| 中文摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-12页 |
| 第一章 前言 | 第12-30页 |
| ·研究背景和现状 | 第12-17页 |
| ·生物信息学概述 | 第12-13页 |
| ·计算机模拟概述 | 第13-15页 |
| ·计算机辅助药物设计概述 | 第15-17页 |
| ·理论基础和计算方法 | 第17-28页 |
| ·同源模建 | 第17-19页 |
| ·虚拟筛选 | 第19-21页 |
| ·分子对接 | 第21-24页 |
| ·分子动力学 | 第24-28页 |
| ·研究思路和论文内容 | 第28-30页 |
| 第二章 神经氨酸酶的结构预测和构象评估 | 第30-48页 |
| ·引言 | 第30-32页 |
| ·实验方法 | 第32-34页 |
| ·NA 的氨基酸序列 | 第33页 |
| ·NA 三维结构的同源模建 | 第33页 |
| ·NA 三维结构的评估 | 第33-34页 |
| ·NA 活性位点的预测 | 第34页 |
| ·结果讨论 | 第34-46页 |
| ·NA 的序列比对 | 第34-36页 |
| ·NA 的三维结构 | 第36-38页 |
| ·NA 模型评估 | 第38-40页 |
| ·NA 活性位点的预测 | 第40-44页 |
| ·NA 预测结构与已解析结构对比 | 第44-46页 |
| ·本章小结 | 第46-48页 |
| 第三章 神经氨酸酶抑制剂的虚拟筛选 | 第48-62页 |
| ·天然产物数据库（NPD） | 第48-49页 |
| ·实验方法 | 第49-50页 |
| ·获取及准备配体小分子化合物 | 第49页 |
| ·准备受体分子文件 | 第49-50页 |
| ·为 AutoDock Vina 设置 Grid 参数 | 第50页 |
| ·启动 AutoDock Vina 进行虚拟筛选 | 第50页 |
| ·结果讨论 | 第50-61页 |
| ·本章小结 | 第61-62页 |
| 第四章 神经氨酸酶与抑制剂的分子对接 | 第62-76页 |
| ·实验方法 | 第62-63页 |
| ·DS Flexible Docking | 第62-63页 |
| ·AutoDock | 第63页 |
| ·结构讨论 | 第63-75页 |
| ·分子对接已解析的 NA 复合物晶体的模拟 | 第63-65页 |
| ·分子对接虚拟筛选抑制剂与 NA 的模拟 | 第65-72页 |
| ·结合自由能的计算 | 第72-75页 |
| ·本章小结 | 第75-76页 |
| 第五章 虚拟筛选出化合物的 ADMET 性质研究 | 第76-90页 |
| ·实验方法 | 第76页 |
| ·结果讨论 | 第76-89页 |
| ·人体肠道吸收模型 | 第76-79页 |
| ·水溶性模型 | 第79-81页 |
| ·血脑屏障通透性模型 | 第81-83页 |
| ·细胞色素 P450 2D6 酶模型 | 第83-85页 |
| ·肝毒性 | 第85-87页 |
| ·血浆蛋白结合率模型 | 第87-89页 |
| ·本章小结 | 第89-90页 |
| 第六章 虚拟筛选出化合物的毒理性质预测 | 第90-98页 |
| ·实验方法 | 第90-91页 |
| ·结果讨论 | 第91-97页 |
| ·潜在发育毒性 | 第91-93页 |
| ·致突变性 | 第93-94页 |
| ·啮齿动物致癌性 | 第94-97页 |
| ·本章小结 | 第97-98页 |
| 第七章 结论与展望 | 第98-102页 |
| ·结论 | 第98-100页 |
| ·展望 | 第100-102页 |
| 参考文献 | 第102-116页 |
| 作者简介及攻读博士期间所取得的科研成果 | 第116-118页 |
| 致谢 | 第118页 |