基于NetworkX的复杂网络特征实现及其在生物网络中的应用
摘要 | 第5-6页 |
Abstract | 第6-7页 |
第一章 引言 | 第11-17页 |
1.1 复杂网络 | 第11-12页 |
1.2 复杂网络特征及其应用 | 第12-13页 |
1.3 国内外研究现状 | 第13-15页 |
1.4 论文的主要工作及组织结构 | 第15-17页 |
第二章 基本概念和相关技术 | 第17-24页 |
2.1 图的基本概念 | 第17-18页 |
2.2 复杂网络模型 | 第18-21页 |
2.2.1 规则网络 | 第18页 |
2.2.2 ER随机网络 | 第18页 |
2.2.3 WS模型 | 第18-19页 |
2.2.4 无尺度网络 | 第19-20页 |
2.2.5 社团结构网络 | 第20页 |
2.2.6 地理模型 | 第20-21页 |
2.3 NetworkX | 第21-23页 |
2.4 本章小结 | 第23-24页 |
第三章 复杂网络特征 | 第24-36页 |
3.1 距离相关的特征度量 | 第24-26页 |
3.1.1 平均测地距离 | 第24-25页 |
3.1.2 整体效率 | 第25页 |
3.1.3 调和平均值 | 第25页 |
3.1.4 脆弱性和最大脆弱性 | 第25-26页 |
3.2 聚类和环 | 第26-28页 |
3.2.1 三角形和连接三元组 | 第26-27页 |
3.2.2 聚类系数 | 第27页 |
3.2.3 环系数 | 第27-28页 |
3.2.4 富人俱乐部系系数 | 第28页 |
3.3 度分布和度相关性 | 第28-29页 |
3.3.1 最大度和最近邻平均度 | 第29页 |
3.4 熵 | 第29-31页 |
3.4.1 度分布的熵和剩余度分布的熵 | 第29-30页 |
3.4.2 搜索信息、访问信息和隐含信息 | 第30-31页 |
3.5 中心性特征 | 第31-32页 |
3.5.1 介数中心性 | 第31-32页 |
3.5.2 网络的中心点优势 | 第32页 |
3.6 谱测度 | 第32-33页 |
3.6.1 谱密度 | 第32页 |
3.6.2 l阶矩 | 第32-33页 |
3.7 社区的识别和特征度量 | 第33-34页 |
3.7.1 边的聚类系数 | 第33-34页 |
3.8 其它特征度量 | 第34-35页 |
3.8.1 边的相互作用 | 第34-35页 |
3.8.2 匹配指数 | 第35页 |
3.9 本章小结 | 第35-36页 |
第四章 复杂网络特征实现 | 第36-48页 |
4.1 引言 | 第36页 |
4.2 复杂网络特征实现 | 第36-45页 |
4.2.1 复杂网络数据预处理和构建 | 第36-39页 |
4.2.2 复杂网络特征实现 | 第39-45页 |
4.3 复杂网络特征在NetworkX中集成 | 第45-47页 |
4.4 本章小结 | 第47-48页 |
第五章 基于NetworkX的复杂生物网络分析 | 第48-63页 |
5.1 复杂生物网络 | 第49-50页 |
5.2 基于NetworkX的复杂网络可视化 | 第50-52页 |
5.3 复杂生物网络整体特征 | 第52-54页 |
5.4 复杂生物网络局部特征 | 第54-62页 |
5.4.1 节点度分布 | 第54-55页 |
5.4.2 脆弱性散点图 | 第55-56页 |
5.4.3 脆弱性概率分布图 | 第56-57页 |
5.4.4 介数中心性散点图 | 第57-58页 |
5.4.5 富人俱乐部系数散点图 | 第58-59页 |
5.4.6 聚类系数散点图 | 第59-60页 |
5.4.7 最近邻平均度散点图 | 第60-61页 |
5.4.8 访问信息散点图 | 第61-62页 |
5.5 本章小结 | 第62-63页 |
总结与展望 | 第63-65页 |
参考文献 | 第65-71页 |
攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第71-72页 |
致谢 | 第72-73页 |
附录1 复杂网络特征 | 第73-76页 |
附录2 其它复杂网络特征实现流程图和代码 | 第76-90页 |
附表 | 第90页 |