| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 英文缩略表 | 第14-15页 |
| 第一章 引言 | 第15-24页 |
| 1.1 高海拔环境适应性的生理基础 | 第15-16页 |
| 1.2 高海拔环境适应性研究的分子策略 | 第16-20页 |
| 1.2.1 通过分析单个基因组序列进化寻找适应性基因 | 第16-18页 |
| 1.2.2 基于群体遗传学策略寻找正选择基因 | 第18页 |
| 1.2.3 基于基因表达谱的研究 | 第18-19页 |
| 1.2.4 基于候选基因的研究 | 第19-20页 |
| 1.3 高海拔环境适应性相关的主要基因 | 第20-22页 |
| 1.4 基因互作与环境适应性 | 第22-23页 |
| 1.5 本研究立题思路 | 第23-24页 |
| 第二章 藏猪、大河猪海拔适应性选择信号扫描 | 第24-50页 |
| 2.1 前言 | 第24页 |
| 2.2 材料与方法 | 第24-28页 |
| 2.2.1 实验动物 | 第24-25页 |
| 2.2.2 主要实验仪器 | 第25页 |
| 2.2.3 基因组DNA提取及浓度检测 | 第25-26页 |
| 2.2.4 SNP基因型判定 | 第26-28页 |
| 2.3 芯片数据处理与分析 | 第28-30页 |
| 2.3.1 SNP及样本的质量控制 | 第28-29页 |
| 2.3.2 群体结构分析 | 第29页 |
| 2.3.3 选择信号扫描 | 第29-30页 |
| 2.3.4 受选择区域确定及基因注释 | 第30页 |
| 2.4 结果与分析 | 第30-48页 |
| 2.4.1 数据质控结果 | 第30-31页 |
| 2.4.2 群体结构分析结果 | 第31-33页 |
| 2.4.3 连锁不平衡衰减分析结果 | 第33-34页 |
| 2.4.4 连续性纯合片段分析结果 | 第34-35页 |
| 2.4.5 选择信号分析 | 第35-44页 |
| 2.4.6 猪EPAS1基因外显子多态性研究 | 第44-48页 |
| 2.5 讨论 | 第48-50页 |
| 第三章 拷贝数变异与高原猪种拔环境适应性相关性探讨 | 第50-63页 |
| 3.1 前言 | 第50页 |
| 3.2 实验材料与方法 | 第50-53页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第50页 |
| 3.2.2 实验方法 | 第50-53页 |
| 3.3 结果与分析 | 第53-61页 |
| 3.3.1 样本个体CNV的推断 | 第53-55页 |
| 3.3.2 qPCR验证 | 第55-56页 |
| 3.3.3 与以往报道的比较 | 第56页 |
| 3.3.4 与高原环境适应性相关的CNV挖掘 | 第56-61页 |
| 3.4 讨论 | 第61-63页 |
| 第四章 藏猪全基因组基因互作检测 | 第63-77页 |
| 4.1 前言 | 第63页 |
| 4.2 实验材料与方法 | 第63-65页 |
| 4.2.1 实验材料 | 第63页 |
| 4.2.2 研究方法 | 第63-65页 |
| 4.3 结果与分析 | 第65-74页 |
| 4.3.1 非关联SNP检测结果 | 第65页 |
| 4.3.2 全基因组SNP互作检测 | 第65-67页 |
| 4.3.3 互作网络分析 | 第67-70页 |
| 4.3.4 关键基因的确定以及与高海拔环境适应性的关系 | 第70-74页 |
| 4.4 讨论 | 第74-77页 |
| 第五章 藏猪-平原猪肺部基因表达谱比较分析 | 第77-89页 |
| 5.1 前言 | 第77页 |
| 5.2 材料与方法 | 第77-79页 |
| 5.2.1 实验动物及样本采集 | 第77页 |
| 5.2.2 总RNA提取 | 第77-78页 |
| 5.2.3 RNA质量检测 | 第78页 |
| 5.2.4 RNA-seq建库及测序 | 第78页 |
| 5.2.5 转录组测序 | 第78页 |
| 5.2.6 数据处理及分析 | 第78-79页 |
| 5.3 结果与分析 | 第79-86页 |
| 5.3.1 RNA提取与质量检测 | 第79页 |
| 5.3.2 RNA-seq原始测序数据质量控制 | 第79-80页 |
| 5.3.3 基因组mapping结果 | 第80页 |
| 5.3.4 基因表达水平分析 | 第80-81页 |
| 5.3.5 基因表达差异分析 | 第81页 |
| 5.3.6 差异基因表达模式聚类分析 | 第81-82页 |
| 5.3.7 基因差异的功能富集分析 | 第82-83页 |
| 5.3.8 藏猪中上调表达基因的功能分析 | 第83-84页 |
| 5.3.9 表达差异基因与甘肃藏猪基因组选择区域比较 | 第84-85页 |
| 5.3.10 正选择基因表达变化水平研究 | 第85-86页 |
| 5.4 讨论 | 第86-89页 |
| 第六章 全文结论 | 第89-90页 |
| 参考文献 | 第90-99页 |
| 附录 | 第99-116页 |
| 致谢 | 第116-118页 |
| 作者简历 | 第118-119页 |
