| 摘要 | 第12-14页 |
| abstract | 第14-16页 |
| 缩略词表 | 第17-19页 |
| 1 前言 | 第19-32页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第19-20页 |
| 1.2 文献综述 | 第20-31页 |
| 1.2.1 猪抗病育种候选基因的研究进展 | 第20-24页 |
| 1.2.1.1 大肠杆菌K88受体基因MUC13 | 第20-21页 |
| 1.2.1.2 大肠杆菌F18受体基因FUT1 | 第21-22页 |
| 1.2.1.3 Mx蛋白 | 第22页 |
| 1.2.1.4 主要组织相容性复合体基因家族 | 第22页 |
| 1.2.1.5 Toll样受体 | 第22-23页 |
| 1.2.1.6 干扰素基因 | 第23页 |
| 1.2.1.7 天然抗性相关巨噬蛋白基因 1 | 第23-24页 |
| 1.2.2 常见畜禽免疫性状全基因关联分析研究进展 | 第24-26页 |
| 1.2.3 猪免疫和抗病性相关QTL | 第26-27页 |
| 1.2.4 猪免疫相关性状GWAS研究进展与不足 | 第27-30页 |
| 1.2.4.1 猪免疫相关性状的分类 | 第27-28页 |
| 1.2.4.2 猪免疫相关性状GWAS研究进展与不足 | 第28-30页 |
| 1.2.4.3 猪抗病育种研究的必要性 | 第30页 |
| 1.2.5 本研究中涉及的重要候选基因的研究进展 | 第30-31页 |
| 1.3 本研究的目的与意义 | 第31-32页 |
| 2 材料与方法 | 第32-54页 |
| 2.1 材料 | 第32-37页 |
| 2.1.1 实验动物 | 第32-33页 |
| 2.1.1.1 资源家系 | 第32页 |
| 2.1.1.2 不同猪种资源群体 | 第32-33页 |
| 2.1.2 实验样品 | 第33页 |
| 2.1.3 所用载体 | 第33-34页 |
| 2.1.4 主要试剂与试剂盒 | 第34-35页 |
| 2.1.4.1 核酸提取及琼脂糖凝胶电泳主要试剂 | 第34页 |
| 2.1.4.2 其他主要试剂 | 第34-35页 |
| 2.1.5 常用试剂及配制 | 第35-36页 |
| 2.1.6 主要仪器和设备 | 第36页 |
| 2.1.7 主要用到的软件、网站和数据库 | 第36-37页 |
| 2.2 方法 | 第37-54页 |
| 2.2.1 本研究的技术路线 | 第37-38页 |
| 2.2.2 试验材料的采集 | 第38页 |
| 2.2.2.1 组织样 | 第38页 |
| 2.2.2.2 血液 | 第38页 |
| 2.2.3 免疫相关表型的测定及预处理 | 第38-39页 |
| 2.2.3.1 血液五分类的测定 | 第38页 |
| 2.2.3.2 血液T淋巴细胞亚群的测定 | 第38-39页 |
| 2.2.3.3 血清中细胞因子、免疫球蛋白G、抗体水平的测定 | 第39页 |
| 2.2.3.4 体重、体温性状的测定 | 第39页 |
| 2.2.3.5 表型数据的预处理 | 第39页 |
| 2.2.4 基因组DNA的提取 | 第39-41页 |
| 2.2.4.1 猪基因组DNA的提取 | 第39-41页 |
| 2.2.4.2 猪基因组DNA的浓度测定和质量检测 | 第41页 |
| 2.2.5 猪血液或组织样总RNA的提取及cDNA的合成 | 第41-43页 |
| 2.2.5.1 猪血液或组织样总RNA的提取 | 第41-42页 |
| 2.2.5.2 猪血液或组织样RNA的浓度测定和质量检测 | 第42页 |
| 2.2.5.3 猪总RNA的反转录，即cDNA的合成 | 第42-43页 |
| 2.2.6 猪全基因组 60K SNP芯片的分型 | 第43-45页 |
| 2.2.7 基因分型结果初步质控 | 第45页 |
| 2.2.8 资源家系的血缘鉴定 | 第45-46页 |
| 2.2.9 全基因组关联分析 | 第46-47页 |
