| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 缩写词 | 第9-16页 |
| 第1章 绪论 | 第16-38页 |
| 1.1 课题来源及研究背景 | 第16-19页 |
| 1.1.1 课题来源 | 第16页 |
| 1.1.2 研究背景 | 第16-19页 |
| 1.2 多环芳烃简介 | 第19-21页 |
| 1.2.1 多环芳烃的分布和来源 | 第19-20页 |
| 1.2.2 多环芳烃的危害 | 第20页 |
| 1.2.3 多环芳烃的归宿 | 第20-21页 |
| 1.3 多环芳烃降解研究现状 | 第21-24页 |
| 1.3.1 多环芳烃降解菌 | 第21-22页 |
| 1.3.2 多环芳烃降解机制 | 第22-24页 |
| 1.4 多环芳烃降解酶系 | 第24-27页 |
| 1.4.1 苯环羟基化双加氧酶 | 第24-26页 |
| 1.4.2 苯环裂解双加氧酶 | 第26-27页 |
| 1.5 荧蒽降解研究进展 | 第27-29页 |
| 1.5.1 荧蒽降解菌 | 第27-28页 |
| 1.5.2 荧蒽降解机制 | 第28-29页 |
| 1.6 菲降解研究进展 | 第29-32页 |
| 1.6.1 菲降解菌 | 第30页 |
| 1.6.2 菲降解机制 | 第30-32页 |
| 1.7 组学技术在多环芳烃降解研究中的应用 | 第32-35页 |
| 1.7.1 基因组学在多环芳烃降解研究中的应用 | 第32-33页 |
| 1.7.2 转录组学在多环芳烃降解研究中的应用 | 第33-34页 |
| 1.7.3 代谢组学在多环芳烃降解研究中的应用 | 第34-35页 |
| 1.8 本文的研究目的和意义 | 第35-36页 |
| 1.9 本文的主要研究内容 | 第36-38页 |
| 第2章 实验材料与方法 | 第38-50页 |
| 2.1 实验材料 | 第38-42页 |
| 2.1.1 菌株和质粒 | 第38页 |
| 2.1.2 试剂 | 第38-39页 |
| 2.1.3 仪器 | 第39-40页 |
| 2.1.4 常用溶液 | 第40-41页 |
| 2.1.5 培养基 | 第41-42页 |
| 2.1.6 寡核苷酸引物 | 第42页 |
| 2.2 实验方法 | 第42-50页 |
| 2.2.1 基本方法 | 第42-44页 |
| 2.2.2 Celeribacter indicus P73~T基因组测序与分析 | 第44-46页 |
| 2.2.3 Celeribacter indicus P73~T转录组测序与分析 | 第46-47页 |
| 2.2.4 基因突变 | 第47-48页 |
| 2.2.5 多环芳烃降解实验 | 第48页 |
| 2.2.6 多环芳烃代谢产物的检测与分析 | 第48-50页 |
| 第3章 Celeribacter indicus P73~T基因组分析 | 第50-78页 |
| 3.1 引言 | 第50-51页 |
| 3.2 C. indicus P73~T基因组基本特征 | 第51-63页 |
| 3.2.1 COG功能归类分析 | 第52-54页 |
| 3.2.2 基因组岛和基因水平转移 | 第54-55页 |
| 3.2.3 基础代谢分析 | 第55-58页 |
| 3.2.4 转运系统及转录调控 | 第58页 |
| 3.2.5 质粒的基本特征 | 第58-61页 |
| 3.2.6 与近缘菌株的比较基因组分析 | 第61-63页 |
| 3.3 多环芳烃降解基因的分析 | 第63-76页 |
| 3.3.1 多环芳烃的生物可利用性 | 第63-64页 |
| 3.3.2 多环芳烃降解基因（簇） | 第64-71页 |
| 3.3.3 苯环羟基化双加氧酶 | 第71-75页 |
| 3.3.4 苯环裂解双加氧酶 | 第75-76页 |
| 3.3.5 与C. baekdonensis B30基因组的比较分析 | 第76页 |
| 3.4 本章小结 | 第76-78页 |
| 第4章 Celeribacter indicus P73~T降解荧蒽的机制研究 | 第78-100页 |
| 4.1 引言 | 第78-79页 |
| 4.2 荧蒽诱导下RNA-seq转录组分析 | 第79-92页 |
| 4.2.1 RNA-seq转录组概况 | 第79-81页 |
| 4.2.2 基因差异表达分析 | 第81-85页 |
| 4.2.3 荧蒽降解基因的分析 | 第85-92页 |
| 4.3 荧蒽中间代谢产物的检测分析 | 第92-96页 |
| 4.3.1 中间代谢产物 1-二氢-苊酮的检测分析 | 第93-94页 |
| 4.3.2 中间代谢产物二氢苊醌的检测分析 | 第94-95页 |
| 4.3.3 中间代谢产物 1,2-二羟基苊烯的检测分析 | 第95-96页 |
| 4.3.4 中间代谢产物 1,8-萘二甲酸酐的检测分析 | 第96页 |
| 4.4 荧蒽代谢途径的推测 | 第96-99页 |
| 4.5 本章小结 | 第99-100页 |
| 第5章 Celeribacter indicus P73~T降解菲的机制研究 | 第100-110页 |
| 5.1 引言 | 第100页 |
| 5.2 菲代谢产物的检测分析 | 第100-103页 |
| 5.2.1 中间代谢产物 1-羟基2萘甲酸的检测分析 | 第101-102页 |
| 5.2.2 中间代谢产物 1-萘酚的检测分析 | 第102-103页 |
| 5.3 菲降解基因的分析 | 第103-107页 |
| 5.4 菲代谢途径的推测 | 第107-108页 |
| 5.5 本章小结 | 第108-110页 |
| 结论 | 第110-113页 |
| 参考文献 | 第113-127页 |
| 附录 | 第127-136页 |
| 附录1 C. indicus P73~T基因组中的基因岛 | 第127-128页 |
| 附录2 脂质转运代谢相关的基因 | 第128-134页 |
| 附录3 细胞运动和趋化性相关的基因 | 第134-136页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文及其它成果 | 第136-138页 |
| 致谢 | 第138-139页 |
| 个人简历 | 第139页 |
