| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6页 |
| 符号对照表 | 第10-11页 |
| 缩略语对照表 | 第11-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-22页 |
| 1.1 模体的生物背景 | 第14-17页 |
| 1.1.1 DNA序列中模体的意义 | 第14-16页 |
| 1.1.2 蛋白质序列中模体的意义 | 第16-17页 |
| 1.2 模体发现问题描述 | 第17-19页 |
| 1.3 本文工作 | 第19-22页 |
| 第二章 模体发现中参考序列选择问题的相关知识 | 第22-40页 |
| 2.1 模体发现的基础知识 | 第22-26页 |
| 2.1.1 问题定义 | 第22-23页 |
| 2.1.2 序列模型 | 第23页 |
| 2.1.3 模体表示 | 第23-25页 |
| 2.1.4 模体评测 | 第25-26页 |
| 2.2 模体发现算法的研究现状 | 第26-29页 |
| 2.3 选择参考序列的精确算法描述 | 第29-36页 |
| 2.3.1 PMSP算法 | 第29页 |
| 2.3.2 PMSPrune算法 | 第29-31页 |
| 2.3.3 PairMotif算法 | 第31-32页 |
| 2.3.4 qPMS7与TraverStrR算法 | 第32-34页 |
| 2.3.5 PMS8以及qPMS9算法 | 第34-36页 |
| 2.4 选择参考序列的必要性 | 第36-39页 |
| 2.5 本章小结 | 第39-40页 |
| 第三章 一种求解参考序列选择问题的方法 | 第40-50页 |
| 3.1 参考序列选择问题 | 第40页 |
| 3.2 RefSelect算法 | 第40-48页 |
| 3.2.1 算法概览 | 第41-42页 |
| 3.2.2 评估候选模体数量 | 第42-43页 |
| 3.2.3 选取参考序列 | 第43-47页 |
| 3.2.4 对RefSelect算法时间空间复杂度的分析 | 第47-48页 |
| 3.3 本章小结 | 第48-50页 |
| 第四章 实验结果及讨论 | 第50-60页 |
| 4.1 海明距离对候选模体数量影响的分析 | 第50-52页 |
| 4.2 实验数据 | 第52-53页 |
| 4.3 提升现有算法的时间性能 | 第53-56页 |
| 4.4 在大数据集上评估RefSelect | 第56-57页 |
| 4.5 RefSelect算法的适用性 | 第57-58页 |
| 4.6 本章小结 | 第58-60页 |
| 第五章 总结及展望 | 第60-62页 |
| 5.1 总结 | 第60页 |
| 5.2 展望 | 第60-62页 |
| 参考文献 | 第62-66页 |
| 致谢 | 第66-68页 |
| 作者简介 | 第68-69页 |