| 2.2.9.1 群体分层评估 | 第46页 |
| 2.2.9.2 单标记全基因组关联分析 | 第46-47页 |
| 2.2.9.3 连锁不平衡－连锁平衡（单倍型）分析 | 第47页 |
| 2.2.10 性状表型值的遗传力估计 | 第47页 |
| 2.2.11 置信区间内候选基因的鉴定 | 第47页 |
| 2.2.12 候选基因的定量表达分析 | 第47-50页 |
| 2.2.12.1 定量（组织表达谱）引物的设计 | 第47-49页 |
| 2.2.12.2 实时定量PCR | 第49-50页 |
| 2.2.13 猪CD4基因的序列克隆、测序分析 | 第50-53页 |
| 2.2.13.1 猪CD4基因全长RT-PCR | 第50页 |
| 2.2.13.2 猪CD4基因高变区的序列克隆 | 第50页 |
| 2.2.13.3 普通PCR反应 | 第50-51页 |
| 2.2.13.4 琼脂糖凝胶电泳和成像 | 第51页 |
| 2.2.13.5 PCR产物的胶回收和克隆测序 | 第51-52页 |
| 2.2.13.6 测序结果的比对及多态性位点的筛选 | 第52页 |
| 2.2.13.7 猪CD4基因高变区分型实验 | 第52-53页 |
| 2.2.14 CD4基因高变区进化树的构建 | 第53页 |
| 2.2.15 GO分析与通路分析 | 第53-54页 |
| 3 结果与分析 | 第54-98页 |
| 3.1 猪基因组DNA与RNA的提取与质量检测 | 第54-56页 |
| 3.2 资源群体免疫相关性状描述性统计结果 | 第56-57页 |
| 3.3 质控后的SNP分布 | 第57-58页 |
| 3.4 资源家系亲缘关系的校正 | 第58-64页 |
| 3.5 全基因组关联分析结果 | 第64-78页 |
| 3.5.1 单标记全基因组关联分析结果 | 第64-73页 |
| 3.5.2 单倍型全基因组关联分析结果 | 第73-78页 |
| 3.6 猪免疫相关性状的遗传力估计 | 第78-79页 |
| 3.7 与CD_3~+CD_4~+/CD_3~+CD_4~-T淋巴细胞亚群相关候选基因实验结果 | 第79-87页 |
| 3.8 CD4高变区在不同种群中的进化分析 | 第87-90页 |
| 3.9 CD4高变区两种主要单倍型在中外、家野猪中的分布 | 第90-95页 |
| 3.10 与CD_8~+/CD_8~-T%20淋巴细胞亚群相关的候选基因定量PCR结果 | 第95页 |
| 3.11 与CD_3~-CD_8~-T%33淋巴细胞亚群相关的候选基因定量PCR结果 | 第95-96页 |
| 3.12 GO分析与KEGG通路分析 | 第96-98页 |
| 4 讨论 | 第98-105页 |
| 4.1 关于提取高质量猪基因组DNA的讨论 | 第98-99页 |
| 4.2 关于系谱记录、表型测定、DNA提取和SNP分型系列过程的讨论 | 第99-100页 |
| 4.3 关于全基因组关联分析的讨论 | 第100-103页 |
| 4.3.1 关于不同的统计方法得出的结果的比较 | 第100-101页 |
| 4.3.2 关于全基因组关联分析的结果 | 第101-102页 |
| 4.3.3 与前期GWAS结果的比较 | 第102-103页 |
| 4.4 关于CD4基因两种单倍型在不同种群中分布及实际生产中的应用 | 第103-104页 |
| 4.5 关于可能影响CD_8~+T细胞亚群增殖的讨论 | 第104-105页 |
| 5 小结 | 第105-107页 |
| 5.1 主要研究结果与结论 | 第105页 |
| 5.2 本研究的创新点与特色 | 第105-106页 |
| 5.3 本研究的不足之处与值得进一步研究的问题 | 第106-107页 |
| 参考文献 | 第107-115页 |
| 在读期间其他工作 | 第115-131页 |
| 附录 | 第131-136页 |
| 攻读学位期间撰写论文题录 | 第136-137页 |
| 致谢 | 第137-138页 |
