| 摘要 | 第1-14页 |
| ABSTRACT | 第14-16页 |
| 第一章 综述 | 第16-42页 |
| 1 甲壳动物软甲纲的系统发育研究概述 | 第16-22页 |
| ·甲壳动物及其基本的生物学特征 | 第16-17页 |
| ·甲壳动物的系统演化和分类系统 | 第17-18页 |
| ·软甲纲内部的系统发育及其分类系统 | 第18-20页 |
| ·十足目内部的系统发育及其分类系统 | 第20-22页 |
| 2 星虫动物基本特征及其亲缘关系的研究进展 | 第22-25页 |
| ·星虫动物的基本生物学特征 | 第22-23页 |
| ·星虫动物门的形成历史 | 第23页 |
| ·星虫动物门亲缘关系的研究进展 | 第23-25页 |
| 3 现代系统发育学研究常用的系统发育重建方法 | 第25-34页 |
| ·最大简约法（Maximum Parsimony，MP） | 第26-27页 |
| ·最大似然法（Maximum Likelihood，ML） | 第27-28页 |
| ·距离矩阵法（Distance-Matrix Methods） | 第28-30页 |
| ·贝叶斯推断法（Bayesian Inference） | 第30-32页 |
| ·不同系统发育重建方法的比较 | 第32-33页 |
| ·讨论 | 第33-34页 |
| 4 后生动物线粒体基因组研究进展 | 第34-42页 |
| ·线粒体基因组具有的优势及发展现状 | 第35-37页 |
| ·线粒体基因组在海洋无脊椎动物分子系统发育中的应用 | 第37-38页 |
| ·线粒体基因组在甲壳动物分子系统发育中的应用 | 第38-41页 |
| ·讨论 | 第41-42页 |
| 第二章 软甲纲十足目对虾科线粒体基因组特征及其分子系统进化 | 第42-67页 |
| 1 材料和方法 | 第42-46页 |
| ·样品采集和基因组DNA 的提取 | 第42-43页 |
| ·Long-PCR 扩增及步移法测序 | 第43-44页 |
| ·序列分析及基因预测 | 第44页 |
| ·系统发育分析 | 第44-46页 |
| 2 结果和讨论 | 第46-63页 |
| ·基因组特征 | 第46-50页 |
| ·基因排列 | 第50-52页 |
| ·蛋白质编码基因 | 第52-53页 |
| ·密码子使用偏好 | 第53页 |
| ·同义替换和非同义替换 | 第53-54页 |
| ·转运RNA 和核糖体RNA | 第54-57页 |
| ·系统发育关系 | 第57-63页 |
| 3 小结 | 第63-67页 |
| 第三章 软甲纲十足目长臂虾科线粒体基因组特征及其分子系统进化 | 第67-85页 |
| 1 材料和方法 | 第67-71页 |
| ·样品采集和基因组DNA 的提取 | 第67-68页 |
| ·PCR 扩增及序列测定 | 第68-70页 |
| ·序列分析及基因预测 | 第70页 |
| ·系统发育分析 | 第70-71页 |
| 2 结果和讨论 | 第71-81页 |
| ·基因组特征 | 第71-74页 |
| ·基因排列 | 第74-76页 |
| ·蛋白质编码基因 | 第76-77页 |
| ·密码子使用偏好 | 第77-78页 |
| ·同义替代和非同义替代 | 第78-79页 |
| ·转运RNA 和核糖体RNA | 第79-80页 |
| ·系统发育关系 | 第80-81页 |
| 3 小结 | 第81-85页 |
| 第四章 软甲纲磷虾目线粒体基因组特征及其分子系统进化 | 第85-122页 |
| 1 材料和方法 | 第86-91页 |
| ·样品采集和SDS 法提取基因组DNA | 第86-87页 |
| ·Long PCR 扩增及序列测定 | 第87-89页 |
| ·序列分析及基因预测 | 第89页 |
| ·系统发育分析 | 第89-91页 |
| 2 结果和讨论 | 第91-112页 |
| ·基因组特征 | 第91-97页 |
| ·基因排列 | 第97-99页 |
| ·蛋白质编码基因 | 第99页 |
| ·碱基组成和密码子使用偏好 | 第99-102页 |
| ·同义替换和非同义替换 | 第102-103页 |
| ·转运RNA 和核糖体RNA | 第103-106页 |
| ·非编码区 | 第106-108页 |
| ·磷虾类线粒体基因组单基因的相似性分析 | 第108-109页 |
| ·系统发育关系 | 第109-112页 |
| 3 小结 | 第112-122页 |
| 第五章 星虫动物门线粒体基因组特征及其分子系统进化 | 第122-151页 |
| 1 材料和方法 | 第123-125页 |
| ·样品采集和线粒体DNA 提取 | 第123页 |
| ·常规PCR 及测序 | 第123页 |
| ·Long-PCR 及测序 | 第123-125页 |
| ·序列分析及基因预测 | 第125页 |
| ·系统发育分析 | 第125页 |
| 2 结果和讨论 | 第125-141页 |
| ·基因组成和排列 | 第125-128页 |
| ·蛋白质编码基因 | 第128-130页 |
| ·碱基组成和密码子使用偏好 | 第130-135页 |
| ·同义替换和非同义替换 | 第135-136页 |
| ·转运RNA 和核糖体RNA | 第136-137页 |
| ·非编码区 | 第137页 |
| ·系统发育关系 | 第137-140页 |
| ·分节vs 不分节 | 第140-141页 |
| 3 小结 | 第141-151页 |
| 结论 | 第151-153页 |
| 参考文献 | 第153-177页 |
| 发表文章目录 | 第177-178页 |
| 致谢 | 第178页 |
