| 中文摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第9-16页 |
| 1.1 研究背景 | 第9页 |
| 1.2 国内外研究进展 | 第9-11页 |
| 1.3 基因芯片技术 | 第11-12页 |
| 1.3.1 基因芯片的产生背景 | 第11页 |
| 1.3.2 基因芯片的基本原理 | 第11-12页 |
| 1.4 芯片的数据分析 | 第12-14页 |
| 1.4.1 Bioconductor简介 | 第12页 |
| 1.4.2 微阵列数据的预处理 | 第12-13页 |
| 1.4.3 差异基因的分析 | 第13-14页 |
| 1.5 相关数据库简介 | 第14-15页 |
| 1.5.1 DAVID数据库 | 第14页 |
| 1.5.2 STRING数据库 | 第14-15页 |
| 1.5.3 GEO数据库 | 第15页 |
| 1.6 讨论与小结 | 第15-16页 |
| 第2章 芯片数据的获取与质量评估 | 第16-23页 |
| 2.1 数据来源 | 第16页 |
| 2.2 芯片质量评估 | 第16-22页 |
| 2.2.1 绘制芯片图像 | 第16-17页 |
| 2.2.2 绘制直方图和概率密度图 | 第17-18页 |
| 2.2.3 绘制箱线图 | 第18页 |
| 2.2.4 绘制散点图 | 第18-19页 |
| 2.2.5 绘制MVA图 | 第19-20页 |
| 2.2.6 RNA降解检查 | 第20页 |
| 2.2.7 相对对数表达与归一化未缩放标准差法检测 | 第20-21页 |
| 2.2.8 归一化后质量检测 | 第21-22页 |
| 2.3 讨论与小结 | 第22-23页 |
| 第3章 垂体腺瘤差异基因表达分析 | 第23-33页 |
| 3.1 数据预处理 | 第23页 |
| 3.2 差异基因的筛选 | 第23-24页 |
| 3.3 差异基因的分析和注释 | 第24-27页 |
| 3.4 蛋白互作网络的构建 | 第27-28页 |
| 3.5 PPI网络模块分析 | 第28-30页 |
| 3.6 讨论与小结 | 第30-33页 |
| 第4章 垂体腺瘤差异共表达基因分析 | 第33-42页 |
| 4.1 DCGL软件包及其原理 | 第33-35页 |
| 4.2 差异共表达基因的筛选 | 第35页 |
| 4.3 DCGs富集分析 | 第35-37页 |
| 4.4 转录因子排序 | 第37-38页 |
| 4.5 讨论与小结 | 第38-42页 |
| 第5章 结论与展望 | 第42-43页 |
| 参考文献 | 第43-49页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第49-50页 |
| 致谢 | 第50页 |