肠炎沙门氏菌感染对济宁百日鸡盲肠全基因组甲基化的影响
| 中文摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 1 前言 | 第12-20页 |
| 1.1 DNA甲基化概述 | 第12-19页 |
| 1.1.1 DNA甲基化的研究进展 | 第12-13页 |
| 1.1.2 DNA甲基化的检测方法 | 第13-17页 |
| 1.1.2.1 甲基化免疫共沉淀测序 | 第14-15页 |
| 1.1.2.2 甲基化敏感扩增多态性 | 第15页 |
| 1.1.2.3 甲基化特异性PCR | 第15页 |
| 1.1.2.4 亚硫酸氢盐测序PCR | 第15-16页 |
| 1.1.2.5 全基因组亚硫酸氢盐测序 | 第16-17页 |
| 1.1.3 DNA甲基化在畜禽上的研究进展 | 第17-19页 |
| 1.2 肠炎沙门氏菌的危害 | 第19页 |
| 1.3 研究目的和意义 | 第19-20页 |
| 2 材料与方法 | 第20-32页 |
| 2.1 试验仪器与试剂 | 第20-21页 |
| 2.1.1 试验仪器 | 第20-21页 |
| 2.1.2 试验试剂 | 第21页 |
| 2.2 常用试剂的配制 | 第21-22页 |
| 2.3 动物试验处理 | 第22页 |
| 2.4 基因组DNA提取及质量检测 | 第22-23页 |
| 2.5 全基因组亚硫酸盐测序 | 第23-24页 |
| 2.6 亚硫酸氢盐PCR测序 | 第24-28页 |
| 2.6.1 亚硫酸氢盐处理DNA | 第24-25页 |
| 2.6.2 甲基化引物设计 | 第25-26页 |
| 2.6.3 甲基化PCR反应程序 | 第26-27页 |
| 2.6.4 甲基化PCR产物回收 | 第27页 |
| 2.6.5 PCR产物连接、转化和测序 | 第27-28页 |
| 2.7 数据处理 | 第28-32页 |
| 2.7.1 全基因组甲基化测序数据处理 | 第28-31页 |
| 2.7.1.1 测序数据质量控制 | 第28-29页 |
| 2.7.1.2 低质量数据过滤 | 第29页 |
| 2.7.1.3 与参考基因组比对 | 第29页 |
| 2.7.1.4 测序深度分布 | 第29页 |
| 2.7.1.5 甲基化位点检测与注释 | 第29-30页 |
| 2.7.1.6 甲基化胞嘧啶注释 | 第30页 |
| 2.7.1.7 DMC与DMR检测与注释 | 第30-31页 |
| 2.7.2 BSP测序数据处理 | 第31-32页 |
| 3 结果与分析 | 第32-47页 |
| 3.1 基因组DNA电泳结果 | 第32页 |
| 3.2 全基因组亚硫酸测序结果分析 | 第32-45页 |
| 3.2.1 测序结果质量评估 | 第32-33页 |
| 3.2.2 与参考基因组比对 | 第33页 |
| 3.2.3 测序Reads覆盖度与覆盖深度统计 | 第33-34页 |
| 3.2.4 不同类型甲基化位点甲基化水平与分布 | 第34-35页 |
| 3.2.5 甲基化环境中的核苷酸偏好 | 第35页 |
| 3.2.6 不同功能元件的甲基化水平 | 第35-37页 |
| 3.2.7 甲基化差异区域数量统计 | 第37页 |
| 3.2.8 甲基化差异区域分布 | 第37-38页 |
| 3.2.9 每条染色体上DMR分布 | 第38页 |
| 3.2.10 差异显著基因在染色体上的分布 | 第38-39页 |
| 3.2.11 甲基化差异位点在染色体上的分布 | 第39-41页 |
| 3.2.12 甲基化差异位点密集区域基因筛选 | 第41-44页 |
| 3.2.13 甲基化差异基因GO分析 | 第44页 |
| 3.2.14 甲基化差异基因KEGG分析 | 第44-45页 |
| 3.3 BSP验证 | 第45-47页 |
| 4 讨论 | 第47-49页 |
| 4.1 济宁百日鸡全基因组甲基化图谱 | 第47页 |
| 4.2 肠炎沙门氏菌感染对甲基化的影响 | 第47-49页 |
| 5 结论 | 第49-50页 |
| 参考文献 | 第50-55页 |
| 致谢 | 第55页 |
