| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 第一章 绪论 | 第12-26页 |
| 1.1 系统生物学简介 | 第12页 |
| 1.2 新药研发的流程 | 第12-15页 |
| 1.3 药物重定位研究的目的和意义 | 第15-16页 |
| 1.4 国内外研究概况 | 第16-23页 |
| 1.5 论文的主要研究内容 | 第23-26页 |
| 第二章 基于蛋白结构域的药靶预测 | 第26-48页 |
| 2.1 背景介绍 | 第26-30页 |
| 2.2 数据与方法 | 第30-36页 |
| 2.2.1 数据来源与处理 | 第30-32页 |
| 2.2.2 特异性结构域的识别 | 第32-33页 |
| 2.2.3 靶蛋白预测模型的构建 | 第33页 |
| 2.2.4 方法比较 | 第33-36页 |
| 2.3 药物-结构域作用关系识别 | 第36-42页 |
| 2.4 药物-靶蛋白作用预测 | 第42-45页 |
| 2.5 结果与讨论 | 第45-48页 |
| 第三章 基于疾病分子通路的乳腺癌药物重定位 | 第48-64页 |
| 3.1 背景介绍 | 第48-50页 |
| 3.2 数据与方法 | 第50-56页 |
| 3.2.1 数据来源与处理 | 第50-52页 |
| 3.2.2 乳腺癌相关通路的识别 | 第52-55页 |
| 3.2.3 治疗乳腺癌的小分子药物识别 | 第55-56页 |
| 3.3 基于信号通路的乳腺癌药物识别 | 第56-63页 |
| 3.4 讨论与总结 | 第63-64页 |
| 第四章 基于调控网络的马兜铃酸致病相关基因识别 | 第64-80页 |
| 4.1 背景介绍 | 第64-67页 |
| 4.2 数据与方法 | 第67-69页 |
| 4.2.1 表达数据的处理 | 第67-68页 |
| 4.2.2 差异表达基因、miRNA及蛋白的筛选 | 第68页 |
| 4.2.3 模块的识别 | 第68-69页 |
| 4.2.4 转录因子与miRNA共同调控网络的构建 | 第69页 |
| 4.3 马兜铃酸致病机制相关调控网络 | 第69-78页 |
| 4.3.1 miRNA调控网络 | 第69-74页 |
| 4.3.2 基因调控网络 | 第74-77页 |
| 4.3.3 共调控网络 | 第77-78页 |
| 4.4 讨论与总结 | 第78-80页 |
| 第五章 总结和展望 | 第80-84页 |
| 5.1 总结 | 第80-81页 |
| 5.2 展望 | 第81-84页 |
| 参考文献 | 第84-94页 |
| 作者在攻读博士学位期间公开发表的论文 | 第94-96页 |
| 致谢 | 第96页 |