| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第一部分 肺炎链球菌自溶素LytA的结构和功能研究 | 第10-80页 |
| 第一章 LytA研究背景 | 第10-42页 |
| 1.1 引言 | 第10-16页 |
| 1.1.1 肺炎链球菌 | 第10-11页 |
| 1.1.2 肺炎链球菌的主要毒力因子 | 第11-14页 |
| 1.1.3 肺炎链球菌疫苗的发展历史和局限性 | 第14-16页 |
| 1.2 肽聚糖和肽聚糖水解酶 | 第16-27页 |
| 1.2.1 肽聚糖概述 | 第16-18页 |
| 1.2.2 肽聚糖合成、水解和循环利用 | 第18-20页 |
| 1.2.3 肽聚糖水解酶概述 | 第20-22页 |
| 1.2.4 酰胺酶概述 | 第22-25页 |
| 1.2.5 肽聚糖水解酶是潜在的疫苗和药物靶标 | 第25-27页 |
| 1.3 肺炎链球菌酰胺酶LytA | 第27-42页 |
| 1.3.1 肺炎链球菌肽聚糖 | 第27-29页 |
| 1.3.2 肺炎链球菌肽聚糖水解酶 | 第29-35页 |
| 1.3.3 肺炎链球菌酰胺酶LytA的研究进展 | 第35-42页 |
| 第二章 实验材料和方法 | 第42-50页 |
| 2.1 实验材料 | 第42-43页 |
| 2.1.1 菌株和质粒 | 第42页 |
| 2.1.2 相关试剂 | 第42-43页 |
| 2.2 实验方法 | 第43-50页 |
| 2.2.1 LytA重组质粒构建,表达和纯化 | 第43-44页 |
| 2.2.2 LytA晶体初筛和优化 | 第44页 |
| 2.2.3 衍射数据收集和处理、结构解析和精修(此部分由成望完成) | 第44-45页 |
| 2.2.4 其他版本LytA构建、表达和纯化 | 第45页 |
| 2.2.5 分子对接(此部分由成望完成) | 第45-46页 |
| 2.2.6 肺炎链球菌细胞壁纯化 | 第46-47页 |
| 2.2.7 细胞壁水解实验 | 第47页 |
| 2.2.8 浊度实验 | 第47-48页 |
| 2.2.9 圆二色谱检测二级结构 | 第48页 |
| 2.2.10 胞壁肽NAM-Pep5水解实验 | 第48页 |
| 2.2.11 小角X射线散射(SAXS)数据收集和处理(此部分由北京高能物理所的王文佳协助完成) | 第48-50页 |
| 第三章 实验结果 | 第50-70页 |
| 3.1 LytA重组蛋白的表达和纯化 | 第50-51页 |
| 3.2 LytA和硒代LytA晶体初筛和优化 | 第51-53页 |
| 3.3 LytA结构解析和结构精修 | 第53-55页 |
| 3.4 LytA的结构和分析 | 第55-61页 |
| 3.4.1 全长LytA的整体结构 | 第55-57页 |
| 3.4.2 酰胺酶结构域 | 第57-59页 |
| 3.4.3 胆碱结合结构域 | 第59-60页 |
| 3.4.4 结构域间的linker | 第60-61页 |
| 3.5 二聚化和CBSs被胆碱分子完全占据对LytA的体内自溶活性是必不可少的 | 第61-63页 |
| 3.6 LytA的底物结合模式 | 第63-70页 |
| 3.6.1 LytA水解胞壁肽NAM-Pep5 | 第63-65页 |
| 3.6.2 LytA与底物NAM-Pep5的分子对接模型 | 第65-67页 |
| 3.6.3 LytA结合的可能生理底物 | 第67-70页 |
| 第四章 实验结果讨论 | 第70-78页 |
| 4.1 LytA的结构域组成在革兰氏阳性菌中普遍存在 | 第70-71页 |
| 4.2 不同形状的底物结合沟槽对酰胺酶结合底物的暗示 | 第71-72页 |
| 4.3 LytA可能的活性调控机制和step-by-step walking机制 | 第72-76页 |
| 4.4 LytA是可能的药物和疫苗靶标 | 第76-78页 |
| 第五章 小结 | 第78-80页 |
| 第二部分 肺炎链球菌肽聚糖水解酶CbpD的结构和功能研究及肽聚糖水解酶基因敲除株的生理研究 | 第80-96页 |
| 第六章 研究背景 | 第80-86页 |
| 6.1 肽聚糖水解酶CbpD研究背景 | 第80-83页 |
| 6.2 不同水解酶基因敲除株研究背景 | 第83-86页 |
| 第七章 实验材料和方法 | 第86-88页 |
| 7.1 CbpD克隆、表达、纯化和晶体初筛 | 第86-87页 |
| 7.2 肽聚糖水解酶敲除株构建 | 第87页 |
| 7.3 肺炎链球菌与人肺癌A549细胞的粘附实验 | 第87-88页 |
| 第八章 CbpD实验结果和讨论 | 第88-92页 |
| 8.1 CbpD生物信息学分析 | 第88-89页 |
| 8.2 CbpD表达、纯化摸索和晶体初筛 | 第89-90页 |
| 8.3 CbpD功能研究 | 第90-91页 |
| 8.4 小结 | 第91-92页 |
| 第九章 肽聚糖水解酶基因敲除株的生理研究 | 第92-96页 |
| 9.1 肽聚糖水解酶基因敲除株构建 | 第92页 |
| 9.2 LytA和LytC倾向于水解初生肽聚糖 | 第92-94页 |
| 9.3 几种肺炎链球菌菌株对人肺癌A549细胞的粘附能力 | 第94-95页 |
| 9.4 小结 | 第95-96页 |
| 参考文献 | 第96-108页 |
| 附录 | 第108-122页 |
| 致谢 | 第122-124页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文与参加的学术会议 | 第124页 |
