| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 绪论 | 第9-14页 |
| 1.1 转化医学数据平台的背景 | 第9-10页 |
| 1.1.1 转化医学的兴起 | 第9-10页 |
| 1.1.2 目前医学数据管理模式的不足 | 第10页 |
| 1.2 国内外现状 | 第10-11页 |
| 1.2.1 面向癌症研究的cBioPortal转化医学数据平台 | 第10-11页 |
| 1.2.2 面向全基因组关联研究的BRISK转化医学数据平台 | 第11页 |
| 1.2.3 面向药物研发的tranSMART转化医学数据平台 | 第11页 |
| 1.3 tranSMART本地化的意义 | 第11-12页 |
| 1.4 章节安排 | 第12-14页 |
| 第二章 tranSMART开源数据平台架构 | 第14-23页 |
| 2.1 tranSMART的相关服务套件与应用技术 | 第14-15页 |
| 2.1.1 EXT JS与Bootstrap前端框架 | 第14页 |
| 2.1.2 Grails框架 | 第14-15页 |
| 2.1.3 postgreSQL数据库管理系统 | 第15页 |
| 2.2 tranSMART的整体架构 | 第15-18页 |
| 2.2.1 tranSMART采用的架构原则 | 第15-16页 |
| 2.2.2 tranSMART的N层架构 | 第16-17页 |
| 2.2.3 tranSMART的部署架构 | 第17-18页 |
| 2.3 tranSMART功能介绍 | 第18-22页 |
| 2.3.1 数据集管理器 | 第18-20页 |
| 2.3.2 高级工作流分析 | 第20-22页 |
| 2.4 本章小结 | 第22-23页 |
| 第三章 tranSMART本地化 | 第23-38页 |
| 3.1 本地化方案需求综述 | 第23-26页 |
| 3.1.1 交互界面中的本地化需求 | 第24页 |
| 3.1.2 数据本地化的需求分析 | 第24-25页 |
| 3.1.3 帮助手册的本地化需求分析 | 第25页 |
| 3.1.4 高级工作流的本地化需求 | 第25-26页 |
| 3.2 交互界面的本地化 | 第26-31页 |
| 3.2.1 Grails框架对本地化的支持 | 第26页 |
| 3.2.2 GSP页面的本地化设计 | 第26-28页 |
| 3.2.3 交互界面中的本地化方案 | 第28-31页 |
| 3.3 中文数据的本地化过程 | 第31-32页 |
| 3.3.1 tranSMART对中文数据导入的支持程度 | 第31页 |
| 3.3.2 乱码问题的解决方案 | 第31-32页 |
| 3.4 帮助手册的本地化过程 | 第32-33页 |
| 3.5 高级工作流的本地化过程 | 第33-37页 |
| 3.5.1 交互界面的本地化 | 第33-34页 |
| 3.5.2 高级工作流本地化后的覆盖问题及解决方案 | 第34页 |
| 3.5.3 Maven私服的搭建 | 第34-37页 |
| 3.6 本章小结 | 第37-38页 |
| 第四章 新建高级工作流 | 第38-52页 |
| 4.1 高级工作流分析 | 第38-41页 |
| 4.1.1 高级工作流执行流程 | 第38-40页 |
| 4.1.2 新建高级工作流所需文件 | 第40-41页 |
| 4.2 新建高级工作流实施步骤 | 第41-46页 |
| 4.2.1 数据的导入 | 第41-43页 |
| 4.2.2 数据库和模块的注册 | 第43-45页 |
| 4.2.3 MVC模式功能添加 | 第45-46页 |
| 4.3 R语言实现决策树 | 第46-51页 |
| 4.3.1 CART算法 | 第46-47页 |
| 4.3.2 rpart包介绍及主要函数说明 | 第47-48页 |
| 4.3.3 R语言数据实现 | 第48-51页 |
| 4.4 本章小结 | 第51-52页 |
| 第五章 扩展tranSMART的大数据分析的功能 | 第52-69页 |
| 5.1 RHadoop简介 | 第52-55页 |
| 5.1.1 R语言简介 | 第52页 |
| 5.1.2 Hadoop简介 | 第52-53页 |
| 5.1.3 R与Hadoop的交互 | 第53-55页 |
| 5.2 RHadoop的搭建 | 第55-62页 |
| 5.2.1 环境准备 | 第55页 |
| 5.2.2 Hadoop平台搭建 | 第55-60页 |
| 5.2.3 RHadoop平台搭建 | 第60-61页 |
| 5.2.4 测试RHadoop环境 | 第61-62页 |
| 5.3 K-Means算法概述 | 第62-63页 |
| 5.4 K-Means算法并行化设计与实现 | 第63-68页 |
| 5.4.1 算法并行化设计 | 第63-65页 |
| 5.4.2 实验过程和结果分析 | 第65-68页 |
| 5.5 本章小结 | 第68-69页 |
| 第六章 总结与展望 | 第69-71页 |
| 参考文献 | 第71-73页 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 | 第73-74页 |
| 致谢 | 第74页 |
