| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 第一章 引言 | 第12-22页 |
| 1 副溶血弧菌的概述 | 第12-13页 |
| 1.1 副溶血弧菌的危害 | 第12页 |
| 1.2 副溶血弧菌的血清型及毒力基因 | 第12-13页 |
| 2 斑马鱼概述 | 第13-15页 |
| 2.1 斑马鱼免疫系统的研究 | 第13-14页 |
| 2.2 应用斑马鱼研究免疫系统的优势 | 第14-15页 |
| 3 应用转录组学研究鱼类免疫基因 | 第15-19页 |
| 3.1 转录组测序的发展 | 第15-17页 |
| 3.2 鱼类免疫学的研究进展 | 第17-19页 |
| 4 Notch信号通路的研究进展 | 第19-22页 |
| 第二章 副溶血弧菌浸泡和尾静脉注射感染斑马鱼幼鱼的转录组分析 | 第22-48页 |
| 1 材料方法 | 第22-28页 |
| 1.1 实验材料 | 第22页 |
| 1.2 主要仪器与试剂 | 第22-23页 |
| 1.3 实验方法 | 第23-28页 |
| 1.3.1 副溶血弧菌的准备及毒力基因的测定 | 第23页 |
| 1.3.2 浸泡和注射感染斑马鱼幼鱼LD_(50)的测定 | 第23-24页 |
| 1.3.3 转录组总RNA的提取 | 第24页 |
| 1.3.4 mRNA的收集 | 第24页 |
| 1.3.5 mRNA的片段化处理 | 第24页 |
| 1.3.6 反转录及添加接头 | 第24-25页 |
| 1.3.7 上机测序 | 第25页 |
| 1.3.8 原始数据说明及质量控制 | 第25-26页 |
| 1.3.9 测序数据质量剪切及统计 | 第26页 |
| 1.3.10 比对到参考基 | 第26页 |
| 1.3.11 表达量分析 | 第26-27页 |
| 1.3.12 表达差异分析 | 第27页 |
| 1.3.13 差异基因的GO富集分析和KEGG富集分析 | 第27-28页 |
| 1.3.14 转录组测序结果的qRT-PCR验证 | 第28页 |
| 2 结果与分析 | 第28-44页 |
| 2.1 副溶血弧菌的毒力基因检测及LD_(50)测定 | 第28-31页 |
| 2.2 转录组测序样品检测 | 第31-32页 |
| 2.3 测序数据的质控分析 | 第32-35页 |
| 2.3.1 A/T/G/C碱基含量分布统计 | 第32页 |
| 2.3.2 碱基质量分布 | 第32-33页 |
| 2.3.3 碱基错误率分布统计 | 第33-34页 |
| 2.3.4 测序数据的组装结果 | 第34-35页 |
| 2.4 qRT-PCR验证转录组结果 | 第35-36页 |
| 2.5 浸泡感染和注射感染的转录组中差异表达基因分析 | 第36-38页 |
| 2.6 差异表达基因的GO富集和KEGG富集 | 第38-42页 |
| 2.7 天然免疫相关基因差异表达分析 | 第42-44页 |
| 3 讨论 | 第44-48页 |
| 第三章 副溶血弧菌感染notch1a~(-/-)突变体的转录组测序分析 | 第48-63页 |
| 1 材料方法 | 第48页 |
| 1.1 实验材料 | 第48页 |
| 1.2 主要仪器与试剂 | 第48页 |
| 1.3 实验方法 | 第48页 |
| 1.3.1 Vp 13 感染notch1a~(-/-)突变体斑马鱼的LD_(50)测定 | 第48页 |
| 1.3.2 转录组测序样品准备 | 第48页 |
| 2 结果 | 第48-59页 |
| 2.1 notch1a~(-/-)斑马鱼的LD_(50)测定结果 | 第48-49页 |
| 2.2 A/T/G/C碱基含量分布统计 | 第49页 |
| 2.3 碱基质量分布 | 第49-50页 |
| 2.4 碱基错误率分布 | 第50-51页 |
| 2.5 测序结果的组装 | 第51-52页 |
| 2.6 差异表达基因的模式聚类和GO聚类 | 第52-54页 |
| 2.7 notch1a~(-/-)突变体的注射感染转录组差异基因分析 | 第54-56页 |
| 2.8 差异表达基因的GO富集和KEGG富集 | 第56-57页 |
| 2.9 免疫相关基因的差异分析 | 第57-59页 |
| 3 讨论 | 第59-63页 |
| 全文总结 | 第63-64页 |
| 展望 | 第64-65页 |
| 致谢 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-72页 |
