| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 引用术语缩写说明 | 第9-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-24页 |
| 1.1 研究背景 | 第13-14页 |
| 1.2 巴马香猪 | 第14-15页 |
| 1.2.1 种质特性 | 第14-15页 |
| 1.2.2 种质价值 | 第15页 |
| 1.3 猪肉品质 | 第15-17页 |
| 1.3.1 猪肉品质的评价指标 | 第15-17页 |
| 1.3.2 影响猪肉品质的营养因素 | 第17页 |
| 1.4 脂肪代谢 | 第17-19页 |
| 1.4.1 脂肪的组成 | 第18页 |
| 1.4.2 肝脏脂肪代谢 | 第18页 |
| 1.4.3 影响脂肪代谢的因素 | 第18-19页 |
| 1.5 高通量测序与转录组学 | 第19-21页 |
| 1.5.1 高通量测序技术及其应用 | 第20页 |
| 1.5.2 转录组学研究 | 第20-21页 |
| 1.6 基因注释与功能分类 | 第21-22页 |
| 1.6.1 GO数据库 | 第21页 |
| 1.6.2 KEGG数据库 | 第21-22页 |
| 1.7 目的及意义 | 第22-24页 |
| 1.7.1 研究内容 | 第22-23页 |
| 1.7.2 研究技术路线 | 第23页 |
| 1.7.3 研究的目的及意义 | 第23-24页 |
| 第二章 材料和方法 | 第24-31页 |
| 2.1 试验用仪器、试剂及耗材 | 第24-25页 |
| 2.2 动物饲养和样品采集 | 第25-26页 |
| 2.2.1 试验动物和试验日粮 | 第25-26页 |
| 2.2.2 样品采集 | 第26页 |
| 2.3 肉质测定 | 第26-27页 |
| 2.3.1 背膘厚度 | 第26页 |
| 2.3.2 pH值 | 第26-27页 |
| 2.3.3 肉色 | 第27页 |
| 2.3.4 系水力 | 第27页 |
| 2.3.5 剪切力 | 第27页 |
| 2.4 肝脏和肌肉甘油三酯的测定 | 第27-28页 |
| 2.4.1 组织匀浆液的获得 | 第27页 |
| 2.4.2 甘油三酯含量的测定 | 第27页 |
| 2.4.3 总蛋白含量的测定 | 第27-28页 |
| 2.5 高通量测序 | 第28-29页 |
| 2.5.1 RNA质量的检测 | 第28页 |
| 2.5.2 转录组测序文库的制备 | 第28页 |
| 2.5.3 聚类和测序 | 第28-29页 |
| 2.6 高通量测序的数据分析 | 第29-30页 |
| 2.6.1 质量控制 | 第29页 |
| 2.6.2 将Reads映射到参考基因组中 | 第29页 |
| 2.6.3 基因表达水平的定量分析 | 第29-30页 |
| 2.6.4 差异表达分析 | 第30页 |
| 2.6.5 差异基因的GO和KEGG富集分析 | 第30页 |
| 2.7 统计分析 | 第30-31页 |
| 第三章 实验结果与分析 | 第31-56页 |
| 3.1 高糖高脂饲喂条件下巴马香猪的生理指标 | 第31-33页 |
| 3.1.1 高糖高脂饲喂条件下猪的肉质性状 | 第31页 |
| 3.1.2 高糖高脂饲喂条件下猪的血清生化指标 | 第31-32页 |
| 3.1.3 高糖高脂饲喂条件下猪肝脏和肌肉中甘油三酯的相对含量 | 第32-33页 |
| 3.2 高通量测序 | 第33-39页 |
| 3.2.1 RNA样品质量检测结果 | 第33-34页 |
| 3.2.2 样品碱基测序错误率检查 | 第34-35页 |
| 3.2.3 样品原始测序数据组成 | 第35-36页 |
| 3.2.4 Reads与参考基因组比对情况统计 | 第36页 |
| 3.2.5 Reads在参考基因组不同区域的分布情况 | 第36-37页 |
| 3.2.6 Reads在染色体上的密度分布 | 第37-38页 |
| 3.2.7 RNA-Seq相关性检查 | 第38-39页 |
| 3.3 差异基因分析 | 第39-49页 |
| 3.3.1 差异表达基因的筛选 | 第39-40页 |
| 3.3.2 差异基因聚类分析 | 第40-41页 |
| 3.3.3 GO富集分析 | 第41-43页 |
| 3.3.4 KEGG信号通路富集分析 | 第43-46页 |
| 3.3.5 信号通路分析 | 第46-49页 |
| 3.4 可变剪切分析 | 第49-51页 |
| 3.4.1 可变剪切的发生统计 | 第49页 |
| 3.4.2 可变剪切的结构和表达量 | 第49-51页 |
| 3.5 SNP和InDel分析 | 第51-52页 |
| 3.5.1 SNP分析 | 第51-52页 |
| 3.5.2 InDel分析 | 第52页 |
| 3.6 新转录本预测分析 | 第52-56页 |
| 3.6.1 新基因的发现 | 第52-53页 |
| 3.6.2 已知基因新的外显子的发现 | 第53-54页 |
| 3.6.3 已知基因的起始和终止位置的优化 | 第54-56页 |
| 第四章 讨论 | 第56-61页 |
| 4.1 脂肪代谢与肉品质 | 第56-57页 |
| 4.1.1 高脂高糖饲喂条件下对猪脂肪代谢的影响 | 第56页 |
| 4.1.2 高脂高糖饲喂条件下对猪肉品质的影响 | 第56-57页 |
| 4.2 差异基因与脂肪代谢 | 第57-60页 |
| 4.2.1 差异表达基因分析 | 第57页 |
| 4.2.2 GO富集分析 | 第57-58页 |
| 4.2.3 KEGG富集分析 | 第58-60页 |
| 4.3 可变剪切、SNPs和InDel | 第60-61页 |
| 第五章 实验结论 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-65页 |
| 致谢 | 第65-67页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学士论文 | 第67页 |