| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第12-46页 |
| 1.1 染色质的可及性与基因表达调控 | 第12-19页 |
| 1.1.1 染色质的可及性 | 第12-14页 |
| 1.1.2 染色质可及性与基因表达调控 | 第14-19页 |
| 1.2 全基因组上研究染色质可及性的方法 | 第19-30页 |
| 1.2.1 MNase-seq | 第21-23页 |
| 1.2.2 DNase-seq | 第23-25页 |
| 1.2.3 FAIRE-seq | 第25-26页 |
| 1.2.4 ATAC-seq | 第26-28页 |
| 1.2.5 四种分析染色质可及性的实验手段的比较 | 第28-30页 |
| 1.3 染色质可及性分析常用的工具及数据库 | 第30-38页 |
| 1.3.1 测序数据预处理 | 第34-35页 |
| 1.3.2 信号峰搜寻及注释 | 第35-36页 |
| 1.3.3 转录因子富集与印迹分析 | 第36-38页 |
| 1.4 染色质可及性研究的应用现状及发展趋势 | 第38-43页 |
| 1.4.1 染色质可及性研究的应用现状 | 第38-42页 |
| 1.4.2 染色质可及性研究的发展趋势 | 第42-43页 |
| 1.5 论文思路和主要工作 | 第43-46页 |
| 第二章 染色质可及性测序数据分析软件开发 | 第46-58页 |
| 2.1 引言 | 第46-47页 |
| 2.2 设计与执行 | 第47-52页 |
| 2.2.1 使用环境与流程设计 | 第47-48页 |
| 2.2.2 原始数据回贴到基因组及测序数据的质控 | 第48-50页 |
| 2.2.3 信号峰的位置寻找及强度统计 | 第50页 |
| 2.2.4 样品相关性及差异性分析 | 第50-52页 |
| 2.2.5 转录因子的搜寻,印迹分析及核小体定位分析 | 第52页 |
| 2.2.6 测试数据来源 | 第52页 |
| 2.3 结果讨论 | 第52-57页 |
| 2.3.1 ATAC-pipe满足了更多的ATAC-seq数据分析的功能需求 | 第52-53页 |
| 2.3.2 ATAC-pipe在皮肤T细胞淋巴瘤染色质可及性研究中的应用 | 第53-57页 |
| 2.4 本章小结 | 第57-58页 |
| 第三章 肥胖诱导的慢性炎症表观遗传调控的研究 | 第58-78页 |
| 3.1 引言 | 第58-60页 |
| 3.2 实验材料 | 第60-61页 |
| 3.2.1 实验小鼠 | 第60页 |
| 3.2.2 主要器械及仪器 | 第60页 |
| 3.2.3 主要药品及试剂 | 第60-61页 |
| 3.3 实验方法 | 第61-65页 |
| 3.3.1 高脂饮食诱导的胰岛素耐受小鼠模型构建 | 第61-62页 |
| 3.3.2 外周血中单核细胞巨噬细胞的分离 | 第62页 |
| 3.3.3 脂肪组织中巨噬细胞的分离方法 | 第62-63页 |
| 3.3.4 ATAC-seq建库实验 | 第63-65页 |
| 3.4 ATAC-seq数据分析 | 第65-68页 |
| 3.4.1 测序数据预处理 | 第65页 |
| 3.4.2 差异性分析 | 第65-66页 |
| 3.4.3 差异开放区域的Gene Ontology注释 | 第66页 |
| 3.4.4 差异开放区域的染色体定位 | 第66页 |
| 3.4.5 差异开放区域转录因子富集分析 | 第66页 |
| 3.4.6 转录因子的印迹分析 | 第66页 |
| 3.4.7 转录因子调控网络的构建 | 第66-68页 |
| 3.5 结果讨论 | 第68-77页 |
| 3.5.1 测序数据质量控制 | 第68-70页 |
| 3.5.2 炎症状态下单核细胞与巨噬细胞均发生较大染色质可及性变化 | 第70-74页 |
| 3.5.3 多种转录因子参与单核-巨噬细胞炎症的调控 | 第74-75页 |
| 3.5.4 炎症状态单核细胞与巨噬细胞表现出不同的转录因子调控网络 | 第75-76页 |
| 3.5.5 转录因子功能预测分析 | 第76-77页 |
| 3.6 本章小结 | 第77-78页 |
| 第四章 总结与展望 | 第78-84页 |
| 4.1 全文总结 | 第78-80页 |
| 4.2 工作展望 | 第80-84页 |
| 附录一 ATAC-pipe用户手册 | 第84-96页 |
| 附录二 接头序列信息 | 第96-98页 |
| 参考文献 | 第98-118页 |
| 致谢 | 第118-120页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第120-121页 |
