| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第一章 绪论 | 第14-35页 |
| 第一节 非编码RNA的分类与功能 | 第14-17页 |
| 1.1.1 非编码RNA的分类 | 第14-15页 |
| 1.1.2 非编码RNA的功能 | 第15-17页 |
| 第二节 miRNA与转录因子的联合调控作用研究 | 第17-23页 |
| 1.2.1 miRNA与转录因子简介 | 第17页 |
| 1.2.2 miRNA的靶基因识别 | 第17-18页 |
| 1.2.3 TF的DNA结合位点鉴定 | 第18-19页 |
| 1.2.4 mi RNA-TF联合调控作用 | 第19-23页 |
| 第三节 ceRNA调控网络的研究 | 第23-27页 |
| 1.3.1 ceRNA假说 | 第23页 |
| 1.3.2 ceRNA的分类及功能研究 | 第23-25页 |
| 1.3.3 构建ceRNA调控网络 | 第25-27页 |
| 第四节 非编码RNA在癌症转移过程中的研究 | 第27-32页 |
| 1.4.1 癌症转移简介 | 第27-30页 |
| 1.4.2 miRNA在癌症转移中的研究 | 第30-31页 |
| 1.4.3 IncRNA在癌症转移中的研究 | 第31-32页 |
| 第五节 本论文的研究目的及研究方法 | 第32-35页 |
| 第二章 miRNA与转录因子对基因的联合调控作用研究 | 第35-64页 |
| 第一节 研究背景 | 第35-37页 |
| 第二节 材料与方法 | 第37-47页 |
| 2.2.1 研究的细胞系范围 | 第37-38页 |
| 2.2.2 基因注释信息 | 第38页 |
| 2.2.3 miRNA-靶基因作用关系鉴定 | 第38-39页 |
| 2.2.4 DNase Ⅰ超敏感位点鉴定 | 第39-40页 |
| 2.2.5 全基因组范围内组织特异性转录因子结合位点鉴定 | 第40-42页 |
| 2.2.6 基因的TFBS number与TFBS score计算 | 第42-44页 |
| 2.2.7 基因的TFBS信息与miRNA调控状态联合分析 | 第44-45页 |
| 2.2.8 以TFBS信息做为特征的基因调控状态预测模型构建 | 第45-47页 |
| 第三节 结果 | 第47-61页 |
| 2.3.1 基因的TFBS number同基因的miRNA调控状态的关系 | 第47-51页 |
| 2.3.2 TFBS位置信息的影响 | 第51-56页 |
| 2.3.3 基因的TFBS Score同基因的miRNA调控状态的关系 | 第56-57页 |
| 2.3.4 TFBS-miRNA联合作用关系模型 | 第57-60页 |
| 2.3.5 miRNA靶基因预测模型 | 第60-61页 |
| 第四节 讨论 | 第61-64页 |
| 第三章 癌症中IncRNA相关差异ceRNA网络研究 | 第64-88页 |
| 第一节 研究背景 | 第64-66页 |
| 第二节 材料与方法 | 第66-74页 |
| 3.2.1 研究的癌症范围 | 第66-67页 |
| 3.2.2 基因注释信息 | 第67页 |
| 3.2.3 基因相关性计算和差异表达基因鉴定 | 第67-68页 |
| 3.2.4 候选的lncRNA-miRNA-mRNA作用关系鉴定 | 第68-69页 |
| 3.2.5 ceNET构建与分析 | 第69-70页 |
| 3.2.6 DceNET构建与分析 | 第70页 |
| 3.2.7 GO功能富集分析 | 第70-73页 |
| 3.2.8 KEGG通路富集分析 | 第73-74页 |
| 第三节 结果 | 第74-86页 |
| 3.3.1 ceNET构建与分析 | 第74-78页 |
| 3.3.2 DceRNA网络构建与分析 | 第78-81页 |
| 3.3.3 LDceNET与GDceNET网络功能分析 | 第81-86页 |
| 第四节 讨论 | 第86-88页 |
| 第四章 癌症转移数据库(HCMDB)构建 | 第88-107页 |
| 第一节 研究背景 | 第88-90页 |
| 第二节 材料与方法 | 第90-96页 |
| 4.2.1 癌症转移相关基因的文献检索 | 第90页 |
| 4.2.2 癌症转移相关转录组数据集搜索 | 第90-91页 |
| 4.2.3 样品分组标准 | 第91-92页 |
| 4.2.4 基因注释信息整合 | 第92-93页 |
| 4.2.5 基因表达矩阵生成 | 第93-94页 |
| 4.2.6 基因差异表达分析 | 第94页 |
| 4.2.7 差异基因的功能富集分析、KEGG富集分析以及共表达分析 | 第94-95页 |
| 4.2.8 数据库构建和网页设计 | 第95-96页 |
| 第三节 结果 | 第96-106页 |
| 4.3.1 HCMDB相关统计信息 | 第96页 |
| 4.3.2 HCMDB主要功能--主页 | 第96-97页 |
| 4.3.3 HCMDB主要功能--基因检索 | 第97-100页 |
| 4.3.4 HCMDB主要功能--数据浏览 | 第100-106页 |
| 第四节 讨论 | 第106-107页 |
| 第五章 结论与展望 | 第107-111页 |
| 第一节 结论 | 第107-109页 |
| 第二节 展望 | 第109-111页 |
| 附录一 | 第111-113页 |
| 附录二 | 第113-114页 |
| 在学期间所发表的学术论文 | 第113-114页 |
| 参考文献 | 第114-137页 |
| 致谢 | 第137页 |
