| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 前言 | 第13页 |
| 1 文献综述 | 第13-23页 |
| 1.1 禽类蛋壳的形成过程 | 第13-14页 |
| 1.2 决定蛋壳颜色的色素 | 第14页 |
| 1.3 蛋壳中胆绿素的来源 | 第14-15页 |
| 1.4 胆绿素代谢过程 | 第15-20页 |
| 1.4.1 血红素加氧酶1(HO-1) | 第16-18页 |
| 1.4.2 胆绿素还原酶A(BLVRA) | 第18-20页 |
| 1.5 参与胆绿素合成相关基因调控的miRNA | 第20页 |
| 1.6 进化视角下的禽类蛋壳颜色形成 | 第20-21页 |
| 1.7 禽类绿壳蛋性状的基因定位 | 第21-22页 |
| 1.8 研究目的及意义 | 第22-23页 |
| 2 材料与方法 | 第23-34页 |
| 2.1 试验材料 | 第23-25页 |
| 2.1.1 试验动物 | 第23页 |
| 2.1.2 试剂和设备 | 第23-25页 |
| 2.2 试验方法 | 第25-34页 |
| 2.2.1 蛋壳色素含量的测定 | 第25-26页 |
| 2.2.2 血清、排泄物、肝脏和壳腺部胆绿素含量测定 | 第26页 |
| 2.2.3 壳腺部HE染色 | 第26页 |
| 2.2.4 壳腺部组织HO-1蛋白定位 | 第26-27页 |
| 2.2.5 转录组mRNA测序 | 第27-32页 |
| 2.2.6 miRNA测序 | 第32-33页 |
| 2.2.7 数据处理 | 第33-34页 |
| 3 结果与分析 | 第34-62页 |
| 3.1 胆绿素含量比较结果 | 第34-35页 |
| 3.2 差异表达基因富集及验证 | 第35-50页 |
| 3.2.1 测序数据质量 | 第35-36页 |
| 3.2.2 转录组测序数据组装与比对情况 | 第36-37页 |
| 3.2.3 Unigene功能注释结果 | 第37-38页 |
| 3.2.4 RNA-seq整体质量评估结果 | 第38-39页 |
| 3.2.5 差异表达基因的筛选 | 第39-40页 |
| 3.2.6 差异基因KEGG通路富集 | 第40-45页 |
| 3.2.7 差异表达基因的GO富集分析 | 第45-46页 |
| 3.2.8 物质转运相关差异表达基因的分析 | 第46-48页 |
| 3.2.9 SNP分析 | 第48-50页 |
| 3.2.10 qRT-PCR验证 | 第50页 |
| 3.3 壳腺部miRNA的富集分析 | 第50-62页 |
| 3.3.1 miRNA测序质量评估和长度分析 | 第50-52页 |
| 3.3.2 miRNA鉴定 | 第52-53页 |
| 3.3.3 碱基的偏好性分布 | 第53-54页 |
| 3.3.4 样品间相关性检测 | 第54-55页 |
| 3.3.5 差异表达miRNA筛选及其靶基因预测 | 第55-58页 |
| 3.3.6 差异表达miRNAs靶基因功能分析 | 第58-59页 |
| 3.3.7 miRNA-mRNA的关联分析 | 第59-62页 |
| 4 讨论 | 第62-67页 |
| 4.1 鸭蛋壳的胆绿素的来源 | 第62-63页 |
| 4.2 鸭壳腺部胆绿素合成代谢相关基因与绿壳蛋性状形成 | 第63-64页 |
| 4.3 壳腺部胆绿素转运相关基因参与绿壳蛋性状形成 | 第64页 |
| 4.4 鸭壳腺部miRNA表达与绿壳蛋性状形成 | 第64-67页 |
| 5 结论 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-78页 |
| 研究生期间发表文章 | 第78-79页 |
| 致谢 | 第79页 |
