| 中文摘要 | 第1-3页 |
| ABSTRACT | 第3-6页 |
| 第一章 文献综述 | 第6-22页 |
| ·系统生物学综述 | 第6-8页 |
| ·系统生物学的诞生 | 第6-7页 |
| ·系统生物学的研究内容 | 第7页 |
| ·系统生物学的发展方向 | 第7-8页 |
| ·生物网络 | 第8-9页 |
| ·生物网络的图论研究方法 | 第9-13页 |
| ·连接度 | 第10-11页 |
| ·连接度的分布 | 第11-12页 |
| ·路径长度 | 第12页 |
| ·聚集系数 | 第12-13页 |
| ·连通体 | 第13页 |
| ·基因转录调控网络 | 第13-20页 |
| ·基因转录调控过程 | 第13-16页 |
| ·基因转录调控网络的建模方法 | 第16页 |
| ·基因转录调控网络的研究进展 | 第16-18页 |
| ·枯草芽孢杆菌基因转录调控网络的研究进展 | 第18-20页 |
| ·枯草芽孢杆菌简介 | 第20-21页 |
| ·本文研究内容 | 第21-22页 |
| 第二章 枯草芽孢杆菌基因转录调控网络的构建 | 第22-27页 |
| ·包含σ因子基因转录调控网络的构建 | 第22-25页 |
| ·获得数据 | 第22页 |
| ·转录调控数据整合 | 第22-24页 |
| ·生成网络 | 第24-25页 |
| ·不包含σ因子基因转录调控网络的构建 | 第25页 |
| ·本章小结 | 第25-27页 |
| 第三章 枯草芽孢杆菌包含σ因子基因转录调控网络的分析和网络分解 | 第27-39页 |
| ·拓扑性质 | 第27-31页 |
| ·拓扑结构 | 第27-28页 |
| ·与酵母转录调控网络拓扑性质的比较 | 第28-31页 |
| ·分层的网络分解方法 | 第31-34页 |
| ·强连通体的分离 | 第31-32页 |
| ·确定包含σ因子网络的网络中心 | 第32-33页 |
| ·划分模块的初步过程 | 第33-34页 |
| ·分解结果 | 第34页 |
| ·不分层的网络分解方法 | 第34-36页 |
| ·两种方法的比较和总结 | 第36-37页 |
| ·强连通体分离的否定 | 第36-37页 |
| ·模块共享基因的归属 | 第37页 |
| ·本章小结 | 第37-39页 |
| 第四章 枯草芽孢杆菌不包含σ因子基因转录调控网络的分析和网络分解 | 第39-54页 |
| ·连接结构 | 第39-41页 |
| ·弱连通体 | 第39页 |
| ·网络的直径 | 第39-40页 |
| ·强连通体 | 第40-41页 |
| ·基于距离的分解方法 | 第41-46页 |
| ·确定网络中心 | 第42-43页 |
| ·建立距离矩阵 | 第43-44页 |
| ·划分模块 | 第44-46页 |
| ·模块生物学功能 | 第46-53页 |
| ·生物学功能定义 | 第46-49页 |
| ·从模块内部结构分析生物学功能 | 第49-53页 |
| ·本章小结 | 第53-54页 |
| 第五章 结论与展望 | 第54-57页 |
| ·结论 | 第54-55页 |
| ·展望 | 第55-57页 |
| 参考文献 | 第57-62页 |
| 论文发表 | 第62-63页 |
| 附录 | 第63-66页 |
| 致谢 | 第66页 |