| 摘要 | 第6-8页 |
| abstract | 第8-10页 |
| 第一部分 文献综述 | 第16-38页 |
| 第一章 RNA加尾 | 第16-24页 |
| 1.1 mRNA的形成过程 | 第16页 |
| 1.2 RNA加尾信号 | 第16-17页 |
| 1.3 RNA加尾过程中的顺式作用元件 | 第17-19页 |
| 1.3.1 剪切位点上游核心序列 | 第17页 |
| 1.3.2 剪切位点下游核心序列 | 第17页 |
| 1.3.3 剪切位点序列 | 第17-18页 |
| 1.3.4 辅助序列 | 第18-19页 |
| 1.4 RNA加尾过程中的蛋白因子 | 第19-24页 |
| 1.4.1 CPSF蛋白家族 | 第19-21页 |
| 1.4.2 CstF蛋白家族 | 第21页 |
| 1.4.3 CFI蛋白家族 | 第21-22页 |
| 1.4.4 其它蛋白因子 | 第22-24页 |
| 第二章 RNA加尾调控的研究进展 | 第24-28页 |
| 2.1 可变加尾调控及其类型 | 第24-25页 |
| 2.1.1 非编码区可变加尾(UTR-APA) | 第24-25页 |
| 2.1.2 编码区可变加尾(CR-APA) | 第25页 |
| 2.2 RNA可变加尾的功能 | 第25-28页 |
| 2.2.1 影响mRNA的稳定性和翻译 | 第25-26页 |
| 2.2.2 影响mRNA的核出口和定位 | 第26页 |
| 2.2.3 影响蛋白定位 | 第26页 |
| 2.2.4 影响蛋白多样性 | 第26-27页 |
| 2.2.5 抑制基因表达 | 第27-28页 |
| 第三章 RNA加尾的研究方法 | 第28-33页 |
| 3.1 分子生物学研究方法 | 第28-29页 |
| 3.1.1 PCR方法 | 第28页 |
| 3.1.2 RNA印迹技术 | 第28页 |
| 3.1.3 四环素诱导系统 | 第28页 |
| 3.1.4 荧光素酶报告系统 | 第28-29页 |
| 3.2 生物信息学研究方法 | 第29-33页 |
| 3.2.1 基因表达序列标签技术 | 第29页 |
| 3.2.2 基因芯片技术 | 第29-30页 |
| 3.2.3 转录组RNA-seq技术 | 第30页 |
| 3.2.4 基于Oligo(dT)富集的高通量测序技术 | 第30-31页 |
| 3.2.5 基于RNA操作的高通量测序技术 | 第31-33页 |
| 第四章 RNA二级结构研究进展 | 第33-38页 |
| 4.1 RNA结构及RNA二级结构 | 第33页 |
| 4.2 RNA二级结构功能 | 第33-36页 |
| 4.2.1 RNA二级结构与蛋白翻译 | 第33-34页 |
| 4.2.2 RNA二级结构与RNA的加工和稳定性 | 第34-35页 |
| 4.2.3 RNA二级结构与mRNA可变剪接 | 第35页 |
| 4.2.4 RNA二级结构与miRNA结合靶基因 | 第35-36页 |
| 4.3 RNA二级结构在加尾中研究 | 第36-37页 |
| 4.4 本研究的目的和意义 | 第37-38页 |
| 第二部分 试验研究 | 第38-108页 |
| 第五章 猪RNA加尾信号生物信息学鉴定及分析 | 第38-50页 |
| 5.1 数据来源与处理流程 | 第38-42页 |
| 5.1.1 EST数据来源 | 第38页 |
| 5.1.2 RNA-seq数据来源 | 第38-39页 |
| 5.1.3 RNA-seq样本(sample)筛选 | 第39页 |
| 5.1.4 RNA-seq原始数据的下载 | 第39页 |
| 5.1.5 RNA-seq原始数据预处理 | 第39页 |
| 5.1.6 RNA-seq数据提取含有polyA的reads | 第39页 |
| 5.1.7 含有polyA的reads比对到猪的基因组 | 第39-40页 |
| 5.1.8 比对结果提取加尾位点 | 第40页 |
| 5.1.9 提取加尾位点上下游序列 | 第40页 |
| 5.1.10 去除假阳性序列 | 第40-41页 |
| 5.1.11 加尾位点聚类及筛选 | 第41页 |
| 5.1.12 EST序列加尾信号的鉴定 | 第41页 |
| 5.1.13 RNA加尾信号的分析-单核苷酸频率分析 | 第41页 |
| 5.1.14 RNA加尾信号的分析-双核苷酸频率分析 | 第41页 |
| 5.1.15 RNA加尾信号的分析-六聚体核苷酸频率分析 | 第41页 |
| 5.1.16 RNA加尾位点在染色体上分布 | 第41-42页 |
| 5.1.17 RNA可变加尾分析 | 第42页 |
| 5.1.18 猪PAS注释 | 第42页 |
| 5.2 结果与分析 | 第42-48页 |
| 5.2.1 猪RNA加尾信号生物信息学分析示意图 | 第42-44页 |
| 5.2.2 猪RNA加尾位点上下游碱基分布 | 第44-45页 |
| 5.2.3 猪RNA加尾位点上下游双碱基分布 | 第45页 |
| 5.2.4 猪RNA加尾位点上下游六聚体分布 | 第45-46页 |
| 5.2.5 猪AAUAAA及其变体使用频率 | 第46-47页 |
| 5.2.6 猪APA分析 | 第47-48页 |
| 5.3 讨论 | 第48-49页 |
| 5.4 小结 | 第49-50页 |
| 第六章 双顺反子检测加尾信号系统的构建 | 第50-74页 |
