| 摘要 | 第3-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 缩写词说明 | 第9-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-53页 |
| 1.1 深海噬菌体的研究概述 | 第14-20页 |
| 1.1.1 深海的环境特点 | 第14页 |
| 1.1.2 深海原核生物的多样性 | 第14-17页 |
| 1.1.3 深海噬菌体的丰度和多样性 | 第17页 |
| 1.1.4 深海噬菌体的生态学功能 | 第17-19页 |
| 1.1.5 深海噬菌体的分离鉴定 | 第19-20页 |
| 1.2 丝状噬菌体的研究概况 | 第20-26页 |
| 1.2.1 丝状噬菌体的分布 | 第20-21页 |
| 1.2.2 丝状噬菌体基因的结构和功能 | 第21-23页 |
| 1.2.3 丝状噬菌体对宿主生理及环境适应性的影响 | 第23-26页 |
| 1.3 深海丝状噬菌体SW1 及其宿主Shewanella piezotolerans WP3 研究进展 | 第26-30页 |
| 1.3.1 Shewanella piezotolerans WP3 研究概况 | 第26-28页 |
| 1.3.2 深海丝状噬菌体SW1 研究概况 | 第28-30页 |
| 1.4 溶源性噬菌体的诱导机制研究进展 | 第30-33页 |
| 1.4.1 大肠杆菌噬菌体λ的诱导机制 | 第30-31页 |
| 1.4.2 霍乱弧菌丝状噬菌体CTXΦ的诱导机制 | 第31-32页 |
| 1.4.3 噬菌体λ与 CTXΦ基因开关的比较 | 第32-33页 |
| 1.5 DNA磷硫酰化修饰的研究进展 | 第33-48页 |
| 1.5.1 天然状态下存在的DNA修饰类型 | 第33-34页 |
| 1.5.2 DNA甲基化修饰的生理功能 | 第34-37页 |
| 1.5.3 DNA磷硫酰化修饰的发现与鉴定 | 第37-40页 |
| 1.5.4 DNA磷硫酰化修饰的特点 | 第40-41页 |
| 1.5.5 DNA磷硫酰化修饰的分布 | 第41-43页 |
| 1.5.6 Dnd蛋白的功能研究 | 第43-44页 |
| 1.5.7 DNA磷硫酰化修饰的生理功能研究 | 第44-47页 |
| 1.5.8 对DNA磷硫酰化修饰的生物学意义的认识和思考 | 第47-48页 |
| 1.6 抗氧化能力对于微生物极端环境适应性的影响 | 第48-50页 |
| 1.6.1 微生物体内的抗氧化系统 | 第48-49页 |
| 1.6.2 多种极端环境可以引起氧化胁迫 | 第49-50页 |
| 1.7 本论文的研究意义和主要内容 | 第50-53页 |
| 1.7.1 本研究的意义 | 第50-51页 |
| 1.7.2 本研究的主要内容 | 第51-53页 |
| 第二章 材料与方法 | 第53-70页 |
| 2.1 实验材料 | 第53-63页 |
| 2.2 实验方法 | 第63-70页 |
| 第三章 噬菌体SW1 自身调控蛋白FpsR的功能鉴定 | 第70-96页 |
| 3.1 前言 | 第70-71页 |
| 3.2 实验结果与讨论 | 第71-93页 |
| 3.2.1 FpsR蛋白的生物信息学分析 | 第71-72页 |
| 3.2.2 fpsR基因缺失突变体的构建 | 第72-74页 |
| 3.2.3 fpsR基因缺失对SW1 基因表达的影响 | 第74-81页 |
| 3.2.4 His标签FpsR蛋白的纯化与表达 | 第81-85页 |
| 3.2.5 EMSA分析FpsR与 SW1 启动子区的相互作用 | 第85-88页 |
| 3.2.6 DNase I Foot-printing确定FpsR结合位点及后续验证 | 第88-90页 |
| 3.2.7 温度对于FpsR结合能力的影响 | 第90-92页 |
| 3.2.8 FpsR蛋白的系统发育分析 | 第92-93页 |
| 3.3 小结与展望 | 第93-96页 |
| 3.3.1 小结与讨论 | 第93-95页 |
| 3.3.2 展望 | 第95-96页 |
| 第四章 S.piezotolerans WP3转录调控因子H-NS对 SW1 基因表达的调控作用 | 第96-118页 |
