| 中文摘要 | 第9-12页 |
| ABSTRACT | 第12-15页 |
| 缩略词索引 | 第16-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-30页 |
| 1.1 水稻化感作用及其化感水稻种质资源筛选 | 第17-19页 |
| 1.2 水稻化感作用与农业可持续 | 第19-21页 |
| 1.3 水稻化感物质的分离鉴定 | 第21-22页 |
| 1.4 水稻化感作用的根际生物学特性 | 第22-24页 |
| 1.5 水稻化感作用的基因表达调控 | 第24-26页 |
| 1.6 高通量测序技术 | 第26-28页 |
| 1.7 微小RNA及其功能 | 第28-29页 |
| 1.8 本文的研究内容 | 第29-30页 |
| 第二章 稻稗共培条件下化感水稻与稗草根系miRNAs表达谱的构建及其动态表达 | 第30-50页 |
| 2.1 供试材料 | 第30页 |
| 2.2 试验方法 | 第30-36页 |
| 2.2.1 供试材料种植 | 第30-31页 |
| 2.2.2 稗草胁迫 | 第31页 |
| 2.2.3 总RNA提取 | 第31页 |
| 2.2.4 总RNA中痕量基因组DNA的去除 | 第31-32页 |
| 2.2.5 miRNAs的测定与分析 | 第32-34页 |
| 2.2.6 不同共培时间下水稻及稗草根系miRNAs的提取 | 第34页 |
| 2.2.7 miRNAs的逆转录及其qPCR引物的设计 | 第34-35页 |
| 2.2.8 miRNAs的逆转录体系 | 第35-36页 |
| 2.2.9 miRNAs的qPCR检测 | 第36页 |
| 2.3 结果分析 | 第36-48页 |
| 2.3.1 化感水稻及共培稗草总RNA的检测 | 第36-37页 |
| 2.3.2 sRNA的测序质量分析 | 第37-38页 |
| 2.3.3 sRNA测定结果统计 | 第38页 |
| 2.3.4 snRNA长度分布 | 第38-39页 |
| 2.3.5 样品间sRNA公共序列的分析 | 第39页 |
| 2.3.6 sRNA与Rfam数据库对比 | 第39-40页 |
| 2.3.7 sRNA的基因组比对 | 第40-41页 |
| 2.3.8 化感水稻及共培稗草的miRNAs表达量分析 | 第41页 |
| 2.3.9 化感水稻及共培稗草的miRNAs靶标基因的聚类分析 | 第41-42页 |
| 2.3.10 miRNAs靶标基因的KEGG注释及富集分析 | 第42-43页 |
| 2.3.11 不同化感水稻及其共培稗草中的miRNA | 第43页 |
| 2.3.12 不同共培天数下稗草植物激素信号转导相关miRNAs的动态表达 | 第43-44页 |
| 2.3.13 不同共培天数下稗草PPAR信号转导相关miRNAs的动态表达 | 第44-45页 |
| 2.3.14 不同共培天数下稗草p53信号转导相关miRNAs的动态表达 | 第45-46页 |
| 2.3.15 不同共培天数下稗草氨基酸、生物碱类合成相关miRNAs的动态表达 | 第46-47页 |
| 2.3.16 不同共培天数下稗草核苷酸切除修复相关miRNAs的动态表达 | 第47页 |
| 2.3.17 miRNAs在稗草共培处理的不同水稻中的动态表达情况 | 第47-48页 |
| 2.4 小结与讨论 | 第48-50页 |
| 第三章 重要miRNAs在不同化感水稻共培下的稗草中的动态表达情况 | 第50-69页 |
| 3.1 供试材料 | 第50页 |
| 3.2 供试材料的种植及处理 | 第50-56页 |
| 3.2.1 供试材料种植 | 第50页 |
| 3.2.2 分别与PI312777及Lemont共培的稗草根系miRNAs的提取 | 第50-51页 |
