| 摘要 | 第9-11页 |
| ABSTRACT | 第11-12页 |
| 缩略语表 | 第13-14页 |
| 1 前言 | 第14-25页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第14页 |
| 1.2 文献综述 | 第14-23页 |
| 1.2.1 NATs简述 | 第14-16页 |
| 1.2.2 NATs调控基因表达机制研究进展 | 第16-19页 |
| 1.2.3 cis-NATs是肌肉生长发育的重要调控因子 | 第19-20页 |
| 1.2.4 猪骨骼肌生长发育过程 | 第20页 |
| 1.2.5 猪cis-NATs研究进展 | 第20-21页 |
| 1.2.7 转录因子调控cis-NATs表达研究进展 | 第21-22页 |
| 1.2.6 转录因子MyoD对骨骼肌生长发育调控研究进展简述 | 第22页 |
| 1.2.8 ChIP-seq及链特异RNA-seq简介 | 第22-23页 |
| 1.3 本研究的目的意义 | 第23-25页 |
| 1.3.1 主要目的 | 第23-24页 |
| 1.3.2 本研究的意义 | 第24-25页 |
| 2 材料与方法 | 第25-45页 |
| 2.1 技术路线 | 第25-26页 |
| 2.2 实验材料 | 第26-28页 |
| 2.2.1 NCBI数据库数据下载地址及序列号 | 第26-27页 |
| 2.2.2 C2C12细胞系培养 | 第27页 |
| 2.2.3 主要试剂 | 第27页 |
| 2.2.4 实验仪器 | 第27-28页 |
| 2.2.5 主要使用的软件、平台和数据库 | 第28页 |
| 2.3 实验方法 | 第28-36页 |
| 2.3.1 猪骨骼肌组织样品采集及总RNA提取 | 第28-29页 |
| 2.3.2 组织总RNA反转录 | 第29-30页 |
| 2.3.3 组织DNA提取 | 第30-31页 |
| 2.3.4 细胞收集及总RNA提取 | 第31-32页 |
| 2.3.5 细胞总RNA提取及完整性检测 | 第32-33页 |
| 2.3.6 高通量测序 | 第33页 |
| 2.3.7 PCR引物设计 | 第33-35页 |
| 2.3.8 PCR反应条件及数据分析 | 第35-36页 |
| 2.4 高通量数据分析 | 第36-45页 |
| 2.4.1 测序数据质控 | 第36页 |
| 2.4.2 测序数据比对及注释 | 第36页 |
| 2.4.3 全基因组范围内鉴定SA基因 | 第36-37页 |
| 2.4.4 全基因组范围内cis-NATs鉴定 | 第37-41页 |
| 2.4.5 转录本表达量计算 | 第41页 |
| 2.4.6 cis-NATs及其正义基因间相关表达分析 | 第41页 |
| 2.4.7 cis-NATs及其正义基因剪接体间表达相关分析 | 第41-42页 |
| 2.4.8 差异表达分析 | 第42页 |
| 2.4.9 功能注释分析 | 第42页 |
| 2.4.10 通路及测序数据可视化分析 | 第42-43页 |
| 2.4.11 ChIP-seq数据结合峰分析及motif分析 | 第43-44页 |
| 2.4.12 ChIP-seq数据结合峰注释 | 第44页 |
| 2.4.13 ChIP-seq RNA-seq数据联合分析 | 第44-45页 |
| 3 结果 | 第45-89页 |
| 3.1 细胞总RNA质控结果 | 第45-47页 |
| 3.1.1 RNA完整性检测结果 | 第45-47页 |
| 3.1.2 RNA浓度检测结果 | 第47页 |
| 3.2 测序数据预处理 | 第47-54页 |
| 3.2.1 测序数据质控 | 第47-49页 |
| 3.2.2 测序数据比对结果 | 第49-52页 |
| 3.2.3 比对结果注释 | 第52-54页 |
