| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-12页 |
| 目录 | 第12-14页 |
| 图目录 | 第14-16页 |
| 第一章 绪论——生物物理化学的交叉领域 | 第16-34页 |
| ·引言 | 第16-17页 |
| ·复杂系统与复杂网络简介 | 第17-21页 |
| ·基因调控网络与合成生物学简介 | 第21-27页 |
| ·基因表达 | 第21-22页 |
| ·基因表达调控 | 第22-23页 |
| ·基因调控网络 | 第23-24页 |
| ·DNA测序与合成 | 第24-25页 |
| ·合成生物学 | 第25-27页 |
| ·介观体系的统计特性及介观反应动力学简介 | 第27-32页 |
| ·离散性 | 第28页 |
| ·随机性 | 第28-29页 |
| ·化学朗之万方程 | 第29-30页 |
| ·化学主方程 | 第30-31页 |
| ·反应动力学的随机模拟 | 第31-32页 |
| ·后续章节概要 | 第32-34页 |
| 第二章 本工作使用的基因调控元件及其网络 | 第34-50页 |
| ·引言 | 第34页 |
| ·LacR/O对和TetR/O对 | 第34-38页 |
| ·lacR_2和LacO_(22) | 第35-36页 |
| ·lacR_4和LacO_(44)、LacO_(46) | 第36-37页 |
| ·tetR和TetO | 第37-38页 |
| ·启动子及终止子 | 第38-40页 |
| ·组成型启动子Ptemplete | 第38页 |
| ·组成型启动子P_(lacI~q) | 第38页 |
| ·受控型启动子lux promoter Right | 第38-39页 |
| ·受控型启动子Plac_(NOR24)和Plac_(NAND24) | 第39页 |
| ·受控型启动子PtetO | 第39页 |
| ·终止子B0015 | 第39-40页 |
| ·终止子B1002 | 第40页 |
| ·GFP-LVA和RFP-LVA | 第40-43页 |
| ·LacZα | 第43-44页 |
| ·LuxI-LVA和LuxR | 第44-45页 |
| ·基因开关模块和通讯模块 | 第45-47页 |
| ·本工作构建的基因调控网络 | 第47-50页 |
| 第三章 动力系统分析和实验观测的结果对比 | 第50-77页 |
| ·引言 | 第50页 |
| ·基因开关模型 | 第50-59页 |
| ·基因开关模型图示 | 第51-53页 |
| ·模型中的化学反应过程 | 第53-57页 |
| ·ODE动力系统 | 第57-59页 |
| ·确定性微分动力系统分析 | 第59-66页 |
| ·相空间、速度场和轨线 | 第59-60页 |
| ·奇点和零线(Nullcline) | 第60-63页 |
| ·针对本文这个体系的分析 | 第63-66页 |
| ·出人意料的实验结果 | 第66-77页 |
| ·FACS散点图和无荧光状态 | 第67-69页 |
| ·化学诱导物和三稳态并存 | 第69-74页 |
| ·附：从分离出的单一状态弛豫 | 第74-77页 |
| 第四章 随机性和离散性带来了新稳态 | 第77-103页 |
| ·引言 | 第77页 |
| ·SSA模拟与实验结果半定量吻合 | 第77-87页 |
| ·模拟中的参数约化和调节 | 第78-83页 |
| ·模拟结果与实验结果对照 | 第83-87页 |
| ·基于概率密度分布的分析 | 第87-97页 |
| ·条件分布P(B|A=n_A) | 第88-90页 |
| ·“均值零线”的交点与稳定性 | 第90-94页 |
| ·生灭边缘的有偏分布 | 第94-97页 |
| ·化学朗之万方程模拟 | 第97-98页 |
| ·一个半解析的唯象解释 | 第98-103页 |
| 第五章 进一步的实验工作和展望 | 第103-112页 |
| ·引言 | 第103页 |
| ·通讯模块、逻辑门元件 | 第103-105页 |
| ·通讯模块 | 第103-105页 |
| ·逻辑门元件 | 第105页 |
| ·细胞间通讯驱动的分化与同化 | 第105-108页 |
| ·超灵敏性 | 第108-110页 |
| ·“沉默的”稳态与细胞分化 | 第110-112页 |
| 附录1 英文缩写词表及汉语释义 | 第112-114页 |
| 数学物理,统计 | 第112页 |
| 物理化学,生物化学 | 第112-113页 |
| 生物学 | 第113-114页 |
| 附录2 荧光驱动的细胞分选(FACS)技术 | 第114-119页 |
| 致谢 | 第119-120页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第120-121页 |
| 参考文献 | 第121-124页 |
