| 中文摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 目录 | 第9-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-26页 |
| 1.1 前言 | 第12-14页 |
| 1.2 生物信息学概述及分子动力学模拟在生物领域研究中的应用 | 第14-20页 |
| 1.2.1 生物信息学概述 | 第14-16页 |
| 1.2.2 计算生物学与分子动力学模拟 | 第16-18页 |
| 1.2.3 分子动力学模拟在生物领域研究中的应用 | 第18-20页 |
| 1.3 蛋白质及其分子动力学模拟研究 | 第20-25页 |
| 1.3.1 蛋白质及酶的生物功能概述 | 第21-23页 |
| 1.3.2 蛋白质结构的计算预测 | 第23-25页 |
| 1.4 论文概要 | 第25-26页 |
| 第二章 理论基础与计算方法 | 第26-44页 |
| 2.1 分子力场 | 第26-29页 |
| 2.2 常用力场介绍 | 第29-31页 |
| 2.3 分子动力学模拟 | 第31-38页 |
| 2.3.1 基本理论 | 第32-33页 |
| 2.3.2 牛顿运动方程式的数值解法 | 第33-35页 |
| 2.3.3 初始化 | 第35-37页 |
| 2.3.4 长程静电力 | 第37-38页 |
| 2.4 分子对接方法 | 第38-39页 |
| 2.5 结合自由能计算 | 第39-44页 |
| 2.5.1 FEP方法基本原理 | 第40-41页 |
| 2.5.2 MM‐PB/GBSA方法基本原理 | 第41-44页 |
| 第三章 磷霉素对磷霉素抑制激酶 FOMA 诱导机制研究 | 第44-60页 |
| 3.1 引言 | 第44-45页 |
| 3.2 研究方法 | 第45-47页 |
| 3.2.1 结构准备 | 第45-46页 |
| 3.2.2 分子动力学模拟 | 第46-47页 |
| 3.2.3 阳离子‐π相互作用识别 | 第47页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第47-58页 |
| 3.3.1 FomA ATP Mg Fos体系的准备 | 第47-48页 |
| 3.3.2 分子动力模拟学轨迹分析 | 第48-50页 |
| 3.3.3 磷霉素结合位点周围的 loop 区域和螺旋的结构变化 | 第50-53页 |
| 3.3.4 磷霉素对于催化残基和其他重要残基的影响 | 第53-57页 |
| 3.3.5 阳离子‐π相互作用在活性位点的形成过程中的重要作用 | 第57-58页 |
| 3.4 本章小结 | 第58-60页 |
| 第四章 尿素结合与K166R突变对TLPB稳定作用机制的研究 | 第60-74页 |
| 4.1 引言 | 第60-61页 |
| 4.2 理论方法 | 第61-62页 |
| 4.2.1 模型构建 | 第61-62页 |
| 4.2.2 分子动力学模拟 | 第62页 |
| 4.2.3 数据分析 | 第62页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第62-71页 |
| 4.3.1 整体稳定性 | 第62-64页 |
| 4.3.2 关键接触区域中的重要残基 | 第64-66页 |
| 4.3.3 尿素结合和 K166R 突变引起的结构变化 | 第66-69页 |
| 4.3.4 PAS结构域相关蛋白运动的主成分分析 | 第69-71页 |
| 4.4 本章小结 | 第71-74页 |
| 第五章 CYP2C9 酶与华法林结合模型的立体选择性研究 | 第74-88页 |
| 5.1 引言 | 第74-76页 |
| 5.2 计算方法 | 第76-79页 |
| 5.2.1 结构准备 | 第76页 |
| 5.2.2 分子对接 | 第76-77页 |
| 5.2.3 复合物的常规分子动力学模拟 | 第77-78页 |
| 5.2.4 结合自由能计算 | 第78页 |
| 5.2.5 复合物中配体进出蛋白通道分析 | 第78-79页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第79-86页 |
| 5.3.1 复合物体系的稳定性 | 第79-80页 |
| 5.3.2 rd‐2C9‐S‐warfarin与 cs‐2C9‐S‐warfarin 复合物构象差异 | 第80-84页 |
| 5.3.3 CYP2C9对华法林立体选择性代谢的原因分析 | 第84-86页 |
| 5.4 本章小结 | 第86-88页 |
| 参考文献 | 第88-108页 |
| 个人简介及攻读博士学位期间所发表论文 | 第108-110页 |
| 致谢 | 第110页 |