| 3.2.3 与不同化感潜力的转基因PI312777共培的稗草根系miRNAs的提取 | 第51页 |
| 3.2.4 miRNAs的逆转录及其qPCR引物的设计 | 第51页 |
| 3.2.5 miRNAs的qPCR检测 | 第51-52页 |
| 3.2.6 总RNA的提取及纯化 | 第52页 |
| 3.2.7 靶基因的RT-PCR检测 | 第52-53页 |
| 3.2.8 水稻及稗草根系IAA含量的测定 | 第53-54页 |
| 3.2.9 水稻及稗草根系中的DNA损伤程度测定 | 第54-56页 |
| 3.4 结果分析 | 第56-67页 |
| 3.4.1 不同水稻的化感抑草潜力评价 | 第56-57页 |
| 3.4.2 不同共培密度下的稗草根系miRNAs | 第57页 |
| 3.4.3 不同共培密度下稗草植物激素信号转导相关miRNAs的动态表达 | 第57-58页 |
| 3.4.4 不同共培密度下稗草PPAP信号转导相关miRNAs的动态表达 | 第58-59页 |
| 3.4.5 不同共培密度下稗草p53信号转导相关miRNAs的动态表达 | 第59-60页 |
| 3.4.6 不同共培密度下稗草核苷酸切除修复相关miRNAs的动态表达 | 第60-61页 |
| 3.4.7 不同共培密度下稗草氨基酸、生物碱类合成相关miRNAs的动态表达 | 第61-62页 |
| 3.4.8 靶基因在不同共培密度下的稗草中的表达变化分析 | 第62-64页 |
| 3.4.9 不同稻稗共培密度下,水稻与稗草根系的IAA含量 | 第64-65页 |
| 3.4.10 不同稻稗共培密度下,水稻与稗草根系DNA中的AP位点数测定 | 第65-67页 |
| 3.5 小结与讨论 | 第67-69页 |
| 第四章 不同化感物质对稗草miRNAs及其靶基因的表达影响 | 第69-83页 |
| 4.1 供试材料 | 第69页 |
| 4.2 试验方法 | 第69-70页 |
| 4.2.1 供试材料的种植 | 第69页 |
| 4.2.2 供试材料的处理 | 第69-70页 |
| 4.2.3 不同处理下的稗草根系miRNAs的提取 | 第70页 |
| 4.2.4 不同处理下的稗草根系miRNAs的逆转录 | 第70页 |
| 4.2.5 qPCR检测不同处理下的稗草根系miRNAs的表达变化 | 第70页 |
| 4.2.6 不同处理下的稗草根系总RNA的提取及纯化 | 第70页 |
| 4.2.7 不同处理下的稗草根系总RNA的逆转录 | 第70页 |
| 4.2.8 不同处理下的稗草根系靶基因的RT-PCR检测 | 第70页 |
| 4.3 结果分析 | 第70-81页 |
| 4.3.1 不同酚酸处理下稗草根系miRNAs的检测 | 第70-71页 |
| 4.3.2 不同酚酸处理下稗草根系植物激素信号转导相关miRNAs的表达变化 | 第71-72页 |
| 4.3.3 不同酚酸处理下稗草PPAR信号转导相关miRNAs的表达变化 | 第72页 |
| 4.3.4 不同酚酸处理下稗草p53信号转导相关miRNAs的表达变化 | 第72-73页 |
| 4.3.5 不同酚酸处理下稗草氨基酸、生物碱类合成相关miRNAs的表达变化 | 第73-74页 |
| 4.3.6 不同酚酸处理下稗草中核苷酸切除修复相关miRNAs的表达变化 | 第74-75页 |
| 4.3.7 不同萜类处理下稗草根系的miRNAs检测 | 第75页 |
| 4.3.8 不同萜类处理下稗草根系植物激素信号途径相关miRNAs的表达 | 第75-76页 |
| 4.3.9 不同萜类处理下稗草中核苷酸切除修复相关miRNAs的表达变化 | 第76-77页 |
| 4.3.10 不同酚酸处理下稗草根系总RNA的检测 | 第77-78页 |
| 4.3.11 不同酚酸处理下稗草根系靶基因的表达变化 | 第78页 |
