| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-20页 |
| ·DNA 甲基化 | 第13页 |
| ·DNA 甲基化和去甲基化机制 | 第13-14页 |
| ·全基因组范围内甲基化分析方法 | 第14-17页 |
| ·基于凝胶的甲基化图谱分析方法 | 第14-15页 |
| ·基于微阵列的甲基化图谱分析方法 | 第15页 |
| ·基于高通量测序的 DNA 甲基化图谱分析方法 | 第15-17页 |
| ·猪肌肉发育相关基因组学研究进展 | 第17-18页 |
| ·研究目的和意义 | 第18-20页 |
| 第二章 材料和方法 | 第20-30页 |
| ·实验动物 | 第20页 |
| ·主要试剂和试剂盒 | 第20页 |
| ·仪器 | 第20页 |
| ·基因组 DNA 的提取 | 第20页 |
| ·MeDIP-seq 文库构建 | 第20-22页 |
| ·MeDIP-seq 生物信息学分析 | 第22页 |
| ·数据处理 | 第22页 |
| ·全基因组甲基化 Peak 分析 | 第22页 |
| ·重亚硫酸盐 PCR 测序 | 第22-25页 |
| ·亚硫酸氢盐转化基因组 DNA | 第22-23页 |
| ·亚硫酸盐测序 PCR | 第23-24页 |
| ·PCR 扩增产物回收、连接、转化和测序鉴定 | 第24-25页 |
| ·克隆测序结果分析 | 第25页 |
| ·总 RNA 的提取 | 第25页 |
| ·RNA-seq 文库构建 | 第25-26页 |
| ·RNA-seq 生物信息学分析 | 第26-27页 |
| ·原始数据处理和评估 | 第26页 |
| ·基因表达量计算 | 第26-27页 |
| ·差异表达基因筛选 | 第27页 |
| ·聚类分析 | 第27页 |
| ·Gene Ontology 和 KEGG pathway 分析 | 第27-28页 |
| ·cDNA 第一条链合成 | 第28页 |
| ·定量 PCR | 第28-30页 |
| 第三章 结果与分析 | 第30-50页 |
| ·不同猪种背最长肌 MeDIP-seq 分析 | 第30-38页 |
| ·MeDIP-Seq 数据处理及与参考基因组比对分析 | 第30页 |
| ·MeDIP-Seq 测序 reads 在全基因组每条染色体上的分布 | 第30-33页 |
| ·唯一比对 Reads 在基因元件上的分布 | 第33-34页 |
| ·MeDIP-Seq 数据富集区域 (Peak)扫描 | 第34页 |
| ·统计 Peak 在不同基因功能元件上的分布 | 第34-35页 |
| ·不同品种间差异甲基化基因 | 第35页 |
| ·不同品种差异甲基化基因在各基因元件上的分布 | 第35-36页 |
| ·差异甲基化区域与 CpG 岛的比较分析 | 第36页 |
| ·差异甲基化区域与 miRNA 的比较分析 | 第36页 |
| ·差异甲基化基因的 Pathway 分析 | 第36-37页 |
| ·BSP 验证 | 第37-38页 |
| ·不同猪种被最长肌 RNA-seq 分析 | 第38-47页 |
| ·测序质量评估 | 第38页 |
| ·RNA-seq 与参考基因组比对分析 | 第38-39页 |
| ·RNA-seq 与参考基因比对分析 | 第39页 |
| ·测序饱和度分析 | 第39-40页 |
| ·测序随机性分析 | 第40页 |
| ·基因覆盖度分析 | 第40页 |
| ·基因表达定量以及差异表达基因筛选 | 第40-41页 |
| ·聚类分析 | 第41-42页 |
| ·差异表达基因 GO 分析 | 第42-44页 |
| ·差异表达基因 Pathway 分析 | 第44-45页 |
| ·QPCR 验证 | 第45-47页 |
| ·MeDIP-seq 和 RNA-seq 数据联合分析 | 第47-50页 |
| 第四章 讨论 | 第50-54页 |
| ·不同猪种成年期骨骼肌甲基化图谱分析 | 第50-51页 |
| ·不同猪种成年期骨骼肌转录组分析 | 第51-52页 |
| ·关于不同猪种全基因组甲基化和表达谱联合分析 | 第52-54页 |
| 第五章 全文总结 | 第54-55页 |
| ·本研究的主要结论和创新点 | 第54页 |
| ·本研究的不足之处和下一步的计划 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-61页 |
| 附录 | 第61-66页 |
| 致谢 | 第66-67页 |
| 作者简历 | 第67页 |
