| 缩略词表 | 第7-8页 |
| 中文摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 第一章 前言 | 第14-20页 |
| 1.1 论文研究背景 | 第14-16页 |
| 1.1.1 研究意义 | 第14-15页 |
| 1.1.2 国内外研究现状 | 第15-16页 |
| 1.1.3 课题的独创性 | 第16页 |
| 1.2 技术路线 | 第16-17页 |
| 1.3 论文组织结构 | 第17-20页 |
| 第二章 CTCF的识别与注释 | 第20-41页 |
| 2.1 研究背景 | 第20-21页 |
| 2.2 全基因组识别CTCF结合位点 | 第21-26页 |
| 2.2.1 CTCF结合位点的分类 | 第21-22页 |
| 2.2.2 CTCF结合位点的饱和性分析 | 第22-23页 |
| 2.2.3 CTCF结合位点与基因密度 | 第23页 |
| 2.2.4 CTCF结合位点的位置分布 | 第23-24页 |
| 2.2.5 CTCF结合位点呈簇出现 | 第24-26页 |
| 2.3 CTCF结合位点的进化和功能 | 第26-29页 |
| 2.3.1 CTCF结合位点的保守性分析 | 第26页 |
| 2.3.2 CTCF结合位点GC含量分析 | 第26-27页 |
| 2.3.3 CTCF结合位点与基因表达的相关性 | 第27页 |
| 2.3.4 CTCF结合位点的GO功能富集分析 | 第27-28页 |
| 2.3.5 CTCF结合位点模体分析 | 第28-29页 |
| 2.4 CTCF结合位点的染色质特征 | 第29-33页 |
| 2.4.1 CTCF结合位点周围核小体信号 | 第29-30页 |
| 2.4.2 CTCF结合位点周围的染色质开放区 | 第30-31页 |
| 2.4.3 CTCF结合位点周围的组蛋白修饰情况 | 第31页 |
| 2.4.4 CTCF结合位点DNA甲基化水平 | 第31-32页 |
| 2.4.5 共定位分析 | 第32-33页 |
| 2.5 CTCF分割染色质域的功能 | 第33-35页 |
| 2.5.1 识别染色质域 | 第33页 |
| 2.5.2 CTCF在染色质边界富集 | 第33-34页 |
| 2.5.3 边界CTCF是细胞系特异的 | 第34-35页 |
| 2.5.4 染色质域在CTCF环中间 | 第35页 |
| 2.6 CTCF在DNA复制中行使功能 | 第35-37页 |
| 2.6.1 识别复制时间域 | 第35-36页 |
| 2.6.2 CTCF在复制域中富集情况 | 第36页 |
| 2.6.3 CTCF与复制时间的相关性 | 第36-37页 |
| 2.6.4 复制域中的CTCF结合位点具有细胞特异性 | 第37页 |
| 2.7 总结与讨论 | 第37-41页 |
| 2.7.1 CTCF结合位点独特的分布在人类基因组上 | 第37-38页 |
| 2.7.2 CTCF是一个多能的转录调控因子 | 第38-39页 |
| 2.7.3 染色质特性决定了基因的细胞特异性表达 | 第39页 |
| 2.7.4 CTCF构建染色质结构 | 第39-40页 |
| 2.7.5 CTCF参与DNA复制过程 | 第40-41页 |
| 第三章 DHSs的识别与注释 | 第41-60页 |
| 3.1 研究背景 | 第41-42页 |
| 3.2 DHSs的全基因组性质 | 第42-45页 |
| 3.2.1 DHSs的分类 | 第42-43页 |
| 3.2.2 DHSs的基因组覆盖率 | 第43-44页 |
| 3.2.3 DHSs的基因组定位分析 | 第44-45页 |
| 3.2.4 DHSs与基因密度、TFBS数量的关联 | 第45页 |
| 3.3 DHSs与组蛋白修饰的全基因组关联分析 | 第45-50页 |
| 3.3.1 DHSs周围组蛋白修饰情况 | 第45-48页 |
| 3.3.2 DHSs与组蛋白修饰的相关性 | 第48-50页 |
