基于核心基因的肺炎克雷伯菌基因组大数据的系统发育分析
| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第9-16页 |
| 1.1 肺炎克雷伯菌的生物学特征与应用 | 第9-10页 |
| 1.2 肺炎克雷伯菌的流行病学 | 第10-12页 |
| 1.2.1 肺炎克雷伯菌的流行现状 | 第10页 |
| 1.2.2 肺炎克雷伯菌的耐药性 | 第10-11页 |
| 1.2.3 肺炎克雷伯菌的致病因子 | 第11-12页 |
| 1.3 肺炎克雷伯菌的系统发育分析 | 第12-14页 |
| 1.3.1 系统发育分析的概念与主要步骤 | 第12-13页 |
| 1.3.2 常用的系统发育分析方法 | 第13-14页 |
| 1.3.3 系统发育分析的主要成果 | 第14页 |
| 1.4 课题研究目的与意义 | 第14-16页 |
| 1.4.1 研究背景 | 第14-15页 |
| 1.4.2 主要的研究内容 | 第15-16页 |
| 第2章 核心基因组与核心基因的提取 | 第16-25页 |
| 2.1 材料 | 第16-19页 |
| 2.1.1 所用样本与信息 | 第16-18页 |
| 2.1.2 所用软件与功能 | 第18-19页 |
| 2.2 核心基因组的提取 | 第19-20页 |
| 2.3 核心基因组的SNPs矩阵 | 第20页 |
| 2.4 核心基因的提取 | 第20页 |
| 2.5 核心基因的相关信息 | 第20-21页 |
| 2.5.1 核心基因的GC含量偏移率 | 第20-21页 |
| 2.5.2 核心基因的突变率 | 第21页 |
| 2.5.3 核心基因的长度 | 第21页 |
| 2.5.4 核心基因的致病性 | 第21页 |
| 2.6 结果与分析 | 第21-24页 |
| 2.6.1 核心基因组和核心基因 | 第21-23页 |
| 2.6.2 核心基因的组成分析 | 第23-24页 |
| 2.6.3 核心基因组的SNPs矩阵 | 第24页 |
| 2.7 本章小结 | 第24-25页 |
| 第3章 基于核心基因的系统发育学分析方法的建立 | 第25-44页 |
| 3.1 材料 | 第25-27页 |
| 3.1.1 所用样本与信息 | 第25-26页 |
| 3.1.2 所用软件与功能 | 第26-27页 |
| 3.2 基于SNPs矩阵的系统发育分析 | 第27页 |
| 3.3 基于MLST的系统发育分析 | 第27-28页 |
| 3.4 核心基因的筛选方法 | 第28-35页 |
| 3.4.1 随机选择法 | 第28-29页 |
| 3.4.2 GC含量偏移率选择法 | 第29-31页 |
| 3.4.3 突变率选择法 | 第31-32页 |
| 3.4.4 综合选择法 | 第32-35页 |
| 3.5 基于核心基因的系统发育分析 | 第35页 |
| 3.6 结果与分析 | 第35-43页 |
| 3.6.1 各方法所得核心基因的组成分析 | 第35-36页 |
| 3.6.2 各方法所得进化树的结构分析 | 第36-43页 |
| 3.7 本章小结 | 第43-44页 |
| 第4章 肺炎克雷伯菌基因组大数据的系统发育分析 | 第44-53页 |
| 4.1 材料 | 第44-45页 |
| 4.1.1 所用样本与信息 | 第44-45页 |
| 4.1.2 所用软件与功能 | 第45页 |
| 4.2 样本基因组ST分型的鉴定 | 第45页 |
| 4.3 基于核心基因的系统发育分析 | 第45-46页 |
| 4.4 鉴定进化树中的外群 | 第46页 |
| 4.5 新菌株的致病性鉴定 | 第46页 |
| 4.6 结果与分析 | 第46-52页 |
| 4.6.1 进化树外群的鉴定 | 第46-49页 |
| 4.6.2 进化树结构与CG258组成分析 | 第49-51页 |
| 4.6.3 强致病性谱系与致病性鉴定 | 第51-52页 |
| 4.7 本章小结 | 第52-53页 |
| 第5章 总结与展望 | 第53-55页 |
| 5.1 总结 | 第53-54页 |
| 5.2 展望 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-61页 |
| 致谢 | 第61页 |
