| 致谢 | 第4-5页 |
| 中文摘要 | 第5-14页 |
| 第一部分 文献综述 | 第14-45页 |
| 第一章 生物信息学的研究进展 | 第15-29页 |
| 1 生物信息学的产生与发展 | 第15-17页 |
| 2 生物信息学的产生与发展 | 第17-20页 |
| 2.1 基因组计划和数据库 | 第17-19页 |
| 2.2 分子生物信息数据库种类 | 第19-20页 |
| 3 基因组信息学的研究进展 | 第20-21页 |
| 3.1 功能基因组信息学 | 第20页 |
| 3.2 比较基因组学 | 第20-21页 |
| 4 蛋白质组信息学的研究进展 | 第21-23页 |
| 4.1 蛋白质结构功能预测 | 第21-22页 |
| 4.2 分子模拟与药物设计 | 第22-23页 |
| 5 未来生物信息学展望 | 第23-25页 |
| 5.1 研究目标由组成转向功能 | 第23页 |
| 5.2 研究内容由静态转向动态 | 第23-24页 |
| 5.3 研究角度由局部性转向整体性 | 第24页 |
| 5.4 研究方法由单一转向综合 | 第24-25页 |
| 参考文献 | 第25-29页 |
| 第二章 表达序列标记(EST)的研究进展 | 第29-40页 |
| 1 EST技术的原理和方法 | 第29-30页 |
| 2 EST技术的形成 | 第30-31页 |
| 3 EST数据库 | 第31-32页 |
| 4 EST序列的分析 | 第32-33页 |
| 5 EST在功能基因组学研究上的应用 | 第33-35页 |
| 5.1 构建遗传学图谱 | 第33-34页 |
| 5.2 发现新基因 | 第34页 |
| 5.3 在转录表达图谱研究中的应用 | 第34页 |
| 5.4 用于制备DNA芯片 | 第34-35页 |
| 6 EST技术的不足之处及解决策略 | 第35-36页 |
| 7 蜜蜂EST的研究现状 | 第36-38页 |
| 7.1 蜜蜂EST的研究进展 | 第36-37页 |
| 7.2 展望 | 第37-38页 |
| 8 依据蜜蜂EST研究现状本论文的拟研究目标 | 第38-40页 |
| 参考文献 | 第40-45页 |
| 第二部分 一般材料与方法 | 第45-69页 |
| 第三章 基于dbEST克隆新基因及其功能分析的策略 | 第46-59页 |
| 1 电子序列延伸的生物信息学策略 | 第47-51页 |
| 1.1 基本思路 | 第47页 |
| 1.2 EST序列组装流程 | 第47-48页 |
| 1.3 EST序列延伸分析工具 | 第48-50页 |
| 1.3.1 Phred-Phrap软件包 | 第48-49页 |
| 1.3.2 GigAssembler软件包 | 第49页 |
| 1.3.3 GCG软件包 | 第49-50页 |
| 1.4 EST序列延伸相关生物信息学资源 | 第50页 |
| 1.5 利用UniGene数据库进行电子延伸 | 第50-51页 |
| 2 核酸序列分析及功能预测 | 第51-53页 |
| 2.1 cDNA序列开放阅读框分析 | 第52页 |
| 2.2 基因组序列的内含子／外显子分析 | 第52页 |
| 2.3 cDNA序列与基因组序列的对齐及其显示 | 第52-53页 |
| 2.4 基因启动子及其他DNA调控位点分析 | 第53页 |
| 3 蛋白质序列分析 | 第53-55页 |
| 3.1 蛋白质基本性质分析 | 第53页 |
| 3.1.1 疏水性分析 | 第53页 |
| 3.1.2 跨膜区分析 | 第53页 |
| 3.2 蛋白质功能预测 | 第53-54页 |
| 3.2.1 基于NCBI／Blast软件的蛋白质同源性分析 | 第53-54页 |
| 3.2.2 蛋白质的结构功能域分析 | 第54页 |
| 3.3 蛋白质序列之间的多重比对及分子进化分析 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-59页 |
| 第四章 分子生物学研究的材料和方法 | 第59-69页 |
