| 摘要 | 第5-8页 |
| abstract | 第8-11页 |
| 第一章 引言 | 第15-29页 |
| 1.1 大麦的起源、分布及用途 | 第15-18页 |
| 1.1.1 大麦的起源 | 第15-17页 |
| 1.1.2 大麦的分布 | 第17页 |
| 1.1.3 大麦的用途 | 第17-18页 |
| 1.2 大麦遗传多样性研究进展 | 第18-21页 |
| 1.2.1 基于形态学的大麦遗传多样性的研究 | 第18页 |
| 1.2.2 基于生化标记的大麦遗传多样性的研究 | 第18-19页 |
| 1.2.3 基于分子标记的大麦遗传多样性的研究 | 第19-21页 |
| 1.2.4 基于高通量测序的大麦遗传多样性的研究 | 第21页 |
| 1.3 大麦基因组研究进展 | 第21-22页 |
| 1.4 全基因组重测序在植物起源、迁徙及驯化中的应用 | 第22-23页 |
| 1.5 植物MAPK级联途径的组成 | 第23-25页 |
| 1.5.1 植物中MAPK基因 | 第24页 |
| 1.5.2 植物中MAPKK基因 | 第24-25页 |
| 1.5.3 植物中MAPKKK基因 | 第25页 |
| 1.6 MAPK级联途径的功能 | 第25-27页 |
| 1.6.1 MAPK级联途径与植物在生物胁迫下的信号传递 | 第25-26页 |
| 1.6.2 MAPK级联途径与植物在非生物胁迫下的信号传递 | 第26页 |
| 1.6.3 MAPK级联途径与植物激素信号的传递 | 第26-27页 |
| 1.7 本研究的目的意义 | 第27-29页 |
| 第二章 利用ISJ和SSR分子标记研究大麦遗传多样性 | 第29-39页 |
| 2.1 材料与方法 | 第29-31页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第29-30页 |
| 2.1.2 材料培养与DNA提取 | 第30页 |
| 2.1.3 引物设计、PCR反应和电泳 | 第30-31页 |
| 2.1.4 数据分析 | 第31页 |
| 2.2 结果与分析 | 第31-37页 |
| 2.2.1 引物多态性分析 | 第31-33页 |
| 2.2.2 AMOVA分子方差检验分析 | 第33-34页 |
| 2.2.3 主成性分析 | 第34-35页 |
| 2.2.4 聚类分析 | 第35-36页 |
| 2.2.5 最优群体数的确定及群体结构分析 | 第36-37页 |
| 2.3 讨论 | 第37-39页 |
| 第三章 基于全基因组重测序的大麦遗传多样性、群体结构与人工选择效应分析 | 第39-59页 |
| 3.1 材料与方法 | 第39-42页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第39-40页 |
| 3.1.2 材料培养与DNA提取 | 第40页 |
| 3.1.3 建库测序 | 第40页 |
| 3.1.4 质控和SNPcalling | 第40-41页 |
| 3.1.5 变异注释 | 第41页 |
| 3.1.6 系统进化和群体遗传结构分析 | 第41-42页 |
| 3.1.7 连锁遗传不平衡与遗传多样性分析 | 第42页 |
| 3.1.8 重构种群动态 | 第42页 |
| 3.1.9 选择性消除分析 | 第42页 |
| 3.2 结果与分析 | 第42-57页 |
| 3.2.1 测序及SNPcalling | 第42-46页 |
| 3.2.2 系统进化关系与群体结构分析 | 第46-50页 |
| 3.2.3 大麦遗传多样性分析 | 第50-53页 |
| 3.2.4 重构种群历史动态 | 第53-54页 |
| 3.2.5 驯化相关基因分析 | 第54-57页 |
| 3.3 讨论 | 第57-59页 |
| 第四章 栽培和野生大麦的叶绿体比较基因组学分析 | 第59-74页 |
| 4.1 材料与方法 | 第59-62页 |
| 4.1.1 材料培养和叶绿体DNA提取 | 第59-60页 |
| 4.1.2 叶绿体DNA测序和基因组拼装 | 第60页 |
| 4.1.3 叶绿体基因组注释和比较基因组分析 | 第60-61页 |
| 4.1.4 变异检测、序列分歧以及基因组多样性分析 | 第61页 |
| 4.1.5 群体结构、主成性分析以及系统进化分析 | 第61页 |
| 4.1.6 地理距离与遗传距离之间关系 | 第61-62页 |
| 4.2 结果与分析 | 第62-72页 |
| 4.2.1 测序和叶绿体拼装 | 第62-63页 |
| 4.2.2 叶绿体比较基因组学分析 | 第63-66页 |
| 4.2.3 叶绿体基因组结构变异和遗传多样性评价 | 第66-69页 |
| 4.2.4 基于叶绿体基因组的主成性、群体结构和系统进化分析 | 第69-72页 |
| 4.3 讨论 | 第72-74页 |
| 第五章 栽培和野生大麦的群体转录组分析 | 第74-82页 |
| 5.1 材料与方法 | 第74-75页 |
| 5.1.1 样品准备和测序文库构建 | 第74页 |
| 5.1.2 转录组数据处理和表达量分析 | 第74-75页 |
| 5.1.3 差异表达基因的鉴定 | 第75页 |
| 5.1.4 变异检测和群体结构研究 | 第75页 |
| 5.1.5 GO富集分析 | 第75页 |
| 5.2 结果与分析 | 第75-80页 |
| 5.2.1 样品测序 | 第75-76页 |
| 5.2.2 变异检测分析 | 第76-77页 |
| 5.2.3 基于单核苷酸变异的聚类分析 | 第77-78页 |
| 5.2.4 基于表达量的聚类分析 | 第78-80页 |
| 5.2.5 差异基因GO富集 | 第80页 |
| 5.3 讨论 | 第80-82页 |
| 第六章 大麦MAPK级联途径基因家族的鉴定、表达谱和共表达网络分析 | 第82-99页 |
| 6.1 材料与方法 | 第82-84页 |
| 6.1.1 大麦中MAPK-MAPKK-MAPKKK基因家族成员的鉴定 | 第82-83页 |
| 6.1.2 多序列比对及系统进化分析 | 第83页 |
| 6.1.3 基因复制事件和分子选择压力分析 | 第83-84页 |
| 6.1.4 大麦MAPK级联途径基因家族成员表达特性分析及共表达网络构建 | 第84页 |
| 6.2 结果与分析 | 第84-97页 |
| 6.2.1 大麦MAPK级联途径基因家族成员的全基因组鉴定 | 第84-85页 |
| 6.2.2 亲缘关系、基因结构和基序分析 | 第85-89页 |
| 6.2.3 大麦基因组MAPK级联途径基因复制事件和模式物种间共线性分析 | 第89-91页 |
| 6.2.4 麦MAPK级联途径基因家族成员表达谱的分析 | 第91-94页 |
| 6.2.5 大麦MAPK级联途径基因的共表达网络构建 | 第94-97页 |
| 6.3 讨论 | 第97-99页 |
| 第七章 全文结论 | 第99-101页 |
| 附录 | 第101-149页 |
| 参考文献 | 第149-159页 |
| 缩略词 | 第159-160页 |
| 致谢 | 第160-161页 |
| 作者简介 | 第161页 |
