| 缩略词表 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-13页 |
| 第一章 前言 | 第13-18页 |
| ·论文研究背景 | 第13-16页 |
| ·基于基因表达谱的生物网络构建 | 第13-14页 |
| ·基于知识的网络功能解析 | 第14页 |
| ·基于关联网络的 miRNA 介导的病毒-宿主相互作用研究 | 第14-15页 |
| ·基于网络扰动动力学的蛋白功能研究 | 第15-16页 |
| ·基于网络相互依存关系的通路串扰研究 | 第16页 |
| ·论文的组织结构 | 第16-18页 |
| 第二章 基于基因表达谱的 SAMP8 小鼠特征网络构建 | 第18-34页 |
| ·研究背景 | 第18-20页 |
| ·SAMP8 小鼠脑区差异表达基因 | 第20-22页 |
| ·SAMP8 小鼠特征网络构建 | 第22-30页 |
| ·SAMP8 小鼠特征子网功能分析 | 第24-30页 |
| ·SAMP8 快速衰老关键基因 | 第30页 |
| ·miRNA 在 AD 过程中的功能研究 | 第30-33页 |
| ·讨论 | 第33-34页 |
| 第三章 基于知识的网络解析方法 | 第34-47页 |
| ·技术路线 | 第34-35页 |
| ·网络相似性计算方法 | 第35-39页 |
| ·疾病网络指纹 | 第39-46页 |
| ·讨论 | 第46-47页 |
| 第四章 基于网络关联分析的 miRNA 介导的病毒-宿主相互作用研究 | 第47-57页 |
| ·数据集与方法 | 第47-49页 |
| ·病毒蛋白-宿主蛋白相互作用数据 | 第47-48页 |
| ·人类 PPI 数据 | 第48页 |
| ·实验验证的人类 miRNA 靶标相互作用数据 | 第48-49页 |
| ·miRNA 介导的病毒-宿主相互作用研究 | 第49-56页 |
| ·病毒蛋白与 miRNA 共享靶标的拓扑性质 | 第52-54页 |
| ·人类 miRNA 转录因子与病毒蛋白相互作用研究 | 第54-56页 |
| ·讨论 | 第56-57页 |
| 第五章 基于网络扰动动力学的蛋白功能研究 | 第57-72页 |
| ·技术路线和方法 | 第58-60页 |
| ·技术路线 | 第58-59页 |
| ·网络扰动传播动力学模型 | 第59页 |
| ·蛋白扰动能力 | 第59-60页 |
| ·蛋白浓度势能 | 第60页 |
| ·数据集 | 第60-61页 |
| ·人类蛋白质-蛋白质相互作用数据 | 第60-61页 |
| ·蛋白质定量数据 | 第61页 |
| ·几种重要蛋白数据集 | 第61页 |
| ·人类 11 个细胞系扰动结果 | 第61-71页 |
| ·定量蛋白相互作用网络构建 | 第61-63页 |
| ·扰动能力 | 第63-69页 |
| ·基于浓度势能的 hub 分类 | 第69-71页 |
| ·讨论 | 第71-72页 |
| 第六章 基于相互依存关系的通路串扰研究 | 第72-77页 |
| ·KEGG 通路数据整合 | 第72-74页 |
| ·通路串扰关系网络 | 第74-76页 |
| ·讨论 | 第76-77页 |
| 第七章 结论与展望 | 第77-79页 |
| ·全文总结 | 第77-78页 |
| ·研究课题展望 | 第78-79页 |
| 参考文献 | 第79-96页 |
| 综述 | 第96-106页 |
| 参考文献 | 第101-106页 |
| 个人简历 | 第106-107页 |
| 致谢 | 第107页 |