| 3.4 DHSs与基因表达的全基因组关联分析 | 第50-52页 |
| 3.4.1 DHSs靠近TSS区 | 第50-51页 |
| 3.4.2 DHSs与基因表达 | 第51-52页 |
| 3.5 染色质域的四种不同模式 | 第52-55页 |
| 3.5.1 DHSs与组蛋白修饰和基因表达均相关 | 第52-54页 |
| 3.5.2 染色质结构的四种不同功能 | 第54-55页 |
| 3.6 基于测序数据整合的TFBS识别 | 第55-57页 |
| 3.7 总结与讨论 | 第57-60页 |
| 3.7.1 DHSs的全基因组性质 | 第57-58页 |
| 3.7.2 DHSs、组蛋白修饰、基因表达之间的相关性 | 第58-59页 |
| 3.7.3 通过数据整合方法来识别功能元件 | 第59-60页 |
| 第四章 模式序列识别算法 | 第60-68页 |
| 4.1 研究背景 | 第60-62页 |
| 4.1.1 什么是模式序列？ | 第60页 |
| 4.1.2 模式序列识别主流算法 | 第60-62页 |
| 4.2 i FORM方法 | 第62-64页 |
| 4.2.1 i FORM算法流程 | 第63页 |
| 4.2.2 Pvalue合并方法 | 第63-64页 |
| 4.2.3 算法的运行环境 | 第64页 |
| 4.3 算法评估 | 第64-67页 |
| 4.3.1 能找到新的可靠结合位点 | 第64-65页 |
| 4.3.2 ROC曲线比较 | 第65-67页 |
| 4.4 总结与讨论 | 第67-68页 |
| 第五章 聚集区间的整合分析 | 第68-89页 |
| 5.1 研究背景 | 第68-69页 |
| 5.2 聚集区间的识别 | 第69-73页 |
| 5.2.1 是否存在聚集区间？ | 第69-70页 |
| 5.2.2 如何识别聚集区间？ | 第70-71页 |
| 5.2.3 人类基因组上有多少聚集区间？ | 第71-73页 |
| 5.3 聚集区间的基本特征 | 第73-76页 |
| 5.3.1 聚集区间的分类 | 第73页 |
| 5.3.2 不同类别聚集区间差异显著 | 第73-76页 |
| 5.4 聚集区间的表观特征 | 第76-82页 |
| 5.4.1 聚集区间的转录因子特性 | 第76-77页 |
| 5.4.2 RNA聚合酶II在聚集区间的性质 | 第77页 |
| 5.4.3 聚集区间的组蛋白结合特性 | 第77-78页 |
| 5.4.4 聚集区间的甲基化特性 | 第78-79页 |
| 5.4.5 聚集区间附近的染色质结构 | 第79-82页 |
| 5.5 聚集区间应用实例 | 第82-86页 |
| 5.5.1 聚集区间展现谱系进化规律 | 第82-84页 |
| 5.5.2 聚类稳健性分析 | 第84页 |
| 5.5.3 聚类敏感性分析 | 第84-85页 |
| 5.5.4 谱系间进化保守性 | 第85-86页 |
| 5.6 总结与讨论 | 第86-89页 |
| 第六章 转录因子调控网络 | 第89-95页 |
| 6.1 识别转录因子结合位点 | 第89-91页 |
| 6.1.1 TFBS全基因组分布情况 | 第89页 |
| 6.1.2 TFBS保守性分析 | 第89-90页 |
| 6.1.3 TFBS与染色质状态 | 第90-91页 |
| 6.2 网络构建方法 | 第91页 |
| 6.3 网络结构分析 | 第91-94页 |
| 6.3.1 网络结构模式 | 第91-92页 |
| 6.3.2 网络结构与进化 | 第92-93页 |
| 6.3.3 谱系特异的网络结构模式实例 | 第93-94页 |
| 6.4 总结与讨论 | 第94-95页 |
| 第七章 全文总结与展望 | 第95-97页 |
| 7.1 全文总结 | 第95-96页 |
| 7.2 研究课题展望 | 第96-97页 |
| 参考文献 | 第97-112页 |
| 综述 | 第112-119页 |
| 参考文献 | 第115-119页 |
| 个人简历 | 第119-120页 |
| 致谢 | 第120页 |
