| 摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-6页 |
| 缩略词一览表 | 第6-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-23页 |
| 1 丙型肝炎病毒研究进展 | 第10-18页 |
| ·丙型肝炎病毒概述 | 第10页 |
| ·丙型肝炎病毒的一般特性 | 第10-11页 |
| ·丙型肝炎病毒分子生物学特征 | 第11-15页 |
| ·HCV的分布及流行病学特点 | 第15-17页 |
| ·HCV诊断方法 | 第17-18页 |
| 2 环介导等温扩增技术(LAMP)研究进展 | 第18-20页 |
| ·LAMP法的原理及其特点 | 第18-19页 |
| ·LAMP法在病原微生物检测中的应用 | 第19-20页 |
| 3 生物信息学的研究应用 | 第20-21页 |
| 4 本研究的意义及主要内容 | 第21-23页 |
| 第二章 丙型肝炎病毒环介导恒温扩增快速检测技术的建立及应用 | 第23-39页 |
| 1 材料与试剂 | 第23-26页 |
| ·主要材料 | 第23-24页 |
| ·主要试剂 | 第24-25页 |
| ·主要仪器 | 第25-26页 |
| 2 方法 | 第26-31页 |
| ·RT-LAMP引物设计 | 第26-27页 |
| ·HCV阳性血清总RNA的提取 | 第27页 |
| ·HCV 5'-UTR和核心蛋白保守区域RT-PCR引物设计和合成 | 第27-28页 |
| ·HCV 5'-UTR和核心蛋白保守区片段的RT-PCR扩增 | 第28页 |
| ·构建目标序列质粒 | 第28-30页 |
| ·RT-PCR扩增片段的胶回收、连接、转化和鉴定 | 第28页 |
| ·感受态细胞的制备 | 第28-29页 |
| ·重组质粒的连接 | 第29页 |
| ·E.coli DH5α感受态细胞的转化 | 第29页 |
| ·重组质粒的筛选 | 第29页 |
| ·重组质粒的提取、鉴定 | 第29-30页 |
| ·质粒提取试剂盒提取重组质粒 | 第29页 |
| ·PCR鉴定 | 第29-30页 |
| ·测序鉴定 | 第30页 |
| ·HCV RT-LAMP体系的建立 | 第30页 |
| ·HCV RT-LAMP反应体系的建立及反应时间的优化 | 第30页 |
| ·RT-LAMP产物加染料后肉眼观察 | 第30页 |
| ·RT-LAMP特异性分析 | 第30页 |
| ·RT-LAMP敏感性分析 | 第30-31页 |
| ·以血清中抽提的总RNA为模板的敏感性分析 | 第30-31页 |
| ·以重组质粒为模板的敏感性分析 | 第31页 |
| ·HCV RT-LAMP与临床常用检测方法的比较 | 第31页 |
| 3 结果 | 第31-36页 |
| ·引物的设计 | 第31-32页 |
| ·确定RT-LAMP反应时间 | 第32页 |
| ·肉眼观察RT-LAMP产物(SYBR Green Ⅰ染色法) | 第32-33页 |
| ·SYBR Green Ⅰ染色紫外灯下观察RT-LAMP产物 | 第33页 |
| ·HCV RT-LAMP的特异性分析 | 第33-34页 |
| ·HCV RT-LAMP的敏感性分析 | 第34-36页 |
| ·临床患者血清标本的检测比较 | 第36页 |
| 4 讨论 | 第36-37页 |
| 5 结论 | 第37-39页 |
| 第三章 HCV密码子使用模式的特性分析 | 第39-64页 |
| 1 材料 | 第39-45页 |
| ·HCV全基因序列 | 第39-45页 |
| 2 方法 | 第45-46页 |
| ·基因组碱基成分的计算和分析 | 第45页 |
| ·同义密码使用偏好性分析 | 第45-46页 |
| ·影响密码子使用模式的因素 | 第46页 |
| 3 结果与分析 | 第46-61页 |
| ·HCV基因组碱基组成情况 | 第46-51页 |
| ·HCV同义密码子使用偏性情况 | 第51-56页 |
| ·影响HCV密码子使用偏性的因素 | 第56-61页 |
| 4 讨论 | 第61-63页 |
| 5 结论 | 第63-64页 |
| 参考文献 | 第64-74页 |
| 致谢 | 第74-75页 |
| 攻读学位期间发表或参与发表的文章 | 第75页 |