| 6.1 材料和方法 | 第50-60页 |
| 6.1.1 主要仪器 | 第50-51页 |
| 6.1.2 主要试剂和配制 | 第51-52页 |
| 6.1.3 质粒和菌株 | 第52页 |
| 6.1.4 细胞系 | 第52页 |
| 6.1.5 双顺反子系统载体构建 | 第52-54页 |
| 6.1.6 AAUAAA突变载体构建 | 第54-55页 |
| 6.1.7 CD47基因的载体构建 | 第55-57页 |
| 6.1.8 细胞转染 | 第57页 |
| 6.1.9 流式细胞分析 | 第57页 |
| 6.1.10 细胞裂解及双荧光素酶活性检测 | 第57-58页 |
| 6.1.11 Trizol法提取RNA | 第58-59页 |
| 6.1.12 反转录及定量PCR | 第59-60页 |
| 6.1.13 数据分析 | 第60页 |
| 6.2 结果与分析 | 第60-71页 |
| 6.2.1 双顺反子系统构建 | 第60-61页 |
| 6.2.2 双顺反子系统检测加尾信号的工作原理 | 第61-63页 |
| 6.2.3 双顺反子系统鉴定加尾信号的有无 | 第63-65页 |
| 6.2.4 双荧光报告系统鉴定不同的加尾信号 | 第65-67页 |
| 6.2.5 双荧光素酶报告系统鉴定不同的加尾信号 | 第67-69页 |
| 6.2.6 利用双顺反子系统验证CD47基因的可变加尾调控 | 第69-71页 |
| 6.2.7 双顺反子系统总结 | 第71页 |
| 6.3 讨论 | 第71-73页 |
| 6.4 小结 | 第73-74页 |
| 第七章 RNA二级结构对加尾效率的调控作用 | 第74-98页 |
| 7.1 数据来源与处理流程 | 第74-77页 |
| 7.1.1 数据来源 | 第74-75页 |
| 7.1.2 数据转换成FASTA格式 | 第75页 |
| 7.1.3 三代测序数据polyA提取 | 第75页 |
| 7.1.4 三代测序数据的矫正 | 第75-76页 |
| 7.1.5 三代测序数据数据pA位点提取 | 第76-77页 |
| 7.1.6 PAS的鉴定及分析 | 第77页 |
| 7.1.7 RNA二级结构预测 | 第77页 |
| 7.2 材料和方法 | 第77-82页 |
| 7.2.1 主要仪器 | 第77-78页 |
| 7.2.2 主要试剂 | 第78页 |
| 7.2.3 质粒和菌株 | 第78页 |
| 7.2.4 细胞系 | 第78页 |
| 7.2.5 MS2双荧光素酶载体构建 | 第78-80页 |
| 7.2.6 目的基因克隆进双荧光素酶载体 | 第80页 |
| 7.2.7 目的基因突变载体构建 | 第80-82页 |
| 7.2.8 细胞转染 | 第82页 |
| 7.2.9 荧光素酶检测 | 第82页 |
| 7.2.10 数据分析 | 第82页 |
| 7.3 结果与分析 | 第82-96页 |
| 7.3.1 RNA二级结构分析流程 | 第82页 |
| 7.3.2 三代全长转录组分析鉴定加尾位点 | 第82-84页 |
| 7.3.3 核心六聚体加尾信号使用频率 | 第84-85页 |
| 7.3.4 三类加尾信号频率统计 | 第85页 |
| 7.3.5 三类加尾信号附近RNA二级结构的预测及统计 | 第85-86页 |
| 7.3.6 tRNA和随机序列RNA二级结构的预测及统计 | 第86-87页 |
| 7.3.7 MS2对加尾的影响 | 第87-88页 |
| 7.3.8 候选目的基因RNA二级结构的预测 | 第88-92页 |
| 7.3.9 候选目的基因RNA二级结构对加尾的影响 | 第92-96页 |
| 7.4 讨论 | 第96-97页 |
| 7.5 小结 | 第97-98页 |
| 第八章 转录活性对加尾效率的调控作用 | 第98-108页 |
| 8.1 材料和方法 | 第98-100页 |
| 8.1.1 主要仪器设备 | 第98页 |
| 8.1.2 主要试剂和配制 | 第98页 |
| 8.1.3 质粒和菌株 | 第98页 |
| 8.1.4 细胞系 | 第98-99页 |
| 8.1.5 SV40启动子缺失载体构建 | 第99页 |
| 8.1.6 Tet-on系统载体构建 | 第99-100页 |
| 8.1.7 细胞转染 | 第100页 |
| 8.1.8 双荧光素酶活性检测 | 第100页 |
| 8.1.9 RNA提取 | 第100页 |
| 8.1.10 反转录及荧光定量PCR | 第100页 |
| 8.1.11 数据分析 | 第100页 |
| 8.2 结果 | 第100-106页 |
| 8.2.1 生物信息预测和体外试验差异 | 第100-101页 |
| 8.2.2 SV40启动子缺失对加尾的影响 | 第101-103页 |
| 8.2.3 Tet-on系统鉴定不同加尾信号 | 第103-104页 |
| 8.2.4 转录活性对不同加尾信号的影响 | 第104-106页 |
| 8.3 讨论 | 第106-107页 |
| 8.4 小结 | 第107-108页 |
| 结论 | 第108-109页 |
| 创新点 | 第109页 |
| 后续研究工作 | 第109-110页 |
| 参考文献 | 第110-122页 |
| 附录 | 第122-128页 |
| 致谢 | 第128-130页 |
| 作者简介 | 第130页 |
