癌相关高通量组学数据的标准化
| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-27页 |
| ·基因在癌组织中差异表达的广泛性 | 第12-13页 |
| ·高通量数据标准化假设对后续分析的影响 | 第13-18页 |
| ·高通量芯片技术与数据库简介 | 第18-25页 |
| ·论文的主要研究内容 | 第25-27页 |
| 第二章 基因表达谱数据标准化问题 | 第27-44页 |
| ·引言 | 第27-28页 |
| ·标准化算法 | 第28-31页 |
| ·RMA 算法 | 第29页 |
| ·MAS5.0 算法 | 第29-30页 |
| ·dChip 算法 | 第30页 |
| ·LVS 算法 | 第30-31页 |
| ·批次效应分析 | 第31页 |
| ·差异表达基因筛选 | 第31-32页 |
| ·结果 | 第32-42页 |
| ·数据集与预处理 | 第32-34页 |
| ·表达谱数据原始信号分布 | 第34-36页 |
| ·标准化对癌症和正常样本间信号值差异的影响 | 第36页 |
| ·差异表达基因改变方向的一致性 | 第36-40页 |
| ·原始数据筛选差异表达基因的统计效能和可重复性 | 第40-42页 |
| ·讨论 | 第42-43页 |
| ·本章小结 | 第43-44页 |
| 第三章 甲基化数据标准化问题 | 第44-54页 |
| ·引言 | 第44-45页 |
| ·标准化算法 | 第45-46页 |
| ·Quantile 算法 | 第45页 |
| ·Lowess 算法 | 第45-46页 |
| ·结果 | 第46-51页 |
| ·数据集与预处理 | 第46-47页 |
| ·甲基化数据原始信号分布 | 第47-48页 |
| ·差异甲基化基因改变方向的一致性 | 第48-50页 |
| ·差异甲基化基因识别的可重复性 | 第50-51页 |
| ·讨论 | 第51-52页 |
| ·本章小结 | 第52-54页 |
| 第四章 拷贝数数据标准化问题 | 第54-60页 |
| ·引言 | 第54-55页 |
| ·拷贝数变异显著区域的选择 | 第55页 |
| ·结果 | 第55-58页 |
| ·数据集与预处理 | 第55-56页 |
| ·拷贝数数据原始信号分布 | 第56-57页 |
| ·在原始数据中筛选差异基因的可行性 | 第57-58页 |
| ·讨论 | 第58-59页 |
| ·本章小结 | 第59-60页 |
| 第五章 cDNA 芯片数据的可靠性分析 | 第60-69页 |
| ·引言 | 第60-61页 |
| ·重复检测探针的表达相关性与注释更新的影响 | 第61-62页 |
| ·补缺失值算法 | 第62页 |
| ·结果 | 第62-67页 |
| ·数据集与预处理 | 第62-63页 |
| ·探针的注释结果 | 第63-64页 |
| ·重复检测值的相关性分布 | 第64-65页 |
| ·完全相同探针检测值的相关性分布 | 第65-66页 |
| ·差异表达基因筛选和表达丰度对相关性的影响 | 第66-67页 |
| ·讨论 | 第67-68页 |
| ·本章小结 | 第68-69页 |
| 第六章 结论与展望 | 第69-72页 |
| ·总结 | 第69-70页 |
| ·展望 | 第70-72页 |
| 附录一 统计量与统计检验 | 第72-73页 |
| 附录二 标准化算法程序代码 | 第73-93页 |
| 致谢 | 第93-94页 |
| 参考文献 | 第94-102页 |
| 攻读博士学位期间研究成果 | 第102-103页 |
| 硕士期间发表论文 | 第103-105页 |
| 攻读博士学位期间参加课题工作 | 第105-106页 |