| 1 材料 | 第59-60页 |
| 1.1 昆虫 | 第59页 |
| 1.1.1 蜜蜂 | 第59页 |
| 1.1.2 家蚕 | 第59页 |
| 1.2 菌种和载体 | 第59页 |
| 1.2.1 菌株 | 第59页 |
| 1.2.2 克隆载体 | 第59页 |
| 1.3 试剂和仪器 | 第59-60页 |
| 1.3.1 试剂 | 第59-60页 |
| 1.3.2 仪器 | 第60页 |
| 2 方法 | 第60-68页 |
| 2.1 培养基和缓冲液 | 第60-61页 |
| 2.2 细菌培养 | 第61页 |
| 2.3 质粒DNA的少量提取 | 第61-62页 |
| 2.3.1 试剂 | 第61页 |
| 2.3.2 步骤 | 第61-62页 |
| 2.4 核酸纯化 | 第62-63页 |
| 2.4.1 透析袋电洗脱法 | 第62页 |
| 2.4.2 低熔点琼脂糖凝胶法 | 第62-63页 |
| 2.5 连接反应 | 第63页 |
| 2.6 昆虫总RNA的提取 | 第63-64页 |
| 2.7 RT-PCR | 第64页 |
| 2.7.1 RNA变性 | 第64页 |
| 2.7.2 cDNA合成 | 第64页 |
| 2.7.3 PCR反应 | 第64页 |
| 2.8 昆虫基因组DNA的制备 | 第64-65页 |
| 2.8.1 基因组DNA的提取 | 第64-65页 |
| 2.8.2 DNA浓度测定 | 第65页 |
| 2.9 感受态细胞制备及转化 | 第65-66页 |
| 2.9.1 感受态细胞的制备 | 第65-66页 |
| 2.9.2 转化和筛选 | 第66页 |
| 2.10 重组质粒的鉴定 | 第66-67页 |
| 2.10.1 快速细胞破碎法 | 第66页 |
| 2.10.2 PCR扩增特异性片段法 | 第66页 |
| 2.10.3 酶切鉴定法 | 第66-67页 |
| 2.11 DNA序列测定及分析 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-69页 |
| 第三部分 研究内容、结果和分析 | 第69-131页 |
| 第五章 蜜蜂腺苷酸转移载体基因cDNA序列的获得与验证 | 第70-85页 |
| 1 材料和方法 | 第70-72页 |
| 1.1 实验材料 | 第70页 |
| 1.2 方法 | 第70-72页 |
| 1.2.1 种子EST序列的获得 | 第70页 |
| 1.2.2 组装序列的EST候选清单的获取 | 第70-71页 |
| 1.2.3 cDNA序列的拼接组装 | 第71页 |
| 1.2.4 开放阅读框架(ORF)分析 | 第71页 |
| 1.2.5 蜜蜂总RNA的提取及反转录合成单链cDNA | 第71页 |
| 1.2.6 引物的设计与合成 | 第71页 |
| 1.2.7 PCR扩增蜜蜂ant基因片段 | 第71页 |
| 1.2.8 重组、克隆和DNA序列分析 | 第71-72页 |
| 1.2.9 核酸序列之间的多重比对及进化分析 | 第72页 |
| 2 结果与分析 | 第72-80页 |
| 2.1 种子序列的获得 | 第72-74页 |
| 2.2 组装序列的EST候选清单 | 第74页 |
| 2.3 cDNA序列的拼接组装 | 第74-75页 |
| 2.4 开放阅读框架分析 | 第75-76页 |
| 2.5 RT-PCR验证 | 第76页 |
| 2.6 核酸序列之间的多重比对及进化分析 | 第76-80页 |
| 3 讨论 | 第80-82页 |
| 参考文献 | 第82-85页 |
| 第六章 蜜蜂腺苷酸转移载体基因组序列的克隆与分析 | 第85-98页 |
| 1 材料与方法 | 第86-88页 |
| 1.1 实验材料 | 第86页 |
| 1.2 方法 | 第86-88页 |
| 1.2.1 蜜蜂基因组DNA的提取 | 第86页 |
| 1.2.2 引物设计 | 第86页 |
| 1.2.3 蜜蜂ant基因组序列片段克隆 | 第86-87页 |
