| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第一章 综述 | 第20-35页 |
| 1 捕食线虫性真菌概述 | 第21-22页 |
| 2 捕食线虫性真菌研究进展 | 第22-24页 |
| 2.1 捕食线虫性真菌的发现 | 第22页 |
| 2.2 植物寄生性线虫生物防治研究进展 | 第22-23页 |
| 2.3 动物寄生性线虫生物防治研究进展 | 第23-24页 |
| 3 基因组测序 | 第24-32页 |
| 3.1 真菌基因组学研究进展 | 第24-25页 |
| 3.2 捕食线虫性真菌基因组学研究 | 第25-27页 |
| 3.3 基因组测序技术概况 | 第27-32页 |
| 3.3.1 第一代测序技术 | 第27页 |
| 3.3.2 第二代测序技术 | 第27-29页 |
| 3.3.3 第三代测序技术 | 第29-30页 |
| 3.3.4 其他测序技术 | 第30-32页 |
| 4 转录组测序 | 第32-33页 |
| 4.1 捕食线虫性真菌转录组测序研究进展 | 第32-33页 |
| 4.2 RNA-Seq技术概况 | 第33页 |
| 5 研究目的与意义 | 第33-35页 |
| 第二章 试验研究 | 第35-116页 |
| 研究一 捕食线虫性真菌D. flagrans基因组DNA提取及基因组survey分析 | 第35-43页 |
| 1 材料与方法 | 第35-37页 |
| 1.1 材料 | 第35-36页 |
| 1.1.1 试验材料 | 第35页 |
| 1.1.2 主要试剂与药品 | 第35-36页 |
| 1.1.3 主要设备与仪器 | 第36页 |
| 1.2 方法 | 第36-37页 |
| 1.2.1 试验菌株与基因组DNA提取 | 第36-37页 |
| 1.2.2 测序 | 第37页 |
| 1.2.3 K-mer统计分析及基因组大小预估 | 第37页 |
| 1.2.4 基因组数据组装分析 | 第37页 |
| 2 结果与分析 | 第37-41页 |
| 2.1 捕食线虫性真菌Duddingtonia flagrans培养结果 | 第37页 |
| 2.2 捕食线虫性真菌Duddingtonia flagrans基因组DNA样品检测结果 | 第37-38页 |
| 2.3 测序数据统计结果 | 第38-39页 |
| 2.4 K-mer统计分析及基因组大小预估结果 | 第39-40页 |
| 2.5 基因组数据初步组装分析结果 | 第40-41页 |
| 3 讨论与小结 | 第41-43页 |
| 3.1 讨论 | 第41-42页 |
| 3.2 小结 | 第42-43页 |
| 研究二 捕食线虫性真菌D.flagrans比较基因组学分析 | 第43-54页 |
| 1 材料与方法 | 第43-45页 |
| 1.1 材料 | 第43页 |
| 1.1.1 试验材料 | 第43页 |
| 1.1.2 主要试剂与药品 | 第43页 |
| 1.1.3 主要设备与仪器 | 第43页 |
| 1.2 方法 | 第43-45页 |
| 1.2.1 试验菌株与基因组DNA提取 | 第44页 |
| 1.2.1.1 菌株培养 | 第44页 |
| 1.2.1.2 基因组DNA提取 | 第44页 |
| 1.2.2 基因组高通量测序与组装 | 第44页 |
| 1.2.3 基因预测与注释 | 第44页 |
| 1.2.4 比较基因组学与物种进化分析 | 第44-45页 |
| 2 结果 | 第45-51页 |
| 2.1 基因组测序与组装结果 | 第45-47页 |
| 2.2 比较基因组学分析结果 | 第47-50页 |
| 2.2.1 基因家族比较分析结果 | 第47-48页 |
| 2.2.2 物种进化分析结果 | 第48-49页 |
| 2.2.3 D.flagrans物种特有基因功能注释 | 第49-50页 |
| 2.3 致病性分析结果 | 第50-51页 |
| 2.3.1 致病性相关数据库功能注释 | 第50页 |
| 2.3.2 蛋白酶数据库功能注释 | 第50页 |
| 2.3.3 碳水化合物降解酶数据库功能注释 | 第50-51页 |
| 3 讨论与小结 | 第51-54页 |
| 3.1 讨论 | 第51-52页 |
| 3.2 小结 | 第52-54页 |
| 研究三 捕食线虫性真菌D.flagrans捕食线虫过程形态学观察及捕食阶段分期 | 第54-65页 |
| 1 材料与方法 | 第54-56页 |
| 1.1 材料 | 第54-55页 |
| 1.1.1 试验材料 | 第54页 |
| 1.1.2 主要试剂与药品 | 第54页 |
| 1.1.3 主要设备与耗材 | 第54-55页 |
| 1.2 方法 | 第55-56页 |
| 1.2.1 培养基及溶液制备 | 第55页 |
| 1.2.2 菌株培养 | 第55页 |
| 1.2.3 线虫培养与收集 | 第55页 |
| 1.2.4 捕食过程光学显微镜观察 | 第55-56页 |
| 1.2.5 捕食过程扫描电子显微镜观察 | 第56页 |
| 2 结果 | 第56-62页 |
| 2.1 捕食过程光学显微镜观察结果 | 第56-59页 |
| 2.1.1 捕食过程前期光学显微镜观察结果 | 第56-58页 |
| 2.1.2 捕食过程中期光学显微镜观察结果 | 第58-59页 |
| 2.1.3 捕食过程后期光学显微镜观察结果 | 第59页 |