| 4.1 前言 | 第96-97页 |
| 4.2 实验结果与讨论 | 第97-115页 |
| 4.2.1 His标签H-NS蛋白的异源表达 | 第97-98页 |
| 4.2.2 H-NS对于WP3 侧生鞭毛系统的调控作用 | 第98-103页 |
| 4.2.3 hns基因缺失突变体以及hns、fpsR双突变体的构建 | 第103-104页 |
| 4.2.4 hns的缺失对噬菌体SW1 基因表达的影响 | 第104-106页 |
| 4.2.5 hns的缺失对噬菌体DNA复制的影响 | 第106-108页 |
| 4.2.6 体外实验验证H-NS与 SW1 启动子区域的互作 | 第108-112页 |
| 4.2.7 hns以及fpsR双突变对噬菌体SW1 基因表达的影响 | 第112-114页 |
| 4.2.8 噬菌体SW1 低温诱导的调控回路 | 第114-115页 |
| 4.3 小结与展望 | 第115-118页 |
| 4.3.1 小结与讨论 | 第115-117页 |
| 4.3.2 展望 | 第117-118页 |
| 第五章 DNA硫修饰影响噬菌体SW1 的基因表达 | 第118-142页 |
| 5.1 前言 | 第118-119页 |
| 5.2 实验结果与讨论 | 第119-139页 |
| 5.2.1 dnd基因簇的克隆与硫修饰菌株构建 | 第119-122页 |
| 5.2.2 硫修饰对噬菌体SW1 基因表达的影响 | 第122-125页 |
| 5.2.3 硫修饰位点突变后硫修饰对SW1 基因表达的影响 | 第125-129页 |
| 5.2.4 敲除fpsR基因后硫修饰对SW1 基因表达的影响 | 第129-132页 |
| 5.2.5 硫修饰对于完整噬菌体SW1 的基因表达影响 | 第132-135页 |
| 5.2.6 EMSA分析FpsR与硫修饰DNA的结合能力 | 第135-136页 |
| 5.2.7 ITC分析FpsR与硫修饰DNA的结合能力 | 第136-137页 |
| 5.2.8 硫修饰与噬菌体基因偶联示例 | 第137-139页 |
| 5.3 小结与展望 | 第139-142页 |
| 5.3.1 小结与讨论 | 第139-141页 |
| 5.3.2 展望 | 第141-142页 |
| 第六章 DNA硫修饰提升微生物对多重极端条件的耐受能力 | 第142-173页 |
| 6.1 前言 | 第142-143页 |
| 6.2 实验结果与讨论 | 第143-169页 |
| 6.2.1 WP3 硫修饰菌株对不同胁迫条件抵抗能力的检测 | 第143-149页 |
| 6.2.2 不同胁迫条件下dnd基因表达水平检测 | 第149-150页 |
| 6.2.3 Hpx—硫修饰菌株对不同胁迫条件抵抗能力的检测 | 第150-155页 |
| 6.2.4 氧化监测探针检测硫修饰菌株在胁迫条件下胞内氧化状态 | 第155-160页 |
| 6.2.5 Hpx~-硫修饰菌株清除过氧化氢实验 | 第160-162页 |
| 6.2.6 高温下WP3 硫修饰菌株生长缺陷原因分析 | 第162-165页 |
| 6.2.7 硫修饰限制修饰系统的进化分析 | 第165-169页 |
| 6.3 小结与展望 | 第169-173页 |
| 6.3.1 小结与讨论 | 第169-172页 |
| 6.3.2 展望 | 第172-173页 |
| 第七章 全文总结与展望 | 第173-177页 |
| 结论和创新点 | 第173-175页 |
| 实验展望 | 第175-177页 |
| 参考文献 | 第177-196页 |
| 附录 | 第196-229页 |
| 附录1 pET-24a-d(+)表达质粒图谱 | 第196-197页 |
| 附录2 pET-28a表达质粒图谱 | 第197-198页 |
| 附录3 pSW2 回补质粒图谱 | 第198-199页 |
| 附录4 pRE112 自杀质粒图谱 | 第199-200页 |
| 附录5 DNA及蛋白分子量标准 | 第200-201页 |
| 附录6 NCBI数据库中基因组中具有硫修饰基因簇的原核生物名目 | 第201-221页 |
| 附录7 病毒宏基因组中dndE基因数目统计 | 第221-229页 |
| 学术论文与科研成果 | 第229-231页 |
| 致谢 | 第231-234页 |
