| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| 1 绪论 | 第11-22页 |
| ·引言 | 第11-12页 |
| ·分子动力学原理和发展现状 | 第12-15页 |
| ·配体门控离子通道 | 第15页 |
| ·分子动力学模拟离子通道门控机制 | 第15-16页 |
| ·本文的主要工作 | 第16-22页 |
| ·乙酰胆碱受体的动力学模拟 | 第17-19页 |
| ·乙酰胆碱结合蛋白的拉伸分子动力学模拟 | 第19-20页 |
| ·带有方向优化的拉伸分子动力学方法 | 第20-22页 |
| 2 分子动力学原理及应用 | 第22-48页 |
| ·引言 | 第22-24页 |
| ·分子动力学的发展简史 | 第24-26页 |
| ·分子动力学理论和方法 | 第26-32页 |
| ·牛顿运动方程 | 第27页 |
| ·原子间势函数 | 第27-28页 |
| ·有限差分算法 | 第28-31页 |
| ·分子动力学计算流程 | 第31-32页 |
| ·拉伸分子动力学 | 第32-36页 |
| ·计算自由能 | 第36-38页 |
| ·使用和发展分子动力学的原因 | 第38-39页 |
| ·力场及其发展概述 | 第39-43页 |
| ·分子动力学算法及其进展 | 第43-44页 |
| ·分子动力学在生命科学领域发展的历史及生物大分子模拟的前景 | 第44-46页 |
| ·本章小结 | 第46-48页 |
| 3 烟碱样乙酰胆碱受体(nAChR)的分子动力学模拟 | 第48-76页 |
| ·引言 | 第48页 |
| ·烟碱样乙酰胆碱受体的结构和功能 | 第48-53页 |
| ·材料和方法 | 第53-56页 |
| ·模拟体系 | 第53-54页 |
| ·常规分子动力学模拟 | 第54页 |
| ·正态模式分析 | 第54页 |
| ·转角的计算 | 第54-55页 |
| ·拉伸转动分子动力学 | 第55-56页 |
| ·结果 | 第56-74页 |
| ·常规分子动力学 | 第56-64页 |
| ·正态模式分析 | 第64-68页 |
| ·非平衡分子动力学模拟 | 第68-74页 |
| ·小结 | 第74-76页 |
| 4 尼古丁从乙酰胆碱结合蛋白(AChBP)解离的拉伸分子动力学模拟 | 第76-97页 |
| ·引言 | 第76-77页 |
| ·乙酰胆碱结合蛋白的结构和功能 | 第77-79页 |
| ·材料和方法 | 第79-83页 |
| ·模拟系统 | 第79-80页 |
| ·分子动力学模拟 | 第80页 |
| ·拉伸分子动力学模拟 | 第80-83页 |
| ·结果和讨论 | 第83-94页 |
| ·动力学平衡 | 第83-87页 |
| ·比较拉伸模型 | 第87-94页 |
| ·小结 | 第94-97页 |
| 5 带有方向优化的拉伸分子动力学方法 | 第97-119页 |
| ·引言 | 第97-99页 |
| ·细胞色素P450 3A4的研究概况 | 第99-101页 |
| ·P450的分类和命名 | 第99-100页 |
| ·P450 3A4的功能和结构 | 第100-101页 |
| ·材料和方法 | 第101-109页 |
| ·模拟环境和分子结构 | 第101-102页 |
| ·优化模型 | 第102-103页 |
| ·基于信息熵的多种群遗传算法 | 第103-107页 |
| ·程序流程 | 第107-109页 |
| ·结果和讨论 | 第109-117页 |
| ·动力学平衡 | 第109-110页 |
| ·初始方向I | 第110-115页 |
| ·初始方向II | 第115-117页 |
| ·小结 | 第117-119页 |
| 结论 | 第119-121页 |
| 参考文献 | 第121-137页 |
| 附录A 尼古丁分子的拓扑文件 | 第137-140页 |
| 附录B 甲吡酮分子的拓扑文件 | 第140-144页 |
| 攻读博士学位期间发表学术论文情况 | 第144-145页 |
| 创新点摘要 | 第145-146页 |
| 致谢 | 第146-147页 |
