| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5页 |
| 英文缩略表 | 第9-10页 |
| 引言 | 第10-11页 |
| 第1章 综述 | 第11-16页 |
| 1.1 基因组结构研究 | 第11-12页 |
| 1.2 比较基因组学研究 | 第12-13页 |
| 1.3 全基因组加倍 | 第13-14页 |
| 1.4 麦类作物基因组结构的解析 | 第14-15页 |
| 1.5 研究的前景与意义 | 第15-16页 |
| 第2章 麦类作物基因组同源结构分析 | 第16-22页 |
| 2.1 数据材料 | 第16页 |
| 2.2 研究方法 | 第16-17页 |
| 2.2.1 原始数据的下载与预处理 | 第16-17页 |
| 2.2.2 基因组内和基因组间的同源共线性比对 | 第17页 |
| 2.2.3 基因组内和基因组间的同源性点阵图 | 第17页 |
| 2.3 结果与分析 | 第17-21页 |
| 2.4 小结 | 第21-22页 |
| 第3章 麦类作物的多基因组联合比对图谱构建 | 第22-32页 |
| 3.1 数据材料 | 第22页 |
| 3.2 研究方法 | 第22-23页 |
| 3.2.1 各物种基因组同源共线性片段的区分 | 第22页 |
| 3.2.2 构建多基因组联合比对列表及其统计分析 | 第22-23页 |
| 3.3 结果与分析 | 第23-30页 |
| 3.3.1 麦类作物全基因组加倍发生的规模 | 第23-26页 |
| 3.3.2 麦类作物多基因组联合比对图谱的构建 | 第26-30页 |
| 3.4 小结 | 第30-32页 |
| 第4章 麦类作物基因组重复基因的丢失与保留 | 第32-42页 |
| 4.1 数据材料 | 第32页 |
| 4.2 研究方法 | 第32-33页 |
| 4.2.1 基因丢失的统计 | 第32页 |
| 4.2.2 基因保留的统计 | 第32-33页 |
| 4.3 结果与分析 | 第33-41页 |
| 4.3.1 基因的丢失与基因组的进化 | 第33-36页 |
| 4.3.2 基因的保留 | 第36-41页 |
| 4.4 小结 | 第41-42页 |
| 第5章 麦类作物古老加倍时间的测定 | 第42-50页 |
| 5.1 数据材料 | 第42页 |
| 5.2 研究方法 | 第42页 |
| 5.2.1 主要进化事件时间的推断 | 第42页 |
| 5.2.2 推断祖先基因组的基因含量 | 第42页 |
| 5.3 结果与分析 | 第42-48页 |
| 5.3.1 推断禾本科植物发生的主要进化事件时间 | 第43-46页 |
| 5.3.2 推断各物种祖先基因组的基因含量 | 第46-48页 |
| 5.4 小结 | 第48-50页 |
| 第6章 麦类作物淀粉合成基因家族 | 第50-54页 |
| 6.1 数据材料 | 第50页 |
| 6.2 研究方法 | 第50-51页 |
| 6.2.1 淀粉合成相关基因家族成员的确定 | 第50页 |
| 6.2.2 构建淀粉合成相关基因家族系统发育树 | 第50-51页 |
| 6.3 结果与分析 | 第51-52页 |
| 6.3.1 淀粉合成相关基因家族成员的确定及分布情况 | 第51页 |
| 6.3.2 淀粉合成相关基因家族系统发育树的构建 | 第51-52页 |
| 6.4 小结 | 第52-54页 |
| 第7章 讨论 | 第54-56页 |
| 结论 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-62页 |
| 附录A 水稻基因保留情况的统计（菠萝作为参考） | 第62-63页 |
| 附录B 小麦基因保留情况的统计（粗山羊草作为参考） | 第63-64页 |
| 附录C 小麦基因保留情况的统计（乌拉尔图小麦作为参考） | 第64-65页 |
| 致谢 | 第65-66页 |
| 导师简介 | 第66-67页 |
| 作者简介 | 第67-68页 |
| 学位论文数据集 | 第68页 |
