的特异性 | 第60-62页 |
| 2.5 模块功能的协同性 | 第62-65页 |
| 2.6 模块的组织特异性 | 第65-67页 |
| 2.7 模块内基因启动子区域调控模体富集分析 | 第67-70页 |
| 3 讨论 | 第70-72页 |
| 第五章 猪肌肉组织基因共表达网络调控分析 | 第72-84页 |
| 1 材料与方法 | 第72页 |
| 1.1 试验材料 | 第72页 |
| 1.2 方法 | 第72页 |
| 2 结果与分析 | 第72-82页 |
| 2.1 猪的基因表达变异度分析 | 第72-73页 |
| 2.2 样本和基因筛选 | 第73页 |
| 2.3 模块构建 | 第73-75页 |
| 2.4 猪肌肉组织模块的功能富集分析 | 第75-76页 |
| 2.5 猪肌肉组织模块的组织定位 | 第76-77页 |
| 2.6 猪肌肉组织模块内基因启动子区域模体调控富集分析 | 第77-79页 |
| 2.7 模块特异的转录因子调控基因共表达分析 | 第79-82页 |
| 3 讨论 | 第82-84页 |
| 第六章 结论与展望 | 第84-85页 |
| 参考文献 | 第85-102页 |
| 附录 | 第102-116页 |
| 1 附表 | 第102-111页 |
| 2 附图 | 第111-116页 |
| 致谢 | 第116-117页 |
| 作者简介 | 第117-118页 |
| 导师评阅表 | 第118页 |
