| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-16页 |
| 1 绪论 | 第16-46页 |
| ·生物非键模体 | 第19-33页 |
| ·生物非键作用的种类 | 第19-25页 |
| ·生物非键作用的研究方法 | 第25-30页 |
| ·本文研究提要 | 第30-33页 |
| 参考文献 | 第33-46页 |
| 2 蛋白质中的含硫氢键 | 第46-70页 |
| ·材料和方法 | 第47-52页 |
| ·Top500数据库 | 第47-48页 |
| ·REDUCE性能评价 | 第48-50页 |
| ·含硫氢键的分类 | 第50页 |
| ·含硫氢键的几何定义 | 第50-52页 |
| ·结果与讨论 | 第52-64页 |
| ·甲硫氨酸的硫原子作为氢键受体(Met←X) | 第52-55页 |
| ·半胱氨酸的硫原子作为氢键供体(Cys→X) | 第55-57页 |
| ·半胱氨酸的硫原子作为氢键受体(Cys←X) | 第57-59页 |
| ·胱氨酸的硫原子作为氢键受体(Cyt←X) | 第59-60页 |
| ·硫原子同时作为氢键供受体(Cys→S) | 第60-62页 |
| ·半胱氨酸的硫原子作为氢键供体与p电子受体作用(Cys→π) | 第62-64页 |
| ·小结 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-70页 |
| 3 蛋白质/配基界面上的氟键 | 第70-98页 |
| ·材料和方法 | 第72-74页 |
| ·数据库检索 | 第72页 |
| ·理论计算 | 第72-73页 |
| ·杂化QM/MM计算 | 第73-74页 |
| ·软件 | 第74页 |
| ·结果与讨论 | 第74-88页 |
| ·综合统计信息 | 第74-75页 |
| ·几何分布特征 | 第75-78页 |
| ·围绕蛋白质片段的C-F分布情况 | 第78-80页 |
| ·接触能分析 | 第80-83页 |
| ·真实系统分析 | 第83-88页 |
| ·小结 | 第88-90页 |
| 参考文献 | 第90-98页 |
| 4 生物分子中的卤-水-氢桥 | 第98-122页 |
| ·材料和方法 | 第99-102页 |
| ·理论计算 | 第99-100页 |
| ·数据库检索 | 第100-102页 |
| ·结果与方法 | 第102-114页 |
| ·卤键/氢键转换 | 第102-104页 |
| ·卤键/氢键协同效应 | 第104-105页 |
| ·能量分析 | 第105-107页 |
| ·综合统计信息 | 第107-108页 |
| ·几何分布特征 | 第108-110页 |
| ·实例讨论 | 第110-114页 |
| ·小结 | 第114-115页 |
| 参考文献 | 第115-122页 |
| 5 生物分子中的卤离子桥 | 第122-152页 |
| ·材料和方法 | 第124-130页 |
| ·理论计算 | 第124-126页 |
| ·数据库检索 | 第126-128页 |
| ·结构和热力学性质 | 第128-130页 |
| ·结果与讨论 | 第130-142页 |
| ·模型系统.Ⅰ.静电势 | 第130页 |
| ·模型系统.Ⅱ.相互作用 | 第130-131页 |
| ·模型系统.Ⅲ.几何、热力学和电子结构 | 第131-134页 |
| ·生物分子系统.Ⅰ.PDB检索卤离子非键作用 | 第134-137页 |
| ·生物分子系统.Ⅱ.PDB检索卤离子桥 | 第137-140页 |
| ·生物分子系统.Ⅲ.卤离子桥的性质统计 | 第140页 |
| ·生物分子系统.Ⅳ. QM/MM分析 | 第140-142页 |
| ·小结 | 第142-144页 |
| 参考文献 | 第144-152页 |
| 6 卤素模体能否稳定蛋白质结构? | 第152-180页 |
| ·材料和方法 | 第153-160页 |
| ·定义卤素模体 | 第153页 |
| ·选择高质量的卤素模体 | 第153-154页 |
| ·能量分解分析 | 第154-159页 |
| ·QM/MM计算 | 第159-160页 |
| ·结果与讨论 | 第160-170页 |
| ·EDA和QM/MM分析卤烷脱卤酶/卤离子复合物 | 第160-164页 |
| ·EDA分析782个高质量的卤素模体 | 第164-167页 |
| ·典型实例讨论 | 第167-170页 |
| ·小结 | 第170-171页 |
| ·附录:计算理想状态下卤素离子从溶剂进入无限延伸的"蛋白质介质"的色散自洽能变化 | 第171-174页 |
| ·理论 | 第171-172页 |
| ·参数 | 第172-174页 |
| 参考文献 | 第174-180页 |
| 7 二维描绘蛋白质复合物界面的非键模体 | 第180-210页 |
| ·定义蛋白质复合物界面 | 第182-185页 |
| ·识别、分析和描绘界面非键模体 | 第185-202页 |
| ·分项图 | 第186-200页 |
| ·概括图 | 第200-202页 |
| ·小结 | 第202-203页 |
| 参考文献 | 第203-210页 |
| 8 总结与展望 | 第210-216页 |
| ·研究总结 | 第210-214页 |
| ·前景展望 | 第214-216页 |
| 附录:攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第216-218页 |
| 致谢 | 第218-222页 |