| 1.2.4 上下游序列克隆 | 第87页 |
| 1.2.5 蜜蜂ant基因组全序列分析 | 第87-88页 |
| 2 结果与分析 | 第88-91页 |
| 2.1 基因克隆 | 第88-90页 |
| 2.1.1 蜜蜂ant基因组序列片段克隆 | 第88页 |
| 2.1.2 上下游序列克隆 | 第88页 |
| 2.1.3 蜜蜂ant基因组序列的拼接 | 第88-90页 |
| 2.2 基因组结构分析 | 第90-91页 |
| 2.2.1 基因组序列内含子／外显子分析 | 第90页 |
| 2.2.2 蜜蜂ant基因组序列启动子预测 | 第90-91页 |
| 3 时论 | 第91-95页 |
| 参考文献 | 第95-98页 |
| 第七章 蜜蜂腺苷酸转移载体基因推测编码的蛋白质性质分析与功能预测 | 第98-115页 |
| 1 方法 | 第98-100页 |
| 1.1 蛋白质基本性质分析 | 第98-99页 |
| 1.1.1 氨基酸组成、分子量、等电点分析 | 第98页 |
| 1.1.2 疏水性分析 | 第98-99页 |
| 1.1.3 跨膜区分析 | 第99页 |
| 1.1.4 信号肽分析 | 第99页 |
| 1.2 蛋白质功能预测 | 第99页 |
| 1.2.1 基于NCBI／Blast软件的蛋白质同源性分析 | 第99页 |
| 1.2.2 蛋白质的结构功能域分析 | 第99页 |
| 1.3 蛋白质序列之间的多重比对及分子进化分析 | 第99-100页 |
| 2 结果与分析 | 第100-108页 |
| 2.1 蛋白质基本性质分析 | 第100-103页 |
| 2.1.1 氨基酸组成、分子量、等电点分析 | 第100-101页 |
| 2.1.2 疏水性分析 | 第101页 |
| 2.1.3 跨膜区分析 | 第101-103页 |
| 2.1.4 信号肽分析 | 第103页 |
| 2.2 蛋白质功能预测 | 第103-106页 |
| 2.2.1 基丁NCBI／Blast软什的蛋白质同源性分析 | 第103-104页 |
| 2.2.2 蛋白质的结构功能域分析 | 第104-105页 |
| 2.2.3 蛋白质功能预测 | 第105-106页 |
| 2.3 蛋白质序列之间的多重比对及分子进化分析 | 第106-108页 |
| 2.3.1 蛋白质序列之间的多重对齐 | 第106-108页 |
| 2.3.2 分子进化分析 | 第108页 |
| 3 讨论 | 第108-111页 |
| 参考文献 | 第111-115页 |
| 第八章 蜜蜂H~+-ATP合成酶的16kDa蛋白脂质C亚基基因的克隆与分析 | 第115-127页 |
| 1 材料与方法 | 第115-117页 |
| 1.1 电子克隆 | 第115-116页 |
| 1.2 实验克隆 | 第116-117页 |
| 1.2.1 试验材料与试剂 | 第116页 |
| 1.2.2 蜜蜂vha16基因cDNA序列验证 | 第116页 |
| 1.2.3 蜜蜂vha16基因组序列的克隆 | 第116-117页 |
| 2 结果与分析 | 第117-123页 |
| 2.1 蜜蜂vha16基因的cDNA全序列及RT-PCR验证 | 第117页 |
| 2.2 蜜蜂vha16基因组序列的克隆与分析 | 第117-118页 |
| 2.3 蜜蜂vha16基因推测蛋白的功能预测 | 第118-121页 |
| 2.4 不同物种间vha16基因同源性比较 | 第121-123页 |
| 3 讨论 | 第123-124页 |
| 参考文献 | 第124-127页 |
| 第九章 展望与建议 | 第127-131页 |
| 1 电子克隆技术 | 第127-129页 |
| 2 基因功能的预测 | 第129-130页 |
| 3 进一步研究的建议 | 第130-131页 |
| 参考文献 | 第131-133页 |
| 英文摘要 | 第133页 |
| 附录Ⅰ | 第137-139页 |
| 附录Ⅱ | 第139-140页 |
| 附录Ⅲ | 第140页 |