| 4.3.12 不同萜类处理下稗草根系根系总RNA的检测 | 第78-79页 |
| 4.3.13 不同萜类处理下稗草根系靶基因的表达变化 | 第79页 |
| 4.3.14 混合酚酸处理下稗草根系miRNAs的表达变化 | 第79-81页 |
| 4.4 小结与讨论 | 第81-83页 |
| 第五章 稻稗共培下微生物数量变化及特定微生物的功能 | 第83-101页 |
| 5.1 试验材料 | 第83页 |
| 5.2 试验方法 | 第83-87页 |
| 5.2.1 营养液的前处理 | 第83页 |
| 5.2.2 微生物总DNA的提取 | 第83-84页 |
| 5.2.3 微生物基因组DNA的纯化 | 第84页 |
| 5.2.4 16srDNA ITS基因片段的扩增 | 第84-85页 |
| 5.2.5 16s rDNA和ITS的qPCR标准曲线的建立 | 第85页 |
| 5.2.6 不同稻稗共培体系中细菌、真菌和粘细菌的数量检测 | 第85页 |
| 5.2.7 不同化感物质处理稗草的体系下粘细菌的数量测定 | 第85页 |
| 5.2.8 黄色粘球菌(Myxococcus xanthus)的培养 | 第85-86页 |
| 5.2.9 黄色粘球菌及其发酵液处理稗草 | 第86页 |
| 5.2.10 不同处理下的稗草根系miRNA的提取 | 第86页 |
| 5.2.11 不同处理下的稗草根系miRNA的逆转录 | 第86页 |
| 5.2.12 qPCR检测不同处理下的稗草根系miRNA的表达变化 | 第86页 |
| 5.2.13 不同处理下的稗草根系总RNA的提取及纯化 | 第86页 |
| 5.2.14 不同处理下的稗草根系总RNA的逆转录 | 第86页 |
| 5.2.15 不同处理下的稗草根系靶基因的RT-PCR检测 | 第86页 |
| 5.2.16 黄色粘球菌及阿魏酸互作下化感抑草率测定 | 第86-87页 |
| 5.2.17 土壤DNA的提取及粘细菌的定量检测 | 第87页 |
| 5.3 结果分析 | 第87-99页 |
| 5.3.1 不同稻稗共培下,培养液中微生物总DNA的提取结果 | 第87-88页 |
| 5.3.2 不同稻稗共培下,培养液中细菌的数量差异 | 第88-89页 |
| 5.3.3 不同稻稗共培下,培养液中真菌的数量差异 | 第89-91页 |
| 5.3.4 不同稻稗共培下,培养液中粘细菌的数量差异 | 第91-93页 |
| 5.3.5 不同酚酸类物质处理下,培养液中水体DNA的检测 | 第93页 |
| 5.3.6 不同酚酸类物质处理下,培养液中粘细菌的数量差异 | 第93-94页 |
| 5.3.7 不同酚酸类物质处理下,培养液中水体DNA的检测 | 第94页 |
| 5.3.8 不同萜类物质处理下,培养液中粘细菌的数量 | 第94-95页 |
| 5.3.9 粘细菌及其发酵液处理下的稗草根系miRNAs | 第95页 |
| 5.3.10 粘细菌及其发酵液处理下稗草的miRNAs表达 | 第95-96页 |
| 5.3.11 粘细菌及其发酵液处理下稗草的靶基因表达 | 第96-97页 |
| 5.3.12 黄色粘球菌的抑草效应 | 第97-98页 |
| 5.3.13 各处理下的土壤中粘细菌的数量 | 第98-99页 |
| 5.4 小结与讨论 | 第99-101页 |
| 第六章 全文讨论及结论 | 第101-109页 |
| 6.1 全文讨论 | 第101-106页 |
| 6.2 结论 | 第106-107页 |
| 6.3 展望 | 第107-109页 |
| 参考文献 | 第109-117页 |
| 附录 本研究中的引物序列 | 第117-119页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文及其他成果 | 第119-120页 |
| 致谢 | 第120页 |
