基于DNA序列4D表示的相似性分析与进化树算法研究
| 摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-11页 |
| ·引言 | 第7页 |
| ·研究背景及目的、意义 | 第7-8页 |
| ·国内外研究现状与发展趋势 | 第8-9页 |
| ·国外研究现状 | 第8-9页 |
| ·国内研究现状 | 第9页 |
| ·论文主要工作及结构安排 | 第9-10页 |
| ·小结 | 第10-11页 |
| 第二章 生物信息学知识概论 | 第11-18页 |
| ·什么是生物信息学 | 第11页 |
| ·生物信息学产生的背景 | 第11-12页 |
| ·计算机和数学在生物信息学中的作用 | 第12页 |
| ·生物信息学的主要研究内容 | 第12-14页 |
| ·序列比对(Alignment) | 第13页 |
| ·蛋白质结构预测，包括2级和3级结构预测 | 第13页 |
| ·计算机辅助基因识别(仅指蛋白质编码基因) | 第13页 |
| ·非编码区分析和 DNA语言研究 | 第13-14页 |
| ·分子进化和比较基因组学 | 第14页 |
| ·序列重叠群(Contigs)装配 | 第14页 |
| ·基于结构的药物设计 | 第14页 |
| ·其他 | 第14页 |
| ·生物信息学的基础知识 | 第14-17页 |
| ·生物的分类 | 第14页 |
| ·核酸 | 第14-15页 |
| ·DNA的结构 | 第15-16页 |
| ·中心法则 | 第16-17页 |
| ·序列的相似性 | 第17页 |
| ·小结 | 第17-18页 |
| 第三章 DNA序列的图形表示 | 第18-36页 |
| ·二维坐标轴的图形表示方法 | 第18-28页 |
| ·有退化的二维图形表示方法 | 第19-23页 |
| ·非退化的二维图形表示方法 | 第23-28页 |
| ·三维图形表示方法 | 第28-31页 |
| ·G-曲线和 H-曲线 | 第28-29页 |
| ·Z曲线 | 第29-30页 |
| ·一种新的 DNA序列的3D图形表示 | 第30-31页 |
| ·其他3D图形表示 | 第31页 |
| ·DNA序列的高维表示 | 第31-34页 |
| ·基于 DNA三联体的6D表示 | 第32-33页 |
| ·基于碱基化学性质分类方法的4D表示 | 第33-34页 |
| ·小结 | 第34-36页 |
| 第四章 基于 DNA序列4D表示的相似性分析 | 第36-45页 |
| ·引言 | 第36页 |
| ·序列相似性比对算法 | 第36-38页 |
| ·序列相似性比对的动态规划算法 | 第37页 |
| ·相似性搜索算法 | 第37-38页 |
| ·基于图形的序列相似性分析 | 第38-40页 |
| ·新的 DNA序列4D表示 | 第40-41页 |
| ·基于4D表示的相似性分析 | 第41-44页 |
| ·相似性分析算法 | 第44页 |
| ·小结 | 第44-45页 |
| 第五章 系统发生树的构建 | 第45-58页 |
| ·引言 | 第45页 |
| ·系统发生树构建的常用方法 | 第45-50页 |
| ·基于算法的方法 | 第46-48页 |
| ·基于最优化原则的方法 | 第48-50页 |
| ·不同构建系统发生树方法的比较 | 第50-51页 |
| ·一种基于模糊聚类的构造进化树方法 | 第51-56页 |
| ·模糊数学理论基础 | 第51-52页 |
| ·最大树模糊聚类法 | 第52-53页 |
| ·算法 | 第53-54页 |
| ·实验结果与分析 | 第54-56页 |
| ·系统发生树研究的发展方向 | 第56-57页 |
| ·小结 | 第57-58页 |
| 第六章 论文的总结与展望 | 第58-59页 |
| ·本文所做的工作总结 | 第58页 |
| ·有待研究的问题 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-65页 |
| 致谢 | 第65-66页 |
| 攻读学位期间主要的研究成果 | 第66页 |