| 3.3 猪全基因组范围内cis-NATs分析结果 | 第54-57页 |
| 3.3.1 鉴定出3561个SA基因 | 第54-55页 |
| 3.3.2 鉴定出3306个cis-NATs转录区域 | 第55-57页 |
| 3.4 多手段验证猪cis-NATs | 第57-59页 |
| 3.5 猪cis-NATs表达模式分析及验证 | 第59-73页 |
| 3.5.1 cis-NATs主要在胚胎期表达 | 第59-62页 |
| 3.5.2 cis-NATs主要与其正义转录基因共表达 | 第62-65页 |
| 3.5.3 cis-NATs影响其正义转录基因的可变剪切 | 第65-70页 |
| 3.5.4 qPCR验证共表达关系 | 第70页 |
| 3.5.5 超过1200个cis-NATs在肌肉发育过程中差异表达 | 第70-72页 |
| 3.5.6 qPCR验证差异表达分析结果 | 第72-73页 |
| 3.6 猪cis-NATs功能预测 | 第73-82页 |
| 3.6.1 KEGG通路富集分析结果 | 第73-75页 |
| 3.6.2 GeneOntology功能注释结果 | 第75页 |
| 3.6.3 能量代谢通路可视化分析 | 第75-82页 |
| 3.7 C2C12细胞系测序结果分析 | 第82-85页 |
| 3.7.1 C2C12 RNA-seq数据分析 | 第82-83页 |
| 3.7.2 MyoD ChIP-seq结合峰鉴定结果 | 第83-84页 |
| 3.7.3 MyoD结合峰注释结果 | 第84-85页 |
| 3.7.4 MyoD结合motif分析结果 | 第85页 |
| 3.8 MyoD对cis-NATs表达调控初步分析 | 第85-86页 |
| 3.8.1 C2C12 RNA-seq及ChIP-seq数据联合分析结果 | 第85-86页 |
| 3.9 骨骼肌生长发育过程中MYOD对cis-NATs表达调控初步分析 | 第86-89页 |
| 4 讨论 | 第89-94页 |
| 4.1 cis-NATs在骨骼肌生长发育中的作用 | 第89-91页 |
| 4.1.1 cis-NATs广泛存在于猪骨骼肌生长发育过程中 | 第89页 |
| 4.1.2 cis-NATs表达模式 | 第89-90页 |
| 4.1.3 共表达正义反义转录基因对主要富集在能量代谢相关通路中 | 第90-91页 |
| 4.1.4 共表达正义反义转录基因对与肌纤维类型 | 第91页 |
| 4.2 骨骼肌细胞中Myo D在全基因组范围内广泛结合 | 第91-92页 |
| 4.3 MYOD对反义转录基因的调控 | 第92-94页 |
| 4.3.1 C2C12细胞系中cis-NATs潜在受到Myo D调控 | 第92-93页 |
| 4.3.2 猪骨骼肌生长发育过程中cis-NATs与MYOD | 第93-94页 |
| 5 小结 | 第94-96页 |
| 5.1 本研究的主要结论 | 第94页 |
| 5.2 本研究的创新点与特色 | 第94-95页 |
| 5.3 本研究不足之处与下一步工作建议 | 第95-96页 |
| 在读期间的其他研究或实践工作 | 第96-97页 |
| 参考文献 | 第97-106页 |
| 附录 | 第106-139页 |
| 附录A 补充数据 | 第106-124页 |
| 附录A.1 NCBI参考基因组数据验证cis-NATs鉴定结果 | 第106-113页 |
| 附录A.2 GeneOntology统计结果 | 第113-120页 |
| 附录A.3 能量代谢相关通路可视化分析结果 | 第120-124页 |
| 附录B 相关程序核心代码 | 第124-139页 |
| 附录B.1 Reads注释perl语言脚本核心代码 | 第124-135页 |
| 附录B.2 ChIP-seq注释perl语言核心代码 | 第135-139页 |
| 致谢 | 第139-141页 |
| 个人简历 | 第141-143页 |
