| 摘要 | 第6-8页 |
| abstract | 第8-9页 |
| 第一章 引言 | 第15-31页 |
| 1.1 测序技术简介 | 第15-23页 |
| 1.1.1 第一代DNA测序技术 | 第15-16页 |
| 1.1.2 第二代DNA测序技术 | 第16-21页 |
| 1.1.3 第三代DNA测序技术 | 第21-23页 |
| 1.1.4 RNA-Seq测序技术 | 第23页 |
| 1.2 基因组组装算法和工具 | 第23-26页 |
| 1.2.1 组装算法简介 | 第24页 |
| 1.2.2 组装工具简介 | 第24-26页 |
| 1.2.3 基因组组装面临的挑战 | 第26页 |
| 1.3 基因注释流程和工具 | 第26-28页 |
| 1.3.1 基因注释流程简介 | 第26-27页 |
| 1.3.2 基因注释主流工具简介 | 第27-28页 |
| 1.3.3 基因注释面临的挑战 | 第28页 |
| 1.4 白菜基因组研究进展 | 第28-30页 |
| 1.5 本课题研究目的 | 第30-31页 |
| 第二章 白菜V2.0 版本基因组组装与注释 | 第31-43页 |
| 2.1 材料与方法 | 第31-35页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第31-32页 |
| 2.1.2 试验方法 | 第32-35页 |
| 2.2 结果与分析 | 第35-42页 |
| 2.2.1 V2.0 版本基因组组装结果 | 第35-37页 |
| 2.2.2 V2.0 版本基因组Scaffold序列的锚定 | 第37-38页 |
| 2.2.3 V2.0 版本基因组注释结果 | 第38-42页 |
| 2.3 小结及讨论 | 第42-43页 |
| 第三章 基于V2.0 基因组的比较基因组学与进化分析 | 第43-57页 |
| 3.1 材料与方法 | 第43-45页 |
| 3.1.1 试验材料 | 第43页 |
| 3.1.2 试验方法 | 第43-45页 |
| 3.2 结果与分析 | 第45-56页 |
| 3.2.1 V1.5 版本与V2.0 版本串联重复基因的比较分析 | 第45-46页 |
| 3.2.2 V1.5 版本与V2.0 版本基因组共线性分析 | 第46-48页 |
| 3.2.3 V2.0 版本基因组额外基因及转座子形成原因鉴定 | 第48-50页 |
| 3.2.4 V2.0 版本亚基因组优势现象 | 第50-53页 |
| 3.2.5 V2.0 版本基因的保留 | 第53-54页 |
| 3.2.6 V2.0 版本基因组中特有的转座子扩增事件 | 第54-56页 |
| 3.3 小结及讨论 | 第56-57页 |
| 第四章 全文结论 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-64页 |
| 附录 | 第64-100页 |
| 致谢 | 第100-101页 |
| 作者简介 | 第101页 |
