分布式并行处理与复杂网络在蛋白质折叠中的应用

第1章 绪论	第1-13页
·人类基因组计划以及生物信息学	第9-11页
·人类基因组计划	第9-10页
·生物信息学	第10-11页
·本论文所做的工作	第11-13页
第2章 蛋白质与蛋白质折叠	第13-24页
·蛋白质简介	第13-16页
·氨基酸及其基本结构	第13-14页
·蛋白质的基本组成	第14页
·蛋白质的结构	第14-15页
·蛋白质的功能	第15-16页
·蛋白质三维结构预测	第16-17页
·蛋白质三维结构预测的研究背景	第16页
·蛋白质三维结构预测的意义	第16-17页
·得到蛋白质三维结构的两种方法	第17-21页
·蛋白质序列分析方法	第17-18页
·蛋白质折叠	第18-20页
·蛋白质折叠与蛋白质序列分析方法的区别	第20-21页
·本论文关于蛋白质折叠的研究	第21-24页
·研究背景	第21页
·蛋白质折叠模拟系统的总体介绍	第21-24页
第3章 蛋白质三维结构模型	第24-31页
·HP格子模型简介	第24页
·HP格子模型中的能量	第24-25页
·立方格子模型	第25-26页
·三角格子模型	第26-29页
·三角格子模型的结构	第26页
·三角格子模型的数据结构	第26-28页
·三角格子模型三维空间组态合格的条件	第28页
·三角格子模型的三维结构的能量	第28页
·三角格子模型与立方格子模型的实验数据比较	第28-29页
·蛋白质折叠中的其它几种模型	第29-31页
第4章 并行计算的基本理论	第31-40页
·并行计算简介	第31页
·并行计算机的分类	第31-34页
·向量处理SIMD并行机	第32页
·共享存储MIMD并行多处理机	第32页
·分布存储MIMD并行多处理机	第32-34页
·消息传递的多计算机系统	第33页
·分布式共享存储器系统	第33-34页
·SISD计算机	第34页
·并行计算的基本原理	第34-37页
·并行计算的基本模型	第34-35页
·并行程序中的通讯与控制	第35-36页
·并行程序的性能评估	第36-37页
·并行计算的平台	第37-40页
·并行计算平台MPI简介	第37-38页
·Jcluster的介绍	第38-40页
第5章 应用并行遗传算法对蛋白质折叠的研究	第40-56页
·遗传算法	第40-42页
·遗传算法及其基本思想	第40-41页
·遗传算法中的几个基本概念	第41-42页
·遗传算法的基本步骤	第42页
·遗传算法的并行化	第42-46页
·并行遗传算法的基本思想	第43页
·遗传算法的并行化模型	第43-46页
·整体并行模式	第43-44页
·粗粒度并行模式	第44-46页
·细粒度并行模式	第46页
·应用并行遗传算法预测蛋白质三维结构	第46-53页
·算法描述	第46-49页
·算法分析	第49-51页
·实例结果	第51-53页
·能量漏斗与折叠路径的模拟	第53-56页
第6章 应用复杂网络对蛋白质折叠的研究	第56-74页
·复杂网络的定义及其与传统网络的区别	第56-57页
·复杂网络的静态几何量	第57-60页
·无向网络的静态几何量	第57-59页
·有向网络的静态几何量	第59页
·加权网络的静态几何量	第59-60页
·复杂网络机制模型	第60-62页
·规则网络与随机网络	第60页
·小世界网络	第60-61页
·无标度网络	第61-62页
·蛋白质折叠复杂网络的建立及其分析	第62-74页
·蛋白质折叠复杂网络的建立	第62-63页
·本论文所建复杂网络各个静态几何量的计算算法	第63-66页
·复杂网络计算机表示的数据结构	第63页
·度及其度分布的计算算法	第63页
·度的相关性的计算算法	第63-64页
·积聚程度的计算算法	第64页
·最短路径的计算算法	第64-65页
·介数的计算算法	第65-66页
·复杂网络实例分析	第66-74页
第7章 结束语	第74-75页
参考文献	第75-78页
致谢	第78-79页
附录	第79页