| Abstract | 第4-5页 |
| Abbreviation | 第6-10页 |
| Chapter 1: Background of phosphorylation | 第10-15页 |
| 1. Phosphorylation in living things | 第10-13页 |
| 2. Phosphorylation in Bombyx mori and BmNPV | 第13-14页 |
| 3. Phosphorylation in BmNPV 39K | 第14-15页 |
| Chapter 2: Research Program | 第15-19页 |
| 1. Purpose and significance | 第15-16页 |
| 2. Research method | 第16-17页 |
| 3. Workflow design | 第17-19页 |
| Chapter 3: Global analysis of phosphoproteome pattern of silkworm cells after BmNPV infection | 第19-42页 |
| 1. Materials and reagents | 第19页 |
| 2. Method | 第19-24页 |
| 2.1 Cell culture and viral infection | 第19页 |
| 2.2 Sample preparation | 第19-21页 |
| 2.2.1 Protein extraction | 第19-20页 |
| 2.2.2 Trypsin digestion | 第20页 |
| 2.2.3 TMT labeling | 第20-21页 |
| 2.2.4 HPLC fractionation | 第21页 |
| 2.2.5 Affinity enrichment | 第21页 |
| 2.3 Quantitative proteomic analysis by LC-MS/MS | 第21-23页 |
| 2.3.1 LC-MS/MS analysis | 第21-22页 |
| 2.3.2 MS/MS data analysis | 第22-23页 |
| 2.4 Bioinformatics analysis | 第23-24页 |
| 2.4.1 GO annotation | 第23页 |
| 2.4.2 KEGG pathway annotation | 第23页 |
| 2.4.3 Functional enrichment analysis | 第23-24页 |
| 2.4.4 Subcellular localization and Motif analysis | 第24页 |
| 3. Results | 第24-34页 |
| 3.1 Quantification of phosphoproteome | 第24-29页 |
| 3.2 Bioinformatics analysis | 第29-34页 |
| 4. Discussion | 第34-40页 |
| 4.1 Phosphorylation may have a pivotal function on the regulation of binding activity | 第34-36页 |
| 4.2 Phosphorylation may represent an obligatory regulation in protein synthesis | 第36-37页 |
| 4.3 Phosphorylation may be responsible for viral replication during infection | 第37-38页 |
| 4.4 Phosphorylation may regulate anti-apoptotic cells through the kinases activity after BmNPVinfection | 第38-39页 |
| 4.5 The phosphorylation of BmNPV protein | 第39-40页 |
| 5. Conclusion | 第40-42页 |
| Chapter 4: The functional investigation of BmNPV 39K phosphorylation | 第42-83页 |
| 1. Bioinformatics analysis of 39K | 第42-47页 |
| 1.1 Tools | 第42页 |
| 1.2 Methods | 第42页 |
| 1.2.1 Analysis of BmNPV 39K gene; gene source, ORF, translation, and GC content | 第42页 |
| 1.2.2 Analysis of 39K physical features, structure and potential functions | 第42页 |
| 1.3 Results and discussion | 第42-47页 |
| 1.3.1 Analysis of BmNPV 39K gene; gene source, ORF, translation, and GC content | 第42-44页 |
| 1.3.2 Analysis of 39K physical features, structure and potential functions | 第44-47页 |
| 2. Generation of mutant strain | 第47-69页 |
| 2.1 Materials and reagents | 第47页 |
| 2.2 Methods | 第47-61页 |
| 2.2.1 Point mutation | 第47-54页 |
| 2.2.1.1 Primer design | 第47-48页 |
| 2.2.1.2 Amplification and extraction of pFastBac from TG1 cells | 第48-49页 |
| 2.2.1.3 Amplification and extraction of wt Bacmid from DH10Bac cells | 第49-50页 |
| 2.2.1.4 Production of 39K wildtype and mutant fragment by PCR | 第50-52页 |
| 2.2.1.5 Double enzyme digestion | 第52-53页 |
| 2.2.1.6 Digested products linkage | 第53-54页 |
| 2.2.2 Transformation of linkage products into DH5α competent cells | 第54-55页 |
| 2.2.2.1 DH5α competent cells preparation | 第54页 |
| 2.2.2.2 Transformation | 第54-55页 |
| 2.2.2.3 Identification | 第55页 |
| 2.2.3 Lambda red-mediated 39K-knockout Bacmid construction | 第55-58页 |
| 2.2.3.1 DH10Bac cells containing pKD46 plasmid preparation | 第55-56页 |
| 2.2.3.2 Primers design | 第56页 |
| 2.2.3.3 PCR production | 第56页 |
| 2.2.3.4 L-Arabinose DH10Bac pKD46 competent cells | 第56-57页 |
| 2.2.3.5 39K cat gene Transformation | 第57页 |
| 2.2.3.6 PCR identification | 第57-58页 |
| 2.2.4 Repaired Bacmid construction | 第58-61页 |
| 2.3 Results | 第61-69页 |
| 2.3.1 Point mutation of 39K | 第61-65页 |
| 2.3.2 Lambda red-mediated 39K-knockout construction | 第65-66页 |
| 2.3.3 Repaired bacmid construction | 第66-69页 |
| 3. The investigation of point mutation effect at S136 phosphosite of BmNPV 39K | 第69-80页 |
| 3.1 Material and reagents | 第69页 |
| 3.2 Methods | 第69-76页 |
| 3.2.1 The transcriptional level of BmNPV 39K | 第69-72页 |
| 3.2.1.1 The BmNPV infection to BmN cells | 第69页 |
| 3.2.1.2 The extraction of total RNA | 第69页 |
| 3.2.1.3 The production of cDNA | 第69-70页 |
| 3.2.1.4 The transcriptional level of BmNPV 39K analysis by PCR | 第70-71页 |
| 3.2.1.5 The transcriptional level of BmNPV 39K analysis by qPCR | 第71-72页 |
| 3.2.2 The effect of point mutation at S136 phosphosite of BmNPV 39K on the viral DNAreplication | 第72-75页 |
| 3.2.2.1 Bacmids transfection | 第72页 |
| 3.2.2.2 The extraction of viral DNA | 第72-73页 |
| 3.2.2.3 The determination of standard curve by qPCR | 第73-74页 |
| 3.2.2.4 The analysis of BmNPV 39K phosphorylation on the viral replication by qPCR | 第74-75页 |
| 3.2.3 The effect of point mutation at S136 phosphosite of BmNPV 39K on the the viral genetranscription at different phases | 第75-76页 |
| 3.2.3.1 Bacmids transfection | 第75页 |
| 3.2.3.2 The extraction of total RNA | 第75页 |
| 3.2.3.3 The production cDNA | 第75页 |
| 3.2.3.4 The analysis of BmNPV 39K phosphorylation on the viral gene transcription at differentphase by qPCR | 第75-76页 |
| 3.3 Results | 第76-80页 |
| 3.3.1 Analysis of the transcriptional level of Bm NPV 39K | 第76-77页 |
| 3.3.2 Analysis of viral DNA replication | 第77-78页 |
| 3.3.3 Analysis of the viral gene transcription at different phases | 第78-80页 |
| 4. Discussion | 第80-82页 |
| 5. Conclusion | 第82-83页 |
| References | 第83-92页 |
| Acknowledgement | 第92页 |