| 2.2 捕食过程扫描电子显微镜观察结果 | 第59-62页 |
| 2.2.1 捕食过程前期扫描电子显微镜观察结果 | 第59-60页 |
| 2.2.2 捕食过程中期扫描电子显微镜观察结果 | 第60-61页 |
| 2.2.3 捕食过程后期扫描电子显微镜观察结果 | 第61-62页 |
| 2.3 不同捕食阶段的分期结果 | 第62页 |
| 3 讨论与小结 | 第62-65页 |
| 3.1 讨论 | 第62-63页 |
| 3.2 小结 | 第63-65页 |
| 研究四 利用RNA-S eq技术探究捕食性真菌D.flagrans捕食侵染线虫相关基因 | 第65-91页 |
| 1 材料与方法 | 第65-70页 |
| 1.1 材料 | 第65页 |
| 1.1.1 试验材料 | 第65页 |
| 1.1.2 主要试剂与药品 | 第65页 |
| 1.1.3 主要设备与仪器 | 第65页 |
| 1.2 方法 | 第65-70页 |
| 1.2.1 培养基制备 | 第66页 |
| 1.2.2 菌株培养 | 第66页 |
| 1.2.3 线虫培养与线虫提取液制备 | 第66页 |
| 1.2.4 线虫捕食阶段确定与取样 | 第66-67页 |
| 1.2.5 不同捕食阶段菌丝RNA提取 | 第67页 |
| 1.2.6 RNA样品质量检测 | 第67-68页 |
| 1.2.7 cDNA文库构建及转录组测序 | 第68页 |
| 1.2.8 转录组数据的生物信息学分析 | 第68-70页 |
| 2 结果 | 第70-88页 |
| 2.1 RNA样品质量检测结果 | 第70-72页 |
| 2.2 测序质量评估结果 | 第72-73页 |
| 2.3 参考基因组比对结果 | 第73-74页 |
| 2.4 基因表达水平分析结果 | 第74-75页 |
| 2.5 差异基因表达分析结果 | 第75-79页 |
| 2.6 差异基因GO与KEGG富集分析结果 | 第79-82页 |
| 2.7 与线虫捕食相关的差异表达基因功能分析结果 | 第82-88页 |
| 3 讨论与小结 | 第88-91页 |
| 3.1 讨论 | 第88-90页 |
| 3.2 小结 | 第90-91页 |
| 研究五 利用实时荧光定量PCR技术(Real-time PCR)验证差异表达基因 | 第91-107页 |
| 1 材料与方法 | 第91-93页 |
| 1.1 材料 | 第91页 |
| 1.1.1 试验材料 | 第91页 |
| 1.1.2 主要试剂与药品 | 第91页 |
| 1.1.3 主要设备与仪器 | 第91页 |
| 1.2 方法 | 第91-93页 |
| 1.2.1 相关差异基因选取 | 第92页 |
| 1.2.2 引物设计与合成 | 第92页 |
| 1.2.3 不同捕食阶段RNA提取与检测 | 第92页 |
| 1.2.4 反转录反应 | 第92-93页 |
| 1.2.5 荧光定量PCR反应 | 第93页 |
| 1.2.6 数据分析 | 第93页 |
| 2 结果 | 第93-105页 |
| 2.1 相关差异基因选取结果 | 第93-94页 |
| 2.2 引物设计与合成结果 | 第94-96页 |
| 2.3 不同捕食阶段RNA提取与检测结果 | 第96页 |
| 2.4 荧光定量PCR反应结果 | 第96-105页 |
| 3 讨论与小结 | 第105-107页 |
| 3.1 讨论 | 第105-106页 |
| 3.2 小结 | 第106-107页 |
| 研究六 捕食线虫性真菌D.flagrans原生质体获得与再生的荧光标记评价 | 第107-116页 |
| 1 材料与方法 | 第107-110页 |
| 1.1 材料 | 第107-108页 |
| 1.1.1 试验材料 | 第107-108页 |
| 1.1.2 主要试剂与药品 | 第108页 |
| 1.1.3 主要溶液及培养基 | 第108页 |
| 1.2 方法 | 第108-110页 |
| 1.2.1 Duddingtonia flagrans原生质体制备 | 第108-109页 |
| 1.2.2 CFDA SE浓度对原生质体荧光标记的影响 | 第109页 |
| 1.2.3 不同处理时间对原生质体荧光标记的影响 | 第109页 |
| 1.2.4 不同孵育温度对原生质体荧光标记的影响 | 第109页 |
| 1.2.5 Duddingtonia flagrans菌丝酶解效果的判定 | 第109页 |
| 1.2.6 CFDA SE对原生质体再生的影响 | 第109-110页 |
| 2 结果 | 第110-114页 |
| 2.1 CFDA SE浓度对原生质体荧光标记的影响结果 | 第110-111页 |
| 2.2 不同处理时间对原生质体荧光标记的影响结果 | 第111页 |
| 2.3 不同孵育温度对原生质体荧光标记的影响结果 | 第111-112页 |
| 2.4 Duddingtonia flagrans菌丝酶解效果的判定结果 | 第112-113页 |
| 2.5 CFDA SE对原生质体再生的影响结果 | 第113-114页 |
| 3 讨论与小结 | 第114-116页 |
| 3.1 讨论 | 第114-115页 |
| 3.2 小结 | 第115-116页 |
| 结论 | 第116-118页 |
| 本课题创新点 | 第118-119页 |
| 致谢 | 第119-120页 |
| 参考文献 | 第120-130页 |
| 附录 | 第130-137页 |
| 作者简介 | 第137页 